В ходе Пелопоннесской войны обычно выделяют два крупных этапа – т. н. Архидамова война 431–421 гг. до н. э. и т. н. Декелейская война 415–404 гг. до н. э. Военные действия начали фиванцы, союзники Спарты, которые напали в апреле 431 года до н. э. на беотийский полис Платеи, входивший в Первый Афинский морской союз. В середине июня 431 года до н. э. уже и спартанцы, во главе с царем Архидамом, вторгаются в Аттику, население которой скрылось за стенами Афин. Повторно спартанцы осадили Афины в 430 году до н. э. Последствия этого нападения усугубились вспыхнувшей в перенаселенных Афинах эпидемией. Ее жертвами стало множество жителей города, в том числе и Перикл.
Первые годы войны пагубно отразились на экономике Афин. Эпидемия подорвала и военную силу полиса. Смерть авторитетного лидера афинской демократии привела к политической дестабилизации в полисе, начались столкновения между умеренными во главе с Никием, сторонниками заключения мира, и радикально настроенными демократами, которых возглавил Клеон, представлявший интересы торговцев и ремесленников. Группировка Клеона одержала верх, в результате этого афиняне предприняли активные боевые действия, высадившись в 425 году до н. э. в Пилосе, на западном побережье Пелопоннесса. Затем афинянам удалось пленить более сотни знатных спартиатов на острове Сфактерия близ Пилоса. Спарта оказалась в угрожающем положении, когда наметилась возможность организации союза афинян и мессенских илотов.
Желая принудить афинских союзников к отпадению, а также с целью ликвидировать очаг военной угрозы на западном побережье Пелопоннесса, спартанский полководец Брасид попытался переместить боевые действия на северо-восток Балканского полуострова, к Халкидике. В ходе битвы при Амфиполе (октябрь 422 года до н. э.) афиняне во главе с Клеоном потерпели поражение от спартанцев. И Клеон, и Брасид пали в сражении. В любом случае силы сторонников радикальных действий как в Афинах, так и в Спарте были подорваны. Это привело к заключению в 421 году до н. э. мирного договора, названного Никиевым по имени военачальника и политического деятеля Никия, возглавлявшего афинскую делегацию. По его условиям предполагалось возвращение воевавших сторон к состоянию до начала Архидамовой войны.
Мирная передышка длилась недолго. Уже в 420 году до н. э. победившая в Афинах группировка наиболее воинственных сторонников ведения боевых действий во главе с племянником Перикла Алкивиадом спровоцировала ряд антиспартанских выступлений среди некоторых пелопоннесских полисов. В битве при Мантинее в августе 418 года до н. э. Спарта подавила мятежников. Но Алкивиад не унимался. Весной 415 года до н. э. по его инициативе, несмотря на возражение Никия, афиняне организовали военно-морскую экспедицию на остров Сицилия против Сиракуз. С помощью Спарты афиняне были разбиты, что нанесло сильнейший удар по их авторитету и могуществу. Алкивиад в этой акции не участвовал, так как еще до ее начала он был обвинен в религиозном преступлении и бежал в Спарту. По его совету спартанцы продолжили боевые действия в Аттике, превратив местечко Декелею в свой плацдарм для нападения на Афины. По названию этого городка, расположенного в 20 км от Афин, второй этап Пелопоннесской войны стал именоваться Декелейской войной (415–404 гг. до н. э.).
Одновременно Спарта, заручившись финансовой поддержкой своего бывшего врага – Персии, получила возможность собирать дань с греческих городов Малой Азии, отпавших в ходе первого этапа войны от союза с Афинами. Положение Афин резко ухудшилось, что привело к олигархическому перевороту 411 года до н. э. В Афинах установилась власть 400 знатных олигархов. Они имели своих сторонников прежде всего в среде проспартански настроенных крупных аттических землевладельцев, терпевших огромные убытки от боевых действий в Аттике и требовавших заключения немедленного мира. Однако их власть вскоре была ликвидирована демократами, которым остался верен флот. Кроме того, основное требование Спарты в случае начала мирных переговоров, заключавшееся в роспуске Первого Афинского морского союза, олигархи едва ли смогли бы реализовать.
Последующие годы войны отмечены несколькими морскими сражениями, которые велись с переменным успехом. С помощью финансовой поддержки Персии спартанцам удалось построить собственный флот, не уступавший по силе афинскому. Афинянам же с большим трудом и с помощью военной силы удавалось в основном сохранить коалицию своих союзных полисов. И тем не менее в морской битве при Кизике, в Ионии, афинянам удается одержать победу над спартанцами, а в 406 году до н. э. им вновь сопутствует победа при Аргинузских островах. После этого инициатива окончательно переходит к Спарте. В 405 году до н. э. спартанский флотоводец Лисандр разгромил афинян в сражении при Эгоспотамах в Геллеспонте. Наконец, в апреле 404 года до н. э. осажденные с моря и с суши Афины были вынуждены капитулировать.
Спарта продиктовала очень тяжелые условия мирного договора, которым предусматривались роспуск Первого Афинского морского союза, выдача всего флота, за исключением нескольких вспомогательных сторожевых кораблей, ликвидация укреплений порта Пирей и срытие «Длинных стен», соединявших его с Афинами. Афиняне должны были вступить в Пелопоннесский союз, гегемоном которого оставалась Спарта, утрачивали все свои иноземные владения и должны были принять к себе всех изгнанных ранее олигархов. В результате этого в 403 году до н. э. было установлено олигархическое «правление 30-ти тиранов», установивших в Афинах кровавый репрессивный режим. Демократия была здесь восстановлена лишь в 402 году до н. э.
Основным итогом войны стало установление гегемонии Спарты в Греции, резкое падение престижа не только афинской демократии, но и всей Греции в международном масштабе. Персия постепенно становится хозяином положения в международных делах. Греция же вступает в затяжной период кризиса полисной системы, приведший к подчинению ее Македонскому царству и потере независимости.