Создание новых министерств было связано также с расширением вообще сферы государственного регулирования. Одним из крупнейших и длительных по историческому значению политических шагов Наполеона было достижение нового соглашения — конкордата — с Римской церковью (1801–1802). Права католической церкви в стране признавались, неотчужденные ранее имущества возвращались церкви, но католическая религия не признавалась государственной, и церковная деятельность ставилась под контроль государства. В результате было создано особое Министерство культов (1804). Особый закон (10 мая 1806 г.) провозгласил создание т. н. Университета Империи. По нему устанавливалось государственное единство всей системы образования в стране, все образовательные учреждения объявлялись только государственными, оплачивались государством и подчинялись ему, следом было организовано Министерство образования (1808).
Особое централизующее значение в системе управления имело Министерство полиции (в течение большей части правления Наполеона его возглавлял талантливый, хоть и беспринципный полицмейстер Ж. Фуше, причастный еще к термидорианскому перевороту). Империя была разделена на 4 полицейских округа (включая Бельгию, Италию) со своим полицейским начальством. Ежедневно министерство обязано было представлять императору сводку происшествий за сутки по всей империи, что стало одной из важнейших форм контроля за общим управлением (Наполеон регулярно получал сводки, даже находясь в Москве зимой 1812 г.).
Кроме министерств, было организовано также несколько специальных центральных ведомств по управлению и взиманию акцизов, заведованием нотариатом, охраной лесов, горным делом, кораблестроением. Персонал большинства ведомств набирался почти принудительно из государственных училищ и подчинялся полувоенным правилам службы.
Местное управление
Усиление централизованного регулирования коснулось и местного самоуправления вместе с территориальной администрацией. Политическая линия реорганизации заключалась в обеспечении исполнения вместо оппозиции, постоянным источником которой были выборные власти. Новая организация местной власти (с сохранением в главном сложившейся административно-территориальной структуры) была установлена законом 17 февраля 1800 г. Согласно общим началам реорганизации, коллегиальность местных властей подавлялась и заменялась единоначалием, местная автономия заменялась централизацией, выборность уступала назначению, низовые административные органы превращались в исполнительные, лишаясь прав решать что-либо значительное. Произошло и частичное видоизменение структуры: уезды переименовывались в округа, одинаковые для городского и сельского управления.
Главной фигурой департаментской администрации стал префект. Его назначал персонально Первый консул (затем император), и ему передавалась вся исполнительная власть. В качестве помощников при нем действовали генеральный секретарь, коллегиальный генеральный совет и исполнительный совет. Советы назначал также глава государства, руководствуясь выборным департаментским списком нотаблей. В округе аналогичное положение занял супрефект. При нем действовал окружной совет из 11 членов — для вотирования некоторых исполнительных решений. В низовых коммунах управление поручалось мэру (в коммунах с населением до 5 тыс. жителей его назначал префект, в более значительных — непосредственно глава государства). У мэра были заместители, а также муниципальный совет — в 10, 20 или 30 членов; членов советов выбирал префект согласно коммунальному выборному списку.
По-особому было преобразовано управление Парижа — с тем чтобы изжить революционно-коммунальные традиции. Городу с окрестностями был придан статус департамента, и он был разделен на 11 округов во главе с мэрами и двумя заместителями (их выбирал глава государства лично). Центральное управление было поделено между префектом департамента и префектом полиции, которые обладали непересекающимися полномочиями и отчасти контролировали друг друга.
Со временем выборность местных советов все более была заменена назначением, состав коллегии выборщиков был сделан пожизненным (1802), а затем вовсе — зависящим от усмотрения императора, который присвоил право определять в местные органы любых, по своему усмотрению, «достойных лиц» (например, членов Почетного легиона).
Система местного управления, сформированная в период Консульства и Империи, оказалась едва ли не самым долгоживущим установлением Империи и не претерпела значительных изменений (кроме выборности советов с 1870 г.) до XX века.
Государственные финансы
Усиленная централизация государства в особенности благотворно сказалась на упорядочении финансов и налоговой системы. Финансовый кризис конца XVIII в., усилившийся в правление Директории, был окончательно преодолен, и государственное регулирование обеспечило выход из экономического кризиса. Хотя оно одновременно создавало благоприятные условия для быстрого роста финансовой плутократии.
Налоговая система империи была основана на системе мер, сформированных начиная с первого года революции. Основным и практически всеобщим был земельный налог (по закону 23 сентября 1790 г.), которым облагалась любая, застроенная и незастроенная земельная собственность. В 1791 г. была введена также всеобщая личная контрибуция, исчислявшаяся соответственно доходам с движимого имущества (критерием которых было содержание значительных квартир, наличие слуг, лошадей). Существовал налог с патентов (восстановлен в 1798 г.). По образцу Англии был введен налог «на двери и окна» (1794), подразумевавший повышенное обложение более зажиточных жилищ. Первоначально система косвенных налогов была ограниченной: на юридические операции и таможенные пошлины. В период Империи, особенно в связи с возрастанием военного потребления, многообразные косвенные налоги, характерные для «старого режима», были восстановлены: акцизы на потребляемое спиртное (1806), на соль, табак (1810 г.), государственная монополия на производство пороха (1807). Косвенные налоги к концу правления Наполеона давали доход до 43 млн. франков. В качестве главного регулятора финансовой системы был основан Банк Франции (1800). Формально это было акционерное общество, но большая часть акций принадлежала государству, которое обеспечивало патронат. Банку было предоставлено исключительное право выпуска государственных ассигнаций. В 1803 г. была проведена денежная реформа с введением в обращение новой единицы — франка — и с утверждением гарантированного государством соотношения драгоценных металлов в монетах (золото и серебро в отношении 2:1).
Упрочение государственных финансов наряду с ограблением соседних стран в ходе завоевательных войн наполеоновской эпохи обеспечило длительное поддержание высокой военной активности Империи. Культ армии, военной доблести, а вместе с тем военной субординации и произвола составляли неотъемлемую, но важную часть политической системы и администрации начала XIX в. Воинская обязанность была всеобщей (на основании закона 1798 г.) для мужчин старше 20 лет. Срок службы определялся в 5 лет. Однако успешные войны, предоставляемые ветеранам льготы и раздачи обеспечили Наполеону большое количество волонтеров во французской армии. В течение 15 лет Империи и Консульства под ружье было призвано свыше 2,7 млн. чел. Из них более 1 млн. погибло в ходе многочисленных кампаний, особенно неудачного для Наполеона русского похода 1812–1813 гг. Преувеличенное значение военного фактора в системе Империи предопределило то, что чисто военные неудачи стали главной причиной падения Империи в 1814 г.