Политические потрясения в 1798 г. дополнились осложнениями во внешней политике. Замысел военного вторжения в Англию был отвергнут, поэтому, чтобы нарушить связи Англии с Индией и Ближним Востоком, а в конечном счёте подорвать мощь этого основного противника Франции, Директория направила в Египет армию под командованием уже овеянного славой генерала Наполеона Бонапарта. На 350 судах 30-тысячное войско отправилось в Северную Африку. 21 июля 1798 г. в битве вблизи Каира Бонапарт нанёс поражение знаменитым египетским воинам – мамлюкам. Это сражение вошло в историю под названием «Битва у пирамид».
Но после успешного начала военной экспедиции и захвата Египта французы понесли значительные потери в Сирии. А 1 августа 1798 г. английский адмирал Гора́цио Не́льсон разгромил и потопил в Абуки́рской бухте едва ли не весь французский военный флот, тем самым отрезав войска Бонапарта от Франции. Таким образом, идея похода в Индию стала совершенно невыполнимой.
Сухопутное сражение при Абукире 25 июля 1799 г.
К трудностям военного похода в тяжёлых условиях пустыни добавилась эпидемия чумы. К тому же, несмотря на все усилия, поддержки у жителей Египта французы не нашли. Войска страдали от болезней и жаркого климата, и Египетская кампания неумолимо приближалась к краху. Одержав победу над турецкой армией в сухопутном сражении при Абукире 25 июля 1799 г., Бонапарт, не желая расставаться со славой блистательного полководца и рассчитывая на участие в грядущих политических событиях в Париже, покинул свою армию и с небольшой группой сопровождающих тайно отплыл во Францию.
Тем временем во Франции ситуация менялась отнюдь не в пользу ослабевшей и потерявшей популярность Директории. Англия занялась созданием второй антифранцузской коалиции (Великобритания, Австрия, Россия, Швеция, Турция и Неаполитанское Королевство). Весной и летом 1799 г. австро-русские войска под командованием Александра Васильевича Суворова в ходе Итальянского похода в битвах при А́дде, Тре́ббии и Но́ви разбили французов. Созданные французами на Апенни́нском полуострове «дочерние» республики прекратили своё существование. Для участия в войне против Франции в Голландии высадился англо-русский десант. Только разногласия среди стран коалиции не позволили осуществить гениальный план Суворова. Он предлагал двинуться с австро-русской армией в Марсель и отрезать революционную Францию от Средиземного моря. В августе начались волнения в южных французских провинциях, а в октябре вспыхнуло восстание и в западных.
Авторитет Директории серьёзно пошатнулся не только из-за военных неудач, но также и в связи с реальной угрозой восстановления монархии и дореволюционных порядков после вступления на территорию Франции войск коалиции. Весной 1799 г. выборы в Законодательный корпус вновь окончились избранием якобинцев. Политики-республиканцы, генералы и офицеры, возвысившиеся во времена Республики, а также промышленники, финансисты и землевладельцы, приобретавшие свои капиталы и земельные владения в период революции, нуждались в более устойчивой власти, которая могла бы защитить их интересы. Правящие круги и армейская верхушка хотели иметь более стабильный политический режим, который избавил бы страну как от ужасов революционной диктатуры, так и от реставрации монархии.
18 брюмера. Бонапарт в Совете пятисот. Художник Ф. Бушо
Идейным вдохновителем заговора против режима Директории стал «ветеран революции» и член Директории Эммануэль Сийес.
К нему присоединились известные военные и политики. Сийес мечтал с помощью изменения конституции создать умеренную и устойчивую республику. Для этого надо было найти сильного и авторитетного лидера, который мог бы осуществить военный переворот, а затем передать управление обновлённой республикой вновь избранным правительству и парламенту. На роль такого лидера был выбран генерал Наполеон Бонапарт.
В октябре 1799 г. Бонапарт прибыл из Египта во Францию, где был встречен ликованием. Но прославленный генерал вовсе не собирался становиться пешкой в чужой политической игре. Именно поэтому он согласился возглавить военный переворот. 9 ноября 1799 г. (по республиканскому календарю – 18 брюме́ра) Законодательный корпус под предлогом существования «якобинского заговора» был переведён из Парижа в загородный дворец Сен-Клу. Назначенный по решению Совета старейшин командующим столичным гарнизоном, Бонапарт принял на себя всю власть в Париже. Два главных участника заговора добровольно ушли в отставку, трёх других членов Директории заставили сделать то же самое.