Не везде, однако, дело шло так благополучно. Легат Цезаря, Гай Курион, удачно вынудивший помпейцев под предводительством Марка Порция Катона удалиться из Сицилии, а затем переплывший в Африку, здесь потерпел жестокое поражение от правителя провинции и его союзника, царя Юбы Нумидийского. Сам Курион пал в битве, а остаток его войска сдался.
Точно так же и в Иллирии небольшое войско, отправленное туда Цезарем, было подавлено превосходящими силами Помпея. И Помпей, пользуясь свободой, которую Цезарь пока еще ему давал, позаботился о том, чтобы отовсюду собрать весьма внушительную воинскую силу. Главной квартирой Помпея и его партии был г. Фессалоники в Македонии. Там у них заседал и свой сенат, состоявший из 200 членов, в числе которых находился и Марк Туллий Цицерон, долго колебавшийся, прежде чем встать на сторону Помпея. Здесь все были так преисполнены уверенностью в победе, что уже заранее делили между собой имущество Цезаря и его приверженцев и не щадили громких слов. 11 легионов и 7 тысяч конницы вместе с другими вспомогательными войсками стояли наготове у Помпея и его партии, да еще 500 кораблей во флоте, при помощи которого эти воинские силы в любой момент могли быть переправлены на берега Италии.
Наконец Помпей стянул свои войска на эпирском побережье, близ Диррахия. Он, по-видимому, предполагал, что от него будет зависеть выбор момента, когда он должен будет перейти к наступательному способу действия. Между тем Цезарь, возвратившись из Испании, лишь на короткое время остановился в Риме, чтобы в качестве диктатора провести некоторые важные мероприятия, например, распространение прав римского гражданства на те части населения северной Италии, которые жили за рекой По и которым он обещал дать эти права. Затем он добился выбора его на 48 г. в консулы, т. е. именно того, чему хотела воспрепятствовать противная ему партия. Собрав некоторое число кораблей, он благополучно переправил из Брундизия в Грецию первую половину своего войска, около 25 тысяч человек, затем Марк Антоний так же благополучно переправил в Грецию и остальные четыре легиона. Он высадил их на берег, но севернее позиции Помпея, и Бог весть каким чудом ему удалось эту позицию обойти и соединиться с Цезарем. И вот в окрестностях Диррахия оба войска сошлись и стали друг против друга. Помпей весьма разумно избегал битвы, а Цезарь вынужден был ее искать, т. к. содержание его войска не было обеспечено. Так миновали первые месяцы 48 г. до н. э.; между войсками происходили стычки, неблагоприятные для Цезаря, и одна из них чуть не привела его к катастрофе. Ему, однако, удалось отступить и сохранить все свое войско, но он удалился в Фессалию и оттуда, в течение некоторого времени, наблюдал противника. В лагере Помпея, где было много всяких знатных знатоков воинского дела и еще больше военных дилетантов, по-видимому, пришли к заключению, что с Цезарем покончено, а поэтому предались полному бездействию – ни в Италию не двигались, ни за Цезарем вслед не шли. Только уже много времени спустя Помпей наконец, собрав свои силы, направил их по следам Цезаря, и оба войска еще раз сошлись близ города Фарсала (в начале августа 48 г. до н. э.), недалеко от того ряда Киноскефальских холмов, который был некогда прославлен победой Фламинина (197 г. до н. э.).