Феодосий был ревностнейшим христианином и противником арианства, поэтому он задался целью во что бы то ни стало искоренить язычество и установить христианство на незыблемой основе как единую общую веру. В своем указе 380 г. он говорит о христианстве как о религии, преподанной римлянам святым Петром, и заявляет во всеобщее сведение о своем намерении установить единство веры в империи. Согласно этому намерению он собрал в Константинополе собор (381 г.), на котором 150 съехавшихся отовсюду восточных епископов установили еще раз догмат о единосущии Бога-сына с Богом-отцом, а также учение о пресвятой Троице как главную основу католической церкви (catholica ecclesia). Мирянам были воспрещены всякие богословские споры, и суровые наказания наложены на всякое некатолическое богослужение. В то же время Феодосий выказал себя беспощадным гонителем древних культов. В 381 и 383 гг. он издал чрезвычайно строгие указы против всяких возвратов к язычеству и отпадений от христианства. Были воспрещены и языческие обычаи, и языческие увеселения. Высшей степени достигли преследования язычества в 391 г. в Александрии, когда был разорен знаменитый храм Сераписа, причем погибли и многие из языческих философов, не пожелавшие расстаться со своей верой. Грациан последовал на Западе примеру Феодосия. Тщетно просил его сенат, в большинстве еще состоявший из язычников, о возвращении той статуи Виктории, которая издревле украшала залу его заседаний. Император отклонил их просьбу, а в 383 г. навсегда сложил с себя сан высшего жреца (pontifex maximus). Но его власть вскоре была поколеблена тем, что он отдалил от себя католическую партию явным поощрением возникшей в Испании аскетической секты присциллиан, а в войске вызвал недовольство предпочтением, которое отдавал германцам. В Британии восстал против императора (в 383 г.) любимый тамошними войсками вождь, Клеменций Максим; Грациан вступил с ним в битву близ Парижа и потерпел поражение, и вскоре был умерщвлен в Лугдуне. Максим был ревностным христианином и сторонником католических постановлений, и в Трире (его резиденции) впервые была пролита кровь еретиков-присциллиан. Это вызвало общее неодобрение в среде христиан и особенно заслужило порицания со стороны Амвросия, епископа Миланского, и просвещенного Мартина, епископа Турского. Юный император Валентиниан II, опасаясь могущества Максима, спасся бегством к Феодосию, который принял сторону юноши, когда тот отрекся от арианства. Феодосий пошел войной против Максима (388 г.), разбил его, и вскоре Максим был убит в Аквилее воинами одного из полководцев Феодосия, франка Арбогаста. После этого на Западе Феодосий принялся за искоренение древнего языческого культа, против которого стал издавать указ за указом. Тогда же император Феодосий, стоявший в данное время на высоте своего величия и могущества, выказал себя смиренным и покорным сыном церкви: по приказанию архиепископа Амвросия за тяжкое кровопролитие, совершенное от имени императоров в Фессалониках, сам император явился в Милан в одежде кающегося грешника.
Еще раз пришлось Феодосию бороться против восстания, когда вышеупомянутый франк Арбогаст восстал против Валентиниана II, который и погиб в войне с ним. Франк-язычник не мог присвоить себе императорского титула и поэтому возвел на этот сан одного из знатных вельмож империи, некоего Евгения.
В 394 г. Феодосий явился к своим войскам в Сирмий, выступил против мятежников и, благодаря предательству, одержал над ним победу. Еще во время битвы Евгений был выдан ему и немедленно убит. Арбогаст сам покончил с собой; в его лице – этого последнего вождя-язычника – пала последняя опора языческих богов. В этом же 393 г., в 293-ю Олимпиаду, в последний раз были отпразднованы Олимпийские игры.
В 395 г. умер Феодосий. Он оставил двух сыновей, Гонория и Аркадия, давно носивших титул Августов. Из них Гонорий принял на себя управление западной, а Аркадий – восточной частью Римской империи; оба они были еще почти мальчиками, и потому каждый из них правил под руководством старшего сановника. Взаимная зависть этих министров-советников, Стилихона и Руфина, повергла империю в новые смуты и, благодаря различным случайностям, способствовала окончательному разделению империи на Западную и Восточную как самостоятельные государства.