Во второй раз князя Ярослава новгородцы пригласили в 1222 году, когда город покинул малолетний князь Всеволод Юрьевич и некому было оборонять город от Литвы. Ярослав со своей дружиной пошел на литовцев, но не догнал. Они ушли за Усвят. Новгородцы же, перессорившись, не могли решить: нужен ли им князь, коль угрозы со стороны Литвы нет. Ярослав разрешил этот спор — он ушел сам. Но в 1223 году его опять пригласили, и только мольбы архиепископа Антония заставили его вернуться в строптивый и неугомонный город. Ярослав пришел с войском, покорил всю Чудскую землю и, взяв большой полон, вернулся с победой. В 1226 году князь Ярослав пришел в Новгород в очередной раз.
— Отец, зачем тебе город, из которого изгоняют князей? — не унимался Александр, пытаясь сопоставить то, что рассказывал ему отец о княжеском долге и княжеской чести. Ответ же отца Александра немало удивил.
— Не городу я служу, — чуть растягивая слова, произнес князь Ярослав, — а всей земле русской. Вот ноне немцы заняли Юрьев, заволновалась корела и емь. Ходил я на них. Ходил и побеждал. А боярам новгородским все мало. Им всегда будет мало. Речь не о них. Там, — показал князь Ярослав на запад, — ворог сильный и коварный — крестоносцы. И Юрьев — это только начало. Если их сегодня не остановить, завтра они город за городом будут воевать Русь.
Почти два года княжичи прожили в Новгороде Великом. Они познали особенности управления Новгородской республикой, ее устройство и территорию, взаимоотношения с соседями. Познались с лучшими новгородскими людьми, мудрым архиепископом Антонием, который познакомил их с написанной им самим, когда он был еще боярином Добрыней Ядрейковичем, Софийской владыческой летописью.
Но княжение Ярослава окончилось неожиданно. С войском он направился в поход на Ригу, где свили свое змеиное гнездо крестоносцы. В подвластном Новгороду Пскове он хотел пополнить ряды воинов и отдохнуть, но Псков ворота не открыл, хотя с ним находились в походе новгородский посадник Иванко и тысяцкий Вячеслав. Князь вернулся в Новгород и призвал переяславскую дружину, которая расположилась военным станом на Словенском холме. С приходом полков цены на продукты в Новгороде поднялись, что горожанам не понравилось. К тому времени Псков заключил союз с Ригой. Князь Ярослав расценил это как предательство и послал боярина Мишу к псковичам с предложением прекратить всякие сношения с крестоносцами и готовиться к совместному походу на Ригу. Но Псков ответил отказом. Мало того, псковичей поддержали новгородцы. На вече они провозгласили, что не пойдут без братьев-псковичей на крестоносцев, и потребовали увода переяславских полков. Князь с княгиней и дружиной ушли в Переяславль, оставив наместниками в Новгороде княжичей Федора и Александра.
К осени положение в Новгороде осложнилось: голод, болезни… Недовольство боярами вывело народ на улицы, начался мятеж. Архиепископ Антоний был смещен, а позже сослан в Хутынский монастырь, дворы приверженцев князя Ярослава разграблены. 20 февраля 1229 года боярин Федор Данилович тайно вывез княжичей из мятежного города.
Новгородцы призвали на княжение черниговского князя Михаила. Князь Ярослав, оскорбившись, начал готовить поход на Новгород, но прибывший из Киева митрополит Кирилл помирил Ольговичей с Мономашичами. Михаил уехал в Чернигов, оставив наместником в Новгороде пятилетнего сына Ростислава.
В 1228–1230 годах разразился страшный голод. В Новгороде люди умирали тысячами, и некому их было хоронить. Ростислав покинул вымирающий город, и взгляды новгородцев уже в который раз обратились в сторону Переяславля-Залесского. Посольство увенчалось успехом, и 30 декабря 1230 года князь Ярослав с сыновьями Федором и Александром прибыли в вольный город. Прожив в городе две недели, князь Ярослав возвратился в Переяславль, оставив в Новгороде наместниками сыновей.
Александр принял самое деятельное участие в борьбе с голодом. Он помогал страждущим, заступался за сирот и вдовиц, никто не уходил из княжеского терема, не получив помощи. Но беда не приходит одна. Весной 1231 года на Новгород обрушились пожары — выгорел весь Словенский конец, тысячи новгородцев остались без крова. Александр вновь проявил сострадание и участие. Обозы с хлебным припасом из Переяславля-Залесского и Владимира помогли новгородцам выжить в это непростое время. 1232 год выдался богатым на урожай, голод прекратился.