После двухлетнего мирового турне, в которое Бейкер отправилась в 1928 году, Folies Вergere встречал свою звезду гигантскими афишами по всему Парижу и фотографиями Бейкер шестиметровой высоты у входа в театр. Именно тогда Бейкер сказала свое сакраментальное: "Я не хочу жить без Парижа… Я хочу быть достойной Парижа".
Быть достойной Парижа ей удалось вполне. Сразу после вторжения немцев во Францию Бейкер вступила в ряды французского Сопротивления. С октября 1940 года, пользуясь своей всемирной славой, Бейкер с секретной миссией колесила по Европе. Будучи подпольным курьером, в своем багаже, а порой и просто под платьем, она перевозила тайные донесения объединенных сил "Свободной Франции".
В декабре 1940-го в Марселе она должна была выступать в оперетте Оффенбаха, но, нарушив условия контракта, неожиданно уехала в Алжир, а потом с таинственным диагнозом находилась в клинике Касабланки с июня 1941 года по декабрь 1942-го. Что в действительности делала в это время Бейкер — секрет. Как утверждала потом Бейкер, болезнь сильно ослабила ее здоровье. Однако не настолько, чтобы не совершить вояж по Северной Африке и Ближнему Востоку в чине младшего лейтенанта женского вспомогательного подразделения Свободных французских сил.
В Париж Жозефин вернулась в 1944 году вместе с войсками союзников. Она записала пластинку с Жо Буйоном, за которого вскоре вышла замуж. 3 июня 1947 года состоялась их свадьба. За годы их совместной жизни Бейкер растратила огромные суммы и залезла в большие долги. Ее семейная жизнь с Буйоном продолжалась 13 лет. Именно с ним в ее жизни появилось «племя Радуги», как она называла усыновленных ребятишек. Ради них она прекратила выступления, но, денег, которых казалось много, утекли слишком быстро, да и Жо, не выдержав такой семейной жизни сбежал. Помогать Жозефин приехали ее мать, брат, сводная сестра и деверь. Жозефин самостоятельно управляла делами и вскоре разорилась. После нескольких сердечных приступов, чтобы как-то поддержать семейство, она снова начала выступать.
В 1969 году дом Жозефин продали с аукциона. Она забаррикадировала двери, и новым хозяевам пришлось нанять 8 головорезов, чтобы вытащить Жозефин из здания.
Весь день она просидела на пороге в одной ночной рубашке. "Самое забавное, — писала она потом, — что внутри так и остались мой парик и моя вставная челюсть".
Ее забрали в больницу. Ходили слухи, что она умирает. Но всего лишь через две недели Жозефин снова появилась на сцене, давая по семь представлений в неделю. Благодаря помощи Красного Креста и Грейс Келли с ее венценосным супругом принцем Ренье. Они предложили Бейкер ее сестре и детям виллу в Монако, а в 1975 году уговорили Жозефин Бейкер дать серию концертов в Карнеги-холле и в Париже.
Ее концерты, которые Бейкер обычно составляла из песен на разных языках, были продолжением ее философии, выражавшейся в вере в расовую, национальную и религиозную гармонию. За это левая европейская интеллигенция любила ее пуще прежнего.
Однако всякий раз, как она появлялась на родине, ее философия терпела крах. В Америке Бейкер, которую во Франции почитали как национальную героиню, позволялось выступать только в клубах для черных. Ей не раз отказывали в обслуживании в ресторанах и гостиницах для белых. Она отвечала Америке тем же — отказывалась давать концерты там, куда не допускалась смешанная аудитория.
За вечный бой, который Бейкер вела с расовой сегрегацией, во времена разгула маккартизма реакционная американская пресса отплатила ей сполна. Журналист Уолтер Уинчелл, один из самых ярых сторонников сенатора Маккарти, умудрился связать ее имя и с коммунистами, и с нацистами. В результате в 1952 году, гастролируя в Буэнос-Айресе, Бейкер заявила репортеру: "США — не свободная страна… Они относятся к неграм, как к собакам". Припомнив ей это, в 1955-м представители иммиграционной службы США учинили Бейкер допрос с пристрастием, обвинив ее в антиамериканских настроениях и провокационных действиях.
Реванш Бейкер взяла при Кеннеди. В августе 1963 года в Вашингтоне она поддержала демонстрацию, организованную Мартином Лютером Кингом, а в октябре устроила "показательные выступления" на Манхэттене. Чтобы, как написала тогда New York Times, "петь, танцевать и бороться с предубеждениями".