Вопрос о положении грибов в общей системе природы очень давно стал волновать естествоиспытателей. Весьма своеобразная форма грибов, многообразие их видов, исключительная, как казалось на первый взгляд, непоследовательность, неожиданность и часто ничем внешне не объяснимая массовость их появления, отсутствие каких-либо известных до начала XVIII в. способов их размножения не давали ученым древности достаточно серьезных и убедительных оснований для отнесения грибов к одному из известных тогда царств природы: растениям, животным или минералам. Особенно поражали грибы внезапностью своего появления. Поэтому поиски причин этого явления приводили древних исследователей к самым разнообразным предположениям. Появление грибов связывали то с ударом молнии, то с действием росы, то с испарениями гниющих органических веществ и т. д. А когда жизнь опровергла эти предположения, появление грибов относили просто к игре природы. Приписывали грибам и божественное происхождение, что в значительной степени облегчало задачу "исследователей" того времени. Процесс познания природы грибов очень затянулся. В одном из первых немецких травников, относящихся уже к XVI в., о грибах было сказано буквально так: "Грибы называются детьми богов, ибо родятся они без семян, не так, как другие".
Естественно, что если одни говорили о божественном происхождении грибов, то их "научные" оппоненты приписывали грибам связь с нечистой силой. В 1727 г. французский ботаник Вейян утверждал, что грибы — это, бесспорно, изобретение дьявола, придуманное для того, чтобы нарушить гармонию остальной природы, смущать и приводить в отчаяние исследователей... Впрочем, надо сказать, что и в более поздние времена некоторые ученые, не умея найти научного объяснения явлениям природы, приписывали их козням "нечистой силы". Однако история изучения грибов знает и научные подходы к проблеме их положения в системе живой природы. Еще в III в. до нашей эры о грибах как о своеобразных растениях упоминалось в трудах "отца ботаники", древнегреческого ученого Теофраста, выделившего четыре ступени, или царства, природы: неорганическое, растения, животные, человек.
Великий классификатор растений и животных шведский ученый Карл Линней в ХУШ в. окончательно закрепил принадлежность грибов к царству растений, хотя и не без колебаний, так как ранее он был склонен причислить грибы вместе с полипами к животным. В своем капитальном труде "Система природы", вышедшем в 1735 г., Линней разбил все растения на 24 класса и отнес грибы к последнему из них, в котором объединил под названием тайнобрачных все растения, не имеющие цветков, т. е. споровые.
Что же определило отнесение грибов к растениям? Прежде всего способ их питания — поглощение питательных веществ из раствора через клеточную стенку, а не путем заглатывания пищи, как у животных. Кроме того, грибы с растениями роднило наличие жесткой клеточной стенки, размножение спорами и неограниченный рост.
По прошествии более чем двух веков со времен Линнея вновь возник вопрос о правомерности включения грибов в царство растений. Дело в том, что изучение с помощью электронного микроскопа строения грибов и применение точных методов биохимии при исследовании их обмена веществ показали, что, помимо растительных, у грибов имеется еще ряд признаков характерных и для животных. С животными грибы сближают полное отсутствие хлорофилла в клетках и неспособность синтезировать органическое вещество из неорганического, образование мочевины в процессе обмена веществ, наличие хитина в клеточной стенке. Отсюда возникло предположение, что грибы возникли еще до того, как среди примитивных первичных живых организмов обособились организмы с чертами животных или растений.
Для решения вопроса о положении грибов в системе живого мира важное значение имеет установление их родственных связей с другими организмами. Существовала гипотеза, что грибы произошли от древнейших водорослей, однако при этом не учитывалось, что водоросли — это типичные фотосинтезирующие организмы и, следовательно, закономерно занимают место в царстве растений. По этому признаку грибы с их отдельными чертами животной организации связать с водорослями не удается.
Схема эволюции живого мира, где грибы занимают промежуточное положение между животными и растениями
В настоящее время наиболее обоснованно предположение о том, что грибы произошли от бесцветных примитивных одноклеточных жгутиковых организмов, обитающих в воде, — флагеллят, точнее, от их древнейших предков, которые были, вероятно, одними из первых обитателей первичных водоемов нашей планеты и среди которых еще нельзя было выделить ни типично растительных, ни типично животных организмов. Большинство биологов склоняются сейчас к тому, что грибы — это самостоятельное царство живых организмов, существующее наряду с животными и растениями. Эта гипотеза подтверждается и предполагаемым возрастом грибов по палеонтологическим данным. Ископаемые остатки грибов значительно беднее, чем таковые растений и животных. И все же нам известны отпечатки и окаменелости плодовых тел шляпочных грибов и трутовиков, отпечатки пораженных грибами листьев и других органов растений, грибницы в корнях растений (ископаемые микоризы), ископаемые споры, которых встречается особенно много. На основании этих данных предполагается, что грибы появились у самых истоков жизни в древнейшей геологической эре — архейской, около миллиарда лет назад. Именно этим возрастом датируются находки, сделанные в Австралии, где в соответствующих этому возрасту слоях были найдены зеленые водоросли и вместе с ними лишенные хлорофилла организмы, предположительно отнесенные к грибам. Находки на территории нашей страны, в юго-восточной части Якутии, относящиеся к той же эре, но чуть более позднему периоду (около 850 млн. лет назад), подтверждают существование уже достаточно сформированных грибных организмов.