В начале палеозойской эры, следующей за архейской, в кембрийский период (600 млн. лет назад) — в период господства водорослей и морских беспозвоночных животных — грибы уже достаточно сформировались и существовали как сапротрофы на органических веществах и как паразиты растений и животных. В каменноугольный период этой же эры (265 млн. лет назад) грибы достигли расцвета. В верхнекаменноугольных отложениях Англии в клетках корней некоторых ископаемых сосудистых растений были найдены следы грибных гиф, из чего можно заключить, что уже тогда возникло сложное сожительство грибов с растениями — микориза. Исходя из этого, для некоторых групп грибов время их ответвления на общем стволе развития грибов или время их появления как формирующейся отдельной группы грибов можно определить точнее. Например, широко распространенные и всем известные шляпочные грибы в большинстве своем связаны с корнями древесных пород, под которыми растут. Следовательно, вряд ли они могли появиться значительно раньше этих высших цветковых растений, что служит косвенным подтверждением времени появления этой группы грибов. Можно предположить, что, возникнув где-то одновременно с высшими растениями, шляпочные грибы прошли с ними длительную совместную эволюцию, в результате которой гриб и дерево оказались тесно связанными в своем существовании.
Очень древними являются ржавчинные грибы, паразитирующие на многих зеленых растениях, в том числе и на папоротниках — древнейших наземных зеленых обитателях нашей планеты. Споры этих грибов найдены и на ископаемых остатках папоротников, относящихся к каменноугольному периоду.
К реликтовым видам мелового периода мезозойской эры (130 млн. лет назад) относятся, по палеонтологическим данным, такие пустынные виды грибов — близких родственников дождевиков, как подаксис пестичный и баттарея веселковидная, обитающие в настоящее время в основном в Казахстане и Средней Азии. Вероятно, отсутствие необходимости вести борьбу за пищу и место произрастания в таком пустынном месте позволили этим грибам выжить и сохраниться до наших дней.
Пустынные грибы баттарея и подаксис
Полного своего расцвета грибы достигли в третичный период (около 76-25 млн. лет назад) кайнозойской эры, в которую живем и мы. В этот период, судя по ископаемым находкам, уже существовали все основные группы грибов, которые известны сейчас.
Вопрос о месте грибов в сложной системе живого мира еще нельзя считать окончательно решенным. Только дальнейшие исследования ученых различных биологических специальностей — ботаников-систематиков, биохимиков, генетиков и др., вооруженных новейшими методами исследования, позволяющими изучать тончайшие структуры клетки грибов и особенности обмена веществ в ней, дадут окончательный ответ на этот вопрос.
История изучения грибов
Научное латинское название "микота" или "мицетес" грибы получили от греческого названия шампиньонов — "микос", которые знали еще древние греки и которые упоминаются в трудах Теофраста (Ш в. до нашей эры). Тогда были известны главным образом крупные съедобные грибы — шампиньоны, сморчки, трюфели — о них и упоминает Теофраст. От слова "микос" наука о грибах получила название микология, хотя в специальной литературе встречается и другое латинское название грибов — "фунги", произошедшее от собственно латинского существительного "фунгус" — гриб.