Хотя нацисты не возражали против захвата Сталиным прибалтийских стран и были согласны даже с захватом Бессарабии, его желание взять под контроль побережье Черного моря и устье Дуная, неподалеку от нефтяных промыслов в Плоешти, они посчитали не просто провокационным, а несущим в себе скрытую угрозу.
Сопротивление поляков в отдельных местах продолжалось еще и в октябре, но масштабы их поражения были чудовищными. По разным оценкам, вооруженные силы Польши в боях с немцами потеряли 70 тыс. человек убитыми, 133 тыс. ранеными и 700 тыс. пленными. Общие потери немецкой армии составили 44 тыс. солдат и офицеров, в том числе 11 тыс. убитыми. Слабая авиация Польши была полностью уничтожена, но и люфтваффе понесли на удивление большие потери – 560 самолетов, преимущественно вследствие авиакатастроф, а также огня польской зенитной артиллерии. А доступные исследователям данные о польских потерях при советском вторжении выглядят ужасающе. Красная Армия, как утверждается, потеряла 996 человек убитыми и 2 002 ранеными, в то время как потери поляков только убитыми составили 50 тыс. человек, а количество раненых неизвестно. Такую несоразмерность можно объяснить только массовыми расстрелами. Скорее всего, сюда входят расстрелы, произведенные весной следующего года, в том числе и в Катынском лесу.
Гитлер не спешил с объявлением о гибели польского государства. В октябре он все еще надеялся принудить Англию и Францию прийти к соглашению. Несостоявшееся наступление союзников на западе в помощь полякам привело его к мысли, что ни англичане, ни особенно французы в действительности не хотят вступать в войну. 5 октября в Варшаве на параде по случаю победы над Польшей рядом с Гитлером стоял генерал-майор Эрвин Роммель. После принятия парада фюрер обратился к иностранным журналистам. «Господа, – сказал он, – вы видели руины Варшавы. Пусть это станет предупреждением для тех политических деятелей в Лондоне и Париже, которые все еще думают о продолжении войны». На следующий день он выдвинул в Рейхстаге «предложение о заключении мира». Но когда оно было отвергнуто правительствами союзников, и когда стало ясно, что Советский Союз решительно настроен не оставить никаких следов польской государственности в своей зоне, Гитлер, в конце концов, решился полностью уничтожить Польшу.
Оккупированная немцами Польша была поделена на генерал-губернаторство, расположенное в центре и на юго-западе бывшей Польши, и на области, включенные в состав рейха (Данциг – Западная Пруссия и Восточная Пруссия на севере, Вартеланд на западе и Верхняя Силезия на юге). Масштабная кампания этнических чисток опустошила те части бывшей Польши, которые должны были войти в состав рейха и подвергнуться «германизации». Эти районы должны были быть заселены Volksdeutsche – немцами из прибалтийских стран, Румынии и некоторых других балканских стран. Польским городам дали немецкие названия. Лодзь переименовали в Лицманштадт, в честь немецкого генерала, который воевал в этих краях во время Первой мировой войны. Городу Познани вернули былое прусское название – Позен. Он стал административным центром области Вартегау.
Жестоким преследованиям подверглась католическая церковь Польши, символ польского патриотизма. Многие из священнослужителей были арестованы и депортированы. Пытаясь уничтожить польскую культуру, а также не допустить появления нового поколения национальных лидеров, немцы закрыли школы и университеты. Полякам разрешалось получать лишь начальное образование – для рабов его было вполне достаточно. В ноябре все профессора и преподаватели Краковского университета были отправлены в концентрационный лагерь Заксенхаузен. Польских политических заключенных отправляли в бывшие кавалерийские казармы, расположенные в городке Освенцим, переименованном немцами в Аушвиц.
Нацистские чиновники отбирали большое количество поляков для работы в Германии, а также молодых женщин, которым предстояло трудиться в качестве домашней прислуги. Гитлер сказал главнокомандующему сухопутными войсками генералу Вальтеру фон Браухичу, что им нужны «дешевые рабы», а также что необходимо очистить от всего этого «сброда» новообретенные немецкие земли. Детей-блондинов, чья внешность соответствовала арийским идеалам, забирали из польских семей и отправляли в Германию для усыновления. Однако Альберт Ферстер, гауляйтер имперского округа Данциг – Западная Пруссия, привел в ярость крайних сторонников чистоты расы среди нацистов: он разрешил массовое причисление поляков к категории «фольксдойче», т. е. этнических немцев. Для попавших в такую категорию поляков, каким бы унизительным и отвратительным ни было изменение их национальности, только оно давало единственную возможность избежать депортации и потери своего жилища. Но вскоре после этого мужчин начали призывать в ряды вермахта.