4 октября Гитлер издал приказ об амнистии всех солдат и офицеров, которые совершили убийства мирных жителей и пленных. Подобные действия официально объяснялись «чувством гнева на зверства поляков». Многие немецкие офицеры были встревожены тем, что они считали ослаблением военной дисциплины. «Мы были свидетелями ужасающих сцен, в которых немецкие солдаты жгли, грабили и убивали, даже не задумываясь о том, что они делают, – писал командир одной артиллерийской батареи. – Взрослые люди, не осознавая, что они делают, без всяких угрызений совести, действовали вопреки законам, уставам и кодексу чести немецкой армии».
Генерал-лейтенант Йоханнес Бласковиц, командующий Восьмой армией, настойчиво возражал против убийств мирного населения эсэсовцами и их подручными из полиции безопасности и «отрядов самообороны» фольксдойче. Гитлер, выслушав его рапорт, в бешенстве заявил, что «нельзя вести войну, руководствуясь правилами Армии спасения». Любые возражения со стороны армии встречали такую же реакцию. Однако большинство немецких офицеров было уверено, что Польша не имеет права на существование. Против вторжения в Польшу никто из них не возражал по моральным соображениям. Некоторые из офицеров старшего возраста, будучи еще членами фрайкоров во время полного хаоса, наступившего после окончания Первой мировой войны, участвовали в ожесточенных боях с поляками, проходивших в приграничных районах, особенно в Силезии.
Польская кампания и события, последовавшие за ней, во многом стали полигоном для последующей Rassenkrieg – расовой войны против Советского Союза. Было расстреляно около 45 тыс. мирных граждан – поляков и евреев, причем производили эти расстрелы в основном солдаты немецких армейских частей. Айнзатцгруппы СС расстреливали из пулеметов пациентов лечебниц для душевнобольных. Айнзатцгруппа действовала в тылу каждой немецкой армии, осуществляя операцию под кодовым названием «Танненберг». В ходе ее они хватали и даже убивали аристократов, судей, известных журналистов, профессоров и всех тех, кто в будущем мог бы возглавить движение Сопротивления в Польше. 19 сентября обергруппенфюрер СС Гейдрих открыто сказал генералу артиллерии Францу Гальдеру, начальнику Генерального штаба сухопутных войск, что будет проведена «зачистка евреев, интеллигенции, священников и аристократии». Сначала проводимый против мирного населения террор был бессистемным, особенно тот, что осуществлялся отрядами этнических немцев, но уже к концу года он стал приобретать черты системного и хорошо управляемого.
Хотя Гитлер всегда был бескомпромиссным в своей ненависти к евреям, тот конвейер геноцида, который был запущен в 1942 г., поначалу не входил в его планы. Он с восторгом погружался в свой маниакальный антисемитизм, именно он создал нацистский идеологический стереотип, в соответствии с которым Европа должна была быть «очищена» от еврейского влияния. Но его планы перед началом войны не включали в себя полное уничтожение евреев. Он рассчитывал на то, чтобы создать для евреев невыносимые условия, и тем заставить их эмигрировать.
Нацистская политика в «еврейском вопросе» все время менялась. В действительности сам термин «политика» применительно к нацистам может ввести в заблуждение, если принять во внимание тот функциональный хаос, который существовал в Третьем рейхе. Пренебрежительное отношение Гитлера к любому виду администрирования привело к возникновению огромного количества конкурирующих министерств и ведомств. Это соперничество, особенно между гауляйтерами и другими функционерами нацистской партии, между СС и армией приводило к поразительному отсутствию согласованности, что полностью противоречит сложившемуся имиджу режима, якобы обладавшего беспощадной эффективностью. Хватаясь за случайные высказывания фюрера или пытаясь предвосхитить его желания, соперничающие за его благосклонность нацистские функционеры разрабатывали те или иные программы, абсолютно не консультируясь с другими заинтересованными организациями.
21 сентября 1939 г. Гейдрих издал приказ, утвердивший «предварительные меры» обращения с еврейским населением Польши, которое до вторжения насчитывало три с половиной миллиона человек и составляло 10 % всего населения страны – больше, чем в любом другом европейском государстве. Из них в советской зоне оказалось около полутора миллионов человек, но к ним добавилось еще приблизительно 350 тыс. человек, бежавших на восток от наступавших немецких войск. Гейдрих приказал, чтобы те евреи, которые остались на немецкой территории, были сконцентрированы в крупных городах с хорошим железнодорожным сообщением. Предстояло массовое перемещение населения. 30 октября Гиммлер отдал приказ силой отправить всех евреев из Вартегау в генерал-губернаторство. Их дома надлежало передать переселенцам-фольксдойче, которые никогда до этого еще не жили в границах рейха, и чей разговорный немецкий зачастую с трудом можно было понять.