Из Запорожья на Крым идет Серко, после чего нападает на Чигирин. Оставшийся без своего главного союзника, крымского хана, Выговский отходит от Днепра. Слухи, что Выговский отдался полякам, отталкивают от него людей. Поляки вызывали такую ненависть, что в войске Выговского вспыхивает восстание. Это происходит в 1659 году во время столкновения войск Юрия Хмельницкого (пришедших с Левобережья) с войсками Выговского. Казаки Выговского переходят на сторону Юрия, с Выговским остаются лишь наемники и поляки.
На Левобережье к войскам Трубецкого, посылают Петра Дорошенко «с новыми условиями». Трубецкой требует, чтобы в Переяслав приехал Юрий Хмельницкий. На второй Переяславской Раде в 1659 году Трубецкой зачитывает государевы статьи: 1) в Ново-Северске, Чернигове, Староудбе быть московским воеводам, так как эти города всегда принадлежали Москве, а не Малой Руси и если в них стоят казаки, то пусть остаются при воеводах; 2) гетману посылать войска, куда царь велит, а без воли царя не посылать никуда; 3) гетмана без царского указа не менять.
В качестве гетмана снова подтверждается Юрий Хмельницкий, который подписал все статьи договора.
Возобновившаяся между Польшей и Россией война идет с переменным успехом. Летом 1660 года Василий Шереметьев и Юрий Хмельницкий идут на Галич. Поляки окружают войска Юрия и начинают его уговаривать перейти на их сторону. Шереметьев ретируется за Днепр, поляки задерживают Юрия на Правобережье. Москва ждет Юрия, а старшина уговаривает его «признать над собой хана крымского, попробовать татарской опеки». Юрий «решает» эту проблему, постригшись в монахи. Польским ставленником – гетманом Правобережья становится Тетеря.
Брюховецкий, избранный гетманом Левобережья, считает себя носителем запорожских традиций и начинает притеснять зазнавшуюся старшину. Тем временем поляки со своим гетманом Тетерей вторгаются на Левобережье, однако в войсках Тетери начинаются бунты сторонников Москвы. Поляки обвиняют во всем Выговского и расстреливают его, однако бунты не пракращаются. Поляки люто карают повстанцев, но это только увеличивает симпатии к Москве. Восстания в полках Тетери приводят польское войско к распаду. Сам Тетеря перебегает на Левобережье и подчиняется Москве.
В 1667 году между Москвой и Польшей заключается Андрусовский мир, по которому Левобережье снова остается за Москвой, а Правобережье за Польшей. Однако в результате восстаний в казацких полках Тетери, поляки уходят с юга Правобережья (Брацлавщина, Подолье и южная часть Киевщины).
Уходом поляков пользуется крымский хан и захватывает освободившуюся часть Правобережья, а своим гетманом делает Опарю. Но вскоре, поссорившись с левобережным гетманом, там появляется Петро Дорошенко. Оклеветав перед ханом Опарю, Дорошенко сам получает гетманство от хана.
Тем временем Брюховецкий, продолжает борьбу со старшиною и все более опирается на Москву. Вернувшись из Москвы, он начинает увеличивать поборы с населения и восстанавливает против себя народ. Когда начинаются протесты Брюховецкий просит Москву вырезать взбунтовавшиеся села. Москва отказывается. Тогда Брюховецкий начинает вести переговоры с Дорошенко. Дорошенко хитрит с Брюховецким, обещая ему булаву гетмана объединенных под властью хана обоих берегов Днепра. Одновременно Дорошенко хитрит с Польшей и Москвой, обещая привести своих казаков в подданство той и другой. В 1668 году Дорошенко со своими казаками и большим количества татар вторгается вглубь Левобережья. К нему навстречу идет Брюховецкий, которого под Диканькой убивают дорошенковские казаки и его тело его долго валяется непогребенным. В качестве награды Дорошенко выкатывает несколько бочек горелки, упившись которой к вечеру казаки уже подумывают убить и самого Дорошенко…
Население Левобережья, терроризированное татарами, вынужденно признать гетманом Дорошенко. Но вскоре, оставив своим наместником Многогрешного, Дорошенко спешит на правый берег к своей жене (не то заболевшей, не то изменившей ему). После его ухода митрополит Баранович выступает за московское подданство и объединяет сторонников России. К ним примыкает и Многогрешный, которого уже выбрали гетманом Левобережья.
Запорожцы тем временем продолжали жить самостоятельной жизнью. Будучи подданными царя, они не хотят подчиняться никакому гетману. Воюя с Дорошенко и переманивая на свою сторону его казаков и татар, запорожцы доставляет ему много неприятностей.
Гетманов в то время было трое и ни один из них не был самостоятельным . Дорошенко – гетман южной части Правобережья (подданный Турции); Ханоненко – гетман Польши; Многогрешный – гетман Москвы.
Поляки с гетманом Ханоненко идут на Дорошенко, что приводит к войне между Польшей и Турцией. Войска султана громят Польшу и вынуждают ее в 1672 году к Кучевскому миру, по которому поляки отказываются южной части Правобережья и уступают ее султану. Увидев, что там начали творить татары (подданные султана), Дорошенко начинает переговоры с Москвой. К тому времени Многогрешного оклеветала старшина и отправила в Москву, а сама избрала гетманом Самойловича. Выборы нового гетмана происходили на московской земле, так как старшина боялась восстания народа из-за несправедливой расправы с Многогрешным.
Узнав, что Дорошенко начал переговоры с Москвой, Самойлович всеми силами старается убедить ее начать войну с Дорошенко.
Польша заявляет Москве, что принятие ею в подданство Дорошенко и его казаков будет считаться нарушением Андрусовского мира.
Народ терпит Дорошенко, так как не знает о его турецком подданстве. Подданство становится явным после его похода с турками на Левобережье. Москва отправляет гетмана Самойловича за Днепр, чтобы без войны договориться с Дорошенко. Но Самойлович хочет устранить конкурента и начинает перетягивать на свою сторону дорошенковских старшин. Власть Самойловича признают 10 правобережных полков. В присутствии приехавшего из Москвы Ромадановского Самойловича избирают гетманом Лево- и Правобережья. Дорошенко шлет Самойловичу поздравление, а сам призывает на помощь крымских татар и турок.
Когда приходят вести об идущих на татарах и турках Самойлович отходит за Днепр. Пришедшие турки начинают мстить населению Подолии и Браславщины. С ними идет и Дорошенко, разрушая села, карая людей и принуждая признавать его власть.
Для населения самым большим лихом является ясырь. Басурманы захватывают тысячи невольников, их продают даже в гетманской столице – городе Чигирине. Невольников продают даже под окнами самого гетмана Петра Дорошенко.
Татары, подстрекаемые Дорошенко, добираются аж под Львов и Люблин и берут в плен 100 тысяч человек.
От всего этого население Малороссии стало целыми селами бежать на Правобережье на территорию теперешнего Харькова и Воронежа. Кульминации переселение достигает в 1674 году. Дорошенко пытается препятствовать бегству, выдает беглецов татарам, но это не помогает. Правобережье пустеет, а на Левобережье остается мало незанятых земель.
Но турки уходят, казаки разбегаются, а оставшийся с горсткой наемников Дорошенко пытается выторговать себе гетманство у Москвы. Но этому противится Самойлович.
Осенью 1676 года войска Самойловича и Ромодановского наступают на Чигирин и Дорошенко сдается на милость Москвы. Москва требует его себе, таким образом ограждая от мести Самойловича. Дорошенко сначала держат почетным арестантом в Москве, а потом посылают почетным воеводой в Вятку, после чего дарят ему село в Малороссии, где он и умирает 1782 году.
Москва, не желая более вести войну, велит Самойловичу оставить правый берег Днепра, переселяя оттуда как можно больше людей. Население это было расселено на землях московских окраин, называвшихся тогда «Московскими слободскими украинами».
Южной частью Правобережья снова овладевают татары и назначают своим гетманом Юрия Хмельницкого, перед этим приказав патриарху снять с него монашеский сан. Назначение Юрия гетманом не привлекло на южное Правобережье (как того надеялись татары) потока переселенцев. Вскоре после этого татары убивают Юрия.