Обычно крейсера считались в безопасности от возможного нападения подводных лодок, если они могли следовать постоянной среднеэкономической скоростью хода в 20 узлов или более, а у «Индианаполиса» средне-экономическая скорость хода составляла 15,7 узла. Однако, хотя в районе Марианских островов и имелись в наличии готовые к действию эскортные корабли, требование Маквея было отклонено на том основании, что в эскортировании «Индианаполиса» не было никакой «необходимости». Таким образом, 28 июля капитан 1-го ранга Маквей вывел свой неэскортируемый корабль в море, имея приказ «следовать противолодочным зигзагом по собственному усмотрению».
До 19:30 «Индианаполис» следовал противолодочным зигзагом истинным курсом 262˝ со скоростью 17 узлов. В 19:30 29 июля следование зигзагом было прекращено. С той же скоростью 17 узлов крейсер продолжал идти через Филиппинское море прямым курсом. Через несколько часов, когда видимость по курсу «Индианаполиса» уменьшилась примерно до 7 миль, Хасимото, не подозревая, что где-то вблизи от него находится корабль противника, приказал Джи-58 всплыть на поверхность.
Обнаружив «Индианаполис», Хасимото, считая, что перед ним линейный корабль типа «Айдахо», вновь погрузился, приготовив к залпу торпедные аппараты, а «кайтены» к немедленному выпуску. Хасимото утверждает, что он выпустил по «Индианаполису» шесть торпед и сам видел при этом три попадания. Затем, видя, что его цель, хотя и потеряла ход, однако, не тонет Хасимото погрузился глубже, чтобы перезарядить торпедные аппараты и предпринять новую атаку. Во время перезарядки торпедных аппаратов слежение за торпедированным кораблем противника велось гидрофонами и шумопеленгаторами. Через час Джи-58 снова всплыла на поверхность и более часа тщательно осматривала район в поисках точных доказательств гибели торпедированного ею американского корабля.
Однако никаких обломков или других доказательств гибели американского корабля обнаружено не было, хотя погода для поиска была весьма благоприятной. Луна периодически появлялась из-за облаков, освещая спокойное море. Дул слабый (10 узлов) юго-западный ветер, а скорость юго-западного течения составляла 1 узел. И тем не менее Хасимото не обнаружил каких-либо плавающих обломков, несмотря на то, что в воде находилось более 800 человек команды потопленного им корабля и море на мили вокруг кишело обломками и целыми озерами мазута. Это несколько озадачило Хасимото, поскольку он был уверен, что корабль, получив такие серьезные повреждения, не мог уйти из этого района на большой скорости, и даже если бы он и пытался уйти, То все равно должен был остаться в пределах видимости. Так и не обнаружив никаких доказательств потопления, Хасимото оставил район, опасаясь возмездия со стороны кораблей охранения, поскольку считал, что атакованный им столь крупный корабль обязательно должен был их иметь.
Хасимото утверждает, что затем его «кайтены» до возвращения Джи-58 на базу утопили еще три американских корабля, хотя сообщения ВМС США показывают, что после гибели «Индианаполиса» ни один американский корабль не был потоплен или поврежден подводными лодками противника. По словам Хасимото два его «кайтена» 10 августа атаковали конвой противника, а пятый из его шести «кайтенов» был выпущен 12 августа в атаку на торговое судно. Однако их попытки «спасти Японию от уничтожения» не увенчались успехом, поскольку японское правительство приняло условия капитуляции еще до того, как Джи-58 вернулась на свою базу 17 августа.
Анализируя обстоятельства потопления «Индианаполиса», необходимо иметь в виду, что американские отчеты об этом событии почти полностью базируются на рапорте Хасимото. Единственно, что удалось подтвердить в этой истории, это то, что под правым бортом крейсера произошли два подводных взрыва. В своем секретном боевом рапорте капитан 1-го ранга Маквей писал:
«Хотя считается, что взрывы произошли из-за попадания в корабль торпед, выпущенных подводной лодкой противника, нами не было замечено ни самой подводной лодки, ни следов торпед. Ничего не было отмечено и радарами».
Таким образом, ясно, что «Индианаполис» был атакован и потоплен, так и не обнаружив Джи-58, поэтому подробности об атаке можно было получить скорее от японцев, чем от американцев.