Опасаясь, что его пациенты в палатах второго и третьего этажей погибли, доктор в сопровождении одной из медсестер попытался туда подняться. Больные с верхних палат спускались вниз. Все они были страшно напуганы, но отделались лишь легкими травмами — главным образом, порезами от битого стекла. В окно Акицуки увидел, что вся долина реки Ураками затянута желтым дымом. Пылали кафедральный собор и здание университета. Горел и сад при диспансере. Небо было багрово-красным. Все было очень похоже на то, что произошло в Хиросиме. Будучи президентом местного медицинского колледжа, Акицуки успел буквально накануне получить об этом подробную информацию.
В долине реки Ураками, на территории минно-торпедного завода, мастер Хачиро Косаса зашел на склад, чтобы убедиться в наличии нужного для производства материала. Внезапно он почувствовал, что творится что-то странное. Обернувшись, он увидел, что окна пылают какими-то цветными языками огня. Ему показалось, что взорвалась цистерна с газом. Мастер упал на пол и в этот момент на него рухнул потолок. Получив многочисленные раны и ушибы, Косаса пытался добраться до заводской клиники, но та уже была уничтожена. В клубах дыма и пыли беспомощно метались люди. Инстинкт подсказал мастеру, что нужно отсюда бежать и попытаться добраться до дома. Слабея от потери крови, он больше всего боялся, что умрет на улице, родные его не найдут, и он не будет похоронен, как положено. Вскоре ноги у него подкосились, но он продолжал ползти к своему дому.
На металлургическом заводе, чьи корпуса растянулись почти на милю от железнодорожной станции, шестнадцатилетняя Ецуко Обата, разнорабочая, доставляла различные заготовки в инструментальный цех на втором этаже. Она ничего не запомнила, сразу потеряв сознание, видимо, от ударной волны.
Придя в себя, девушка поняла, что висит на каких-то обломках метрах в трех от земли. Ее сняли, положили в кузов грузовика, который пытался доставить ее вместе с другими ранеными в университетскую клинику на восточной стороне города. Бушующие пожары вынудили шофера попытаться объехать этот участок с юга, но и там все было блокировано обломками и языками пламени. Шофер был вынужден высадить пассажиров, посоветовав им попытаться добраться пешком до ближайшей больницы. Превозмогая боль, Обата вышла на дорогу. Солнце выглядел, как огромный, красный, пылающий шар. Затем, неизвестно откуда, хлынул ливень, шипя на пылающих руинах и раскаленной земле. Девушка пыталась спрятаться под грузовик, но не смогла из-за полученных ран.
Не все погибшие в Нагасаки были японцами. Группа союзных военнопленных была захвачена взрывом на территории металлургического завода, и многие из них погибли. Лагерь пленных, находившийся в миле от завода, пострадал от вспышки и ударной волны так сильно, что никто не мог точно сказать, сколько людей там были убиты или ранены. Даже в сорока милях от Нагасаки, в лагере Сенрю, доктор Джульен Гудман, взятый в плен на Батаане, почувствовал ударную волну. Земля задрожала и раздался грохот, напоминавший гром. Через мгновение все это повторилось снова. Пленному австралийскому врачу Джону Хайгину это напомнило залп из тяжелых корабельных орудий.
Все пленные быстро почувствовали, что произошло что-то необычное. В этот день вечерняя смена на всех заводах Нагасаки была отменена, а из дневной смены никто не вернулся.
После сброса бомбы майор Суини, совершив разворот на сто пятьдесят пять градусов, стремился увести «Автомобиль Бока» как можно дальше от Нагасаки. В момент взрыва он инстинктивно зажмурился, а когда снова открыл глаза, то увидел внизу гигантские концентрические круги раскаленного воздуха, стремительно несущиеся вверх. Это были взрывные волны, всего их было пять. Затем из центра взрыва начал подниматься громадный огненный столб.
На борту «Великого Артиста» корреспондент «Нью-Йорк Таймс» Уильям Лоренс наблюдал за происходящим с чувством ошеломления и ужаса. «Мы видели, как гигантский столб пламени высотой до трех миль взметнулся, как метеор, вылетевший, однако, не из космоса, а, казалось, из недр земли. Это был уже не просто дым или пыль, или огненный смерч, это было новое, доселе невиданное живое существо, рожденное у нас на глазах. Мы видели, как гигантский гриб вылетел из вершины столба и поднялся на пятнадцать километров в небо. Гриб этот казался даже более живым, чем столб, он кипел и бурлил в страшном разгуле словно слившиеся воедино миллионы гейзеров. Эта бушующая стихия как бы стремилась сбросить с себя оковы, удерживавшиеся ее внизу. В какие-то секунды шапка гриба оторвалась от ствола, но на его мете тут же возник новый гриб. Возникало впечатление, что у обезглавленного монстра на глазах вырастала новая голова».