Бенеш в переписке с Масариком ставил вопрос о провозглашении Национального совета временным правительством, и 26 сентября он получил его согласие. Штефаник в этом правительстве должен был стать военным министром, а Бенеш – не только министром иностранных, но и внутренних дел. Ни Штефаник, ни Бенеш не сомневались, что во главе правительства, в котором им принадлежали три важнейших кресла, встанет Масарик. Бенеш, однако, ожидал подходящего момента, чтобы открыто заявить о составе нового правительства. Бенеш, пишет 3. Земан, был молодым и упорным, но в некоторых вещах необыкновенно доверчивым и даже наивным. Он не сознавал, что подобно тому, как во время войны он пытался использовать западные державы в своих интересах, они сами использовали его в собственных целях, и что его успех зависел от того, насколько это было выгодно им[90].
Между тем, осенью 1918 г. политический кризис в Австро-Венгрии достиг своего апогея. События в Чешских землях приняли лавинообразный характер. Еще летом в Праге под председательством К. Крамаржа был создан Национальный комитет, который в обращении к чехословацкому народу высказался за право на самоопределение и создание самостоятельного демократического чехословацкого государства. Бенеш внимательно следил за ситуацией на родине. Он опасался создания в Праге правительства во главе с К. Крамаржем. Оно могло выступить против заграничного правительства, и тогда планы Бенеша оказались бы под угрозой. 14 октября, в день, когда в Чешских землях началась генеральная забастовка, Бенеш спешно сообщил французскому министерству иностранных дел о создании временного чешско-словацкого правительства в составе трех человек. Масарик, именовавшийся президентом, объявлялся еще премьер-министром и министром финансов, в кабинет входили также Бенеш как министр иностранных и внутренних дел и Штефаник как военный министр. В ситуации, когда Бенеш не знал мнения политиков в Праге и расстановки там политических сил, он не хотел расширения заграничного правительства. Французское правительство приняло предложение Бенеша на следующий день без колебаний[91]. 17 октября Бенеш послал в Прагу сообщение о создании временного чехословацкого правительства. Он заверил чешских политиков, что правительство заграницей «действительно функционирует и всеми признано». К этому он добавил, что им «от имени чехословацкого правительства» подписаны «крайне обязывающие» международные соглашения, и поэтому «чрезвычайно важно, чтобы в Чехии не произошло ничего, что могло бы подорвать авторитет либо всего правительства, либо отдельных лиц». Бенеш считал также крайне нежелательным, чтобы другое, созданное в Праге, правительство начало в Вене или в Будапеште вести переговоры о федерализации австрийского государства: «Наше положение тем самым чрезвычайно осложнилось бы, в нашей армии возник бы кризис, и мы вынуждены были бы либо уйти в отставку, либо ликвидировать наше дело. В этом случае мы не гарантируем Вам ничего». Бенеш в действительности серьезно опасался того, чтобы какое-нибудь возникшее в Праге правительство не положило конец его планам, поэтому в своем послании он предложил компромиссное решение на случай, «если бы дело дошло до создания свободного правительства в Чехии». Президиум правительства и министерство финансов тогда функционировали бы в Праге, в то время как заграницей остался бы лишь «отдел», т. е. часть министерства внутренних дел и финансов. Масарик в этом случае, согласно Бенешу, остался бы лишь «шефом» правительства; о своем министерстве иностранных дел Бенеш в этом дополнении не упомянул[92]. В послании от 17 октября Бенеш пригласил чешских политиков в Женеву, чтобы совместно обсудить дальнейшие действия. Они приняли приглашение. Престиж руководителей заграничного сопротивления и лично Бенеша в Праге поднялся весьма высоко. Переговоры в Женеве начались 28 октября 1918 г., в день, когда в Праге было провозглашено создание независимого Чехословацкого государства. Заявление об этом было сделано Национальным комитетом, который объявлялся органом «единодушной воли народа, а также выразителем государственного суверенитета». В законе, утверждавшем создание чехословацкого государства де-юре, говорилось, что его форма будет определена Национальным собранием «по согласованию с Чехословацким национальным советом в Париже»[93].