Гендо - гений, по другому и не скажешь. Начну с того, что он был бураку, и путь к счастливому будущему для него заказан: максимум - сантехником или грузчиком в пригородном квартале. Используя свои способности, он смог убедить приемную комиссию, поступил в Токийский университет и даже получил кредит на образование. В целом, тогда он был вполне нормальным парнем, хотя и со странностями, но в конце то концов, у кого их нет? Будучи изгоем, он вступился за девушку, которую начали травить,но сам попал в больницу, где тогда практиковал один из его преподавателей - Козо Фуюцуки. Икари Юй, та самая девушка, уже тогда была личной ученицей профессора и порекомендовала взять своего спасителя под покровительство, благо Гендо старался, как мог. Но увидев перед собой нечто большее, мой отец не согласился быть обычным профессором биофизики: ему нужно было гораздо больше. На его счастье, Икари Юй была дочкой секретаря SEELE, и используя ее влюбленность, а так-же свои таланты, он блестяще выступил перед советом и смог убедить Тринадцать назначить себя заместителем доктора Кацураги на время экспедиции в Антарктиду.
Через год исследований Фуюцуки приехал узнать, как продвигаются успехи его ученика, но застал лишь звуки сирен и суматоху: все уже пошло вразнос, и до взрыва оставались часы. Группа Кацураги предпринимала отчаянные попытки прервать зарождавшуюся катастрофу, а Гендо тем временем собрал всю документацию, самые ценные образцы и в частном порядке покинул базу, забрав жену и учителя с собой. После Удара в море они подобрали спасательную капсулу с раненой Мисато Кацураги и привезли ее в Японию. На фоне разгорающейся катастрофы и начинающейся мировой войны Фуюцуки мобилизовался в армию, а Гендо по приказу и под покровительством Тринадцати принялся организовывать научно-исследовательский институт GEHIRN. Перспективы, открывшиеся перед бывшим изгоем, вскружили голову: реальная, научно обоснованная возможность стать Богом мало кого оставит равнодушным. Правда, для этого нужно было всего лишь уничтожить человечество, проведя особым образом ритуал слияния Адама, найденного в Антарктиде, и Лилит, которую обнаружили под японским городком Хаконэ.
Юй тем временем забеременела и полностью отошла от науки, занявшись сыном и фактически бросив Икари Гендо на произвол судьбы. Это было последней каплей, сломавшей в нем остатки человечности и привело его к тому, что мы имеем сейчас. Властолюбивый, но добрый и отзывчивый Гендо Рокобунги умер, став холодным и недосягаемым Командующим, которого мы все знали. Через год война закончилась, и Фуюцуки демобилизовался из армии. Осознав весь ужас действий своего бывшего ученика, он пригрозил, что разоблачит его деятельность в СМИ. Тогда Козо был народным героем, отличившемся на фронте и разработавшим несколько протоколов лечения, спасших немало жизней в операционной. Полковник периодически выступал на крупных телеканалах и планировал открыть частную клинику, но не смог сдержать любопытство, а потому принял приглашение к сотрудничеству, когда увидел масштабы работы и встретился со своей бывшей ученицей.
Через несколько лет Институт GEHIRN процветал, защищенный от изменчивых ветров послевоенной политики мощнейшим лобби на самом верху властной пирамиды, а щедрый дождь инвестиций не давал пересохнуть денежному ручью, питавшему крайне дорогостоящие исследования. Но информация о негуманных экспериментах и опытах над людьми изредка просачивалась в прессу, несколько крупных скандалов, связанных с исчезновениями и смертями сотрудников пошатнули авторитет и репутацию организации: множество молодых и амбициозных специалистов уволилось, чтобы не рисковать собой, работы застопорились, а смерть Наоко Акаги стала той соломинкой, которая сломала хребет верблюду. Через два месяца Институт исследования эволюции GEHIRN расформировали, а на его основе по приказу Тринадцати Душ и под патронажем ООН организовали NERV: полувоенную организацию, провозгласившую себя главным защитником человечества.
Декларируя необходимость защиты всех живущих от Третьего Удара, реальной задачей этого института стало проведение этого самого Третьего Удара по сценарию SEELE. В те переломные дни план Гендо сформировался окончательно, принимая облик стратегии. Часть молодых специалистов вернулась, привлеченная высокими зарплатами и полным соцпакетом: в те голодные годы это была неописуемая роскошь,а на оставшиеся места набрали новых: NERV процветал. Получив в свои руки треть от мирового ВВП ежегодно, Икари Гендо превратился в самого влиятельного человека в мире. Даже члены Тринадцати по отдельности имели меньшую власть, связанные взаимными договоренностями, обещаниями и клятвами. Эксперименты над Аянами и евангелионами приносили множество информации, на основе сверхпрочных биологических тканей были разработаны и запущены в промышленное производство новые материалы, усовершенствована технология клонирования и даже разработан, а после тестов успешно испытан на Козо Фуюцуки омолаживающий препарат, превративший дряхлого изможденного старика с кучей болезней в моложавого пожилого мужчину, на которого начали заглядываться молоденькие секретарши и лаборантки.