Преемником Б. С. Жукова как лидера отечественной археолого-этнографической интеграции становится на исходе 1930‑х гг. Сергей Павлович Толстов (1907—1976). Именно он, сын офицера, студент Московского университета, с довольно нежного возраста — года кончины Д. Н. Анучина — воспринял и развил идеи этнокультурного единства на уровне источниковой базы. В 1937 г., возглавив только что открывшуюся кафедру этнографии МГУ, он положил начало трудам комплексной Хорезмской экспедиции, которая пережила Великую Отечественную войну, широко развернулась после нее и стала образцовой для всех позднейших предприятий такого рода — на Волге, в Саянах, Туве, на Кавказе.
Хорезмская экспедиция стала работать как постоянная многолетняя экспедиция с 1937 г. в низовьях Аму-Дарьи — регионе с большим количеством археологических и исторических памятников и наличием этнографических объектов — каракалпаков, туркмен и узбеков. После Великой Отечественной войны сразу же в 1945 г. в Хорезмской экспедиции наряду с археологическими появились и этнографические отряды. Сама экспедиция превратилась в комплексную археолого-этнографическую экспедицию, к работе которой привлекались и специалисты естественно-научной и технической сфер. Благодаря этим и другим археолого-этнографическим исследованиям Институт этнографии АН СССР занял лидирующее положение в этноархеологическом направлении отечественной исторической науки.
В конце 1940‑х — начале 1950‑х гг. в Советском Союзе были организованы наряду с Хорезмской Саяно-Тувинская, Южнотуркменская экспедиции, проводившие археологические и этнографические работы. Бесспорно, в Саянах, нижнем течении Аму-Дарьи, южных районах Туркмении долгое время сохранялся традиционный уклад и быт. Это позволило ученым получить уникальные этнографические материалы и дало возможность сопоставить их со средневековыми (или позднесредневековыми) объектами. Специалисты из Института этнографии АН СССР и Института археологии АН СССР совместно с местными учеными провели гигантские по объему работы, были проведены конференции и совещания по этногенезу и этнической истории, опубликованы большие серии научных работ, в том числе и монографического характера.
Однако эти работы, несмотря на их комплексность, проходили в несколько ином русле, нежели этноархеологические исследования. Фактически это были работы отдельных отрядов или групп исследователей по археологической или этнографической тематике с использованием материалов смежных дисциплин. Методика подобных исследований в 1940‑х — 1960‑х гг. предполагала использование фактов и выводов одной дисциплины для обогащения или иллюстрации положений другой дисциплины.
Ведущие фигуры межотраслевых исследований истории народов Сибири середины XX в. — это, конечно же, В. Н. Чернецов, А. П. Дульзон и Г. Ф. Дебец. Все они развивали концепцию «древней этнографии», заданную столетие назад М. А. Кастреном, — правда, с различными методологическими акцентами. Валерий Николаевич Чернецов (1905—1970) стремился раскрыть палеоэтнографическую картину, опираясь преимущественно на археологические и этнографические материалы, Андрей Петрович Дульзон (1900—1973) — преимущественно на лингвистические и археологические, а Георгий Францевич Дебец (1905—1969) — на антропологические и этнографические источники. Причем в этой блестящей триаде именно А. П. Дульзон, доктор филологических наук и глубокий лингвист, поставил дело археолого-этнографической интеграции на качественно новый уровень. Сопрягая письменные свидетельства XVI—XVII вв. с этнографическим материалом, он обращался от этого комплекса к ближайшим по времени археологическим памятникам, пытаясь связать все это местным языковым, в первую очередь — топонимическим материалом.
Объединял же этих исследователей метод, который В. И. Матющенко называет «ретроспективным» — как движение мысли ученого от историко-этнографической данности к историко-археологической реконструкции. А ретроспективный подход с необходимостью предполагает интегрированную, комплексную источниковую базу, для формирования которой, в свою очередь, потребны весьма значительные ресурсы (здесь, пожалуй, не только археология, но и этнография превращается в «науку богатых»). Собственно, на третьем этапе становления этноархеологии сложилась типичная для истории науки ситуация: одни ученые могли формировать надлежащую по объему и составу источниковую базу, но у них не оставалось ни времени, ни сил для надлежащего осмысления и систематизации ее; у других было время и силы, но — они оставались вне процесса формирования полномасштабной источниковой базы.