Паульсен занимался под руководством славного Адольфа Трендленбурга, и его первая диссертация, в 1871 г., была посвящена этике Аристотеля. Паульсен попытался реконструировать этику Аристотеля как систему познания нравственности, считая, что ум Аристотеля не мог ограничиваться только наблюдениями. Аристотель хотел поставить этику на научную основу, показав, как нравственность выводится из познавательного метода и обогащает методы нашего познания окружающего мира. Конечно, видеть в трудах Аристотеля «методологию» в нашем смысле – упрощение, Аристотель, как этический мыслитель, думал о фактичности счастья больше, чем о методах его достижения. Но уже в первой работе Паульсена дало о себе знать главное в его подходе – он смотрел на научное знание одновременно как на цель и на средство: научное знание помогает нам нравственнее относиться к вещам, беречь их и созидать, но одновременно приобретение научного знания и есть наибольший интеpec нашего духа, доказывающий его автономию от тела с его законами. Если мы можем делать науку, то мы существуем по-настоящему а не просто слепо следуем темным инстинктам природы или предрассудкам общества. Такое отношение к науке позволяет говорить о Паульсене как неокантианце, иначе говоря, как о критике научного разума: как неоплатонизм отличался от платонизма тем, что превратил экстазы и прозрения Платона в содержание речи, а не повод для речи, так и неокантианство отличается от кантианства тем, что научное познание оказывается не формой познания, а его проблемой.
Через четыре года Паульсен защитил вторую диссертацию, по теории познания Канта. В ней он доказывал, что Кант учил не только о необходимых пределах нашего познания, но и о содержательности форм нашего познания. Например, познание живого отличается от познания неживого не тем лешь, что живое требует бережного этического отношения, но тем, что оно требует иного состояния духа и иного содержания как наших реакций, так и наших размышлений над этими реакциями.
После защиты диссертации он навсегда обосновался в Берлине, женившись на Эмилии Ферхель, приемной дочери известного политика Юстуса Грунера. У них родились две дочери и два сына, причем сын Рудольф пошел по стопам отца и стал профессором философии. Жена умерла при неудачных родах, и Фридрих женился на ее сестре, которая вела хозяйство в его доме.
Молодому профессору Паульсену было поручено читать лекции по педагогике. Паульсен подчеркивал, что научный эксперимент в педагогике существует не только в пределах лаборатории, но каждый, кто воспитывает детей, ставит важный эксперимент. Чтобы эксперименты были разумными, следует, чтобы они начинались из мира природы: скажем, семья, в которой есть играющий с клубком котик, быстрее научит ребенка правилам взрослой жизни, правилам этой серьезной социальной игры, чем семья, в которой нет такого веселого домашнего любимца. Или семья, в которой все члены учат стихи наизусть, добивается гораздо большего, чем та, в которой просто заставляют это делать детей в силу следования внешним правилам. Читая педагогические труда Паульсена, поражаешься, насколько он предвосхитил игровую теорию культуры Иохана Хёйзинги.
В 1894 г. Паульсен наконец получил собственную кафедру названную кафедрой философии и педагогики. Его слава уже гремела по всей Европе и даже в Новом Свете: его приглашали возглавить философские факультеты Гарвард и Иель. Своим учителем называли его столь разные мыслители как Эдмунд Гуссерль и Джордж Герберт Мид, Джордж Сантаяна и Альберт Швейцер. А «Система этики» Фридриха Паульсена стала еще при жизни философа одной из самых популярных философских книг в Японии.
Некоторые считают, что Паульсен повлиял даже на Мао Цзедуна, который заимствовал из вторых рук идею крестьянства как авангарда нового общества: бывший крестьянин Паульсен утверждал, что крестьяне обладают не только сильным чувством справедливости, но и особым чувством приязни друг к другу – им приятно быть друг с другом – и это чувство может лечь в основу новых социальных правил. Исходя из этой идеи приязни, Паульсен выступал за равные права в гимназиях и университетах древних и новых языков: настоящий студент должен уметь изложить свою мысль на разных языках, не считая, что только строгость латыни или, наоборот, мечтательность немецкого языка поддержит правильность его мысли.