Согласно Клименту, часть истин христианского учения содержалась в язычестве, и между философией и Евангелием нет полной противоположности ― обе стремятся к достижению высшей Истины. Стремясь обратить греков в христианство, привести их в Церковь, Климент доказывает превосходство христианства над язычеством, в то же время сохраняя вполне положительное отношение к греческой философии:
Философия нужна была грекам ради праведности, до прихода Господа, и даже сейчас она полезна для развития истинной религии, как подготовительная дисциплина для тех, кто приходит к вере посредством наглядной демонстрации... Ибо Бог ― источник всякого добра: либо непосредственно, как в Ветхом и Новом Заветах, либо косвенно, как в случае философии. Но возможно даже, что философия была дана грекам непосредственно, ибо она была «детоводителем» (Гал.3:24) эллинизма ко Христу ― тем же, чем и Закон был для евреев. Таким образом, философия была приготовлением, проложившим человеку путь к совершенству во Христе.
Эта мысль о том, что как для евреев закон был «детоводителем» (т.е. «педагогом») ко Христу, так и для эллинов ― философия, находит интересное выражение на некоторых недавних фресках на Афоне, где среди ветхозаветных святых изображены Платон и Аристотель.
В связи с этим Климент ставит важный вопрос: необходимо ли изучать философию для того, чтобы понять христианское откровение?
О некоторых вещах написанное мною скажет загадками; для некоторых смысл написанного будет ясен;... написанное будет говорить таинственно, раскрывать скрытым образом, показывать, сохраняя молчание. Будут изложены догматы основных ересей и ответы на них, которым надлежит следовать путем посвящения в знание, то есть в соответствии с таинственным посвящением, в котором мы будем продвигаться вперед согласно известному и почитаемому правилу Предания... так что мы станем готовы услышать содержание Гностического Предания.
Как видно из этого текста, для Климента христианский «гнозис» есть понятие положительное, предполагающее известный элитизм или (как говорил Н.А. Бердяев) «аристократию духа». Конечно, многие простые верующие, не обучавшиеся в университете или даже просто безграмотные, не могут изучать философию, однако прямой ответственностью образованного христианина является знать как можно больше, ибо наука есть ступень к высшему знанию, философии, которая, в свою очередь, есть вспомогательное средство для веры. Кроме того, знание наук и философии помогает установить связь между христианством и окружающим миром. Проблема эта стоит очень остро и в наше время, когда многие образованные и интеллигентные люди совсем не интересуются христианским учением, считая его невежественным обскурантизмом.
Источником и основой богословской системы Климента является учение о Логосе (Слове). Согласно Клименту, Логос ― творец мироздания. Через Него осуществлялось откровение Божие в ветхозаветном законе и в эллинской философии, завершившееся, когда «настала полнота времен», Воплощением Христа. В качестве божественного разума Логос является учителем и законодателем человечества. Истинное христианство заключается в знании, а знание взаимосвязано с верой. В той настоятельности, с которой Климент снова и снова подчеркивает роль знания (т.е. «гнозиса»), отражается интеллектуализм его религиозного мышления. Порою создается впечатление, что он действительно считает, что полнота знания доступна только избранной элите.
Несмотря на то, что в учении Климента несомненно можно обнаружить элементы гностицизма, следует проводить различие межу такими гностиками, как Валентин, который порвал с Церковью и основал свою собственную секту, и «гностиками», подобными Клименту, всегда остававшемуся в общении с Церковью и внесшему значительный вклад в ее Предание.
В учении Климента о Предании гностическая направленность его мысли становится еще более явственной: он говорит о передаче знания через отдельных личностей. В отличие от св. Иринея, утверждавшего, что Истина принадлежит Церкви, что христианское знание носит общинный, публичный характер, Климент считает знание прерогативой избранных. Его высказывания по этому поводу можно понимать различным образом. В каком-то смысле Климент утверждает нечто диаметрально противоположное св. Иринею. Но не следует также забывать, что в православной традиции особым почтением всегда пользовались святые, обладавшие непосредственным созерцательным и мистическим знанием Бога. Св. Василий Великий в своих писаниях проводил различие между авторитетом харизматиков (людей, наделенных духовными дарами) и авторитетом церковной иерархии, подчеркивая, однако, что конфликта между ними быть не должно. История Церкви знает примеры таких великих святых и мистиков, как преп. Серафим Саровский и Симеон Новый Богослов, которые лично достигли высшей ступени богопознания. Но и такие святые никогда не заявляли права на особый авторитет и не отвергали власти епископата. Церковь в целом всегда признавала святых, как людей, имеющих особый дар общения с Богом, и в этом смысле некий «гностический» элемент неизменно был частью православного Предания на Востоке, но он уравновешивался общепризнанным авторитетом Церкви. У Климента это равновесие нарушено: из его писаний создается впечатление, что богопознание в истинном смысле доступно только немногим образованным и интеллингентным людям, что одним лишь им дано постичь мистические вершины общения с Богом.
Западное христианство всегда было настроено более скептически по отношению к духовной традиции, и равновесие между церковным авторитетом и харизмой отдельных личностей было нарушено в обратном от Климента смысле, в пользу формального авторитета церковной иерархии. В римо-католической традиции очень рано наметилось разделение всех верных на «Церковь учащую» и простых верующих. На Востоке такого разделения не было. Дух соборности поддерживал убеждение, что Истина принадлежит Богу, который открывает ее всем людям. Знание истины не является прерогативой ни лиц, занимающих высокие административные должности, ни тех, кто успешно завершил свое высшее образование. Утверждение, что существуют люди, которым недоступно знание церковного Предания, следует признать гностической ересью.
В то же время у Климента мы находим ряд высказываний, вполне согласующихся с православной экклесиологией:
Есть единая истинная Церковь, настоящая древняя Церковь, к которой принадлежат все праведники, исполняющие божественные повеления... Эта единая Церковь насильственно расколота еретиками на многие секты. По существу, в идеале, по происхождению, по превосходству мы говорим, что эта древняя кафолическая Церковь ― единственная Церковь. Волею единого Бога через единого Господа (Христа) эта Церковь приводит к единству веры, которая согласуется с соответствующими заветами или, скорее, с одним заветом, заключенным в различные времена... Превосходство Церкви, равно как и источник ее организации, зависит от ее абсолютного единства: она намного выше всего на свете, и нет ей ни соперников, ни равных... Есть одно учение апостолов и также одно Предание...
Внимательное рассмотрение учения Климента об евхаристии обнаруживает, что он понимает это таинство двойственно. Причащаясь святых Тайн, мы участвуем в символическом, духовном посвящении, фактически открывающем нам доступ к знанию Истины:
Странная тайна! Нас приглашают отложить наше ветхое плотское тление и, оставив ветхую пищу, причаститься нового питания ― Христа: нас приглашают, насколько это возможно, хранить Его в себе, принять Спасителя к сердцу, дабы мы могли упорядочить привязанности плоти... «Моя Плоть» ― это аллегория Святого Духа... Аналогично «Кровь» значит «Слово», ибо Слово как густая кровь вливается в нашу жизнь. Смесь плоти и крови есть Господь, пища его младенцев; Господь есть Дух и Слово. Эта пища ― то есть Господь Иисус, то есть Слово Божие, Дух, соделанный плотью, ― есть освященная небесная плоть. Эта пища есть молоко Отца. которым кормимся мы, младенцы.