Среди сторонников Халкидона строгие дифизиты были особенно довольны формулировкой о «двух природах». Не следует, однако, забывать, что и Несторий, находившийся в ссылке, тоже выразил удовлетворение оросом, не усмотрев в нем никакого несоответствия своим собственным взглядам. Согласие Нестория, несомненно, покоилось на недоразумении. Отцы Халкидонского собора понимали выражения «одно Лицо» и «одна Ипостась» в кирилловском смысле: ипостась Христа понималась как предсуществующая ипостась второго Лица Святой Троицы, но недоразумение было все же возможно, поскольку формально в оросе прямо не было сказано о том, что ипостась Христа и есть предвечная ипостась Бога Слова. Вне зависимости от того, было это упущение преднамеренным или нет, оно открывало несторианам, а также строгим дифизитам, вроде блаженного Феодорита, возможность трактовать ипостась в смысле антиохийского термина «лицо единения», выражающего конкретный богочеловеческий лик Иисуса, но не Его лично-божественное достоинство. При этом игнорировалось утверждаемое оросом различие между природой и ипостасью.
Именно это и приводило в раздражение монофизитов и давало им повод отвергать Халкидонский собор. По существу, они и в самом деле имели для этого некоторые основания, ибо многие апологеты Халкидона богословствовали в недвусмысленно несторианском духе. Крайне сомнительной фигурой в их глазах был также и Феодорит Киррский, присутствие которого среди епископов, подписавших орос, не способствовало популярности собора. Как мы помним, в свое время Феодорит написал опровержение учения и анафем Кирилла, а до этого он резко возражал даже против решений Эфесского собора. На Халкидонском соборе он провозгласил анафему против Нестория настолько неохотно, что не оставил ни у кого впечатления искренности. Уже и после собора, который он пережил на 15 лет (он умер в 466 году), Феодорит продолжал игнорировать кирилловское учение о «теопасхизме» (ср. «Слово пострадало во плоти») в любой его форме. По его мнению, и Воскресение Христа нужно понимать как Воскресение Его тела, а не бессмертной души или бессмертного Божества. Смерть Христа состояла в отделении бессмертной души от смертного тела, а Божество Его, связанное с душой и телом, обеспечило их воссоединение в Воскресении. Отвечая на вопрос, кто же страдал и умер, Феодорит говорил: человеческая природа ― уступка, делавшаяся, по-видимому, во имя единомыслия с Кириллом, но выдававшая непонимание идеи ипостасного единства. Подобные взгляды главного представителя халкидонского богословия в середине V века делали примирение с монофизитами крайне затруднительным.
Константинопольская Церковь строго придерживалась решений Халкидонского собора, в особенности из-за 28-го канона, поставившего константинопольский патриархат на второе место после римского. Однако некоторые императоры того периода, в частности Анастасий и Зинон, поддерживали монофизитов в надежде завоевать этим шаткую лояльность Египта. Среди патриархов V-VI веков следует отметить Геннадия, формально поддерживавшего Халкидонский собор, но толковавшего его в сугубо антиохийском духе. В 482 году патриарх Акакий принял «Энотикон» Зинона, провозглашавший Никейский Символ веры и анафемы святого Кирилла единственными критериями Православия, но умалчивавший о Халкидоне. При патриархе Македонии (495-511 годы), когда обнаружилось, что имя Акакия поминается в диптихах, Константинополь потерял поддержку Рима. Но Македонию, являвшему собой пример твердой приверженности Халкидонскому собору, приходилось сражаться не только с римскими педантами, но и с монофизитским императором Анастасием, а также с монофизитским большинством Сирии и Египта. Догматическая слабость его позиции наглядно иллюстрируется дебатами о «Трисвятом».
«Трисвятое» впервые появляется в документах Халкидонского собора в знакомой форме: «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Бессмертный, помилуй нас». Монофизитский патриарх антиохийский Петр по прозванию Гнафей (сукновальщик) прибавил к нему «распятый за нас» ― выражение, взятое из Никейского Символа, которое, в глазах Петра, по-видимому, акцентировало существенный аспект Кирилловской христологии, а именно: что Слово как единственный «субъект» во Христе является также и субъектом смерти во плоти, которую Он воспринял. Несомненно, Петр понимал Трисвятое как гимн воплощенному Слову, а следовательно, интерполированный вариант формально был православным. Однако халкидониты были недовольны, ибо считали, что Трисвятое относится к Троице: в этом случае добавление Петра относилось к Отцу и Духу и провоцировало обвинение в «патрепассианстве» («отцестрадании»), модализме и прочих ересях. Возражения халкидонских богословов не ограничивались указанием на неоднозначность интерполяции ввиду возможности троичного толкования гимна: наряду с этим мы опять находим знакомые аргументы против теопасхизма как такового, столь популярные в антиохийских кругах как до, так и после Эфесского собора и сильно отдающие несторианством. В наше время все монофизиты пользуются интерполированной формой Трисвятого, тогда как православные, дабы подчеркнуть свое православное понимание тимна, добавили к нему слова «Пресвятая Троица, помилуй нас».
Можно заключить, что за отсутствием крупных богословов халкидонская апологетика была неубедительной и страдала отсутствием воображения. Помимо Константинополя, Халкидонский собор поддерживался Римом. В то же время на стороне монофизитов того времени мы встречаем таких замечательных богословов, как патриарх антиохийский Севир (512-518 годы), александриец Тимофей Элур (прозвище которого, Элур, значит «кот») и сириец Филоксен Маббугский (епископ города Маббуга). Все трое единодушно отвергали крайних монофизитов (Евтиха), однако равным образом протестовали против двух природ во Христе:
Ни один человек, чье сердце расположено к здравой вере, не станет проповедовать две природы или верить в них, ни до соединения, ни после оного, ибо, когда бесплотное Слово Бога Отца было зачато в лоне Святой Девы, тогда же от Ее плоти Он взял и тело известным лишь одному Ему образом. Оставаясь неизменным как Бог, Он соединился с плотью, ибо до зачатия Бога Слова у Его плоти не было ипостаси или сущности, которой можно было бы дать название какой бы то ни было частной или отдельной природы, ибо природа не существует без ипостаси, ни ипостась без Лица. Поэтому, если есть две природы, то должно быть два Лица, но если есть два Лица, это значит, что есть два Христа.
В сущности утверждение Тимофея сводится к двум основным моментам: во-первых, к возражению против наличия двух природ во Христе, ибо не два «существа» соединились вместе, но Слово стало человеком: во-вторых, что человеческая природа не может существовать вне ипостаси. Такую же логику мы обнаруживаем и у Филоксена Маббугского: