В совокупности послания Ивана составляли очевидный единый ультиматум. Городская чернь натравливалась на верхи общества и после оглашения царского послания выразила полную готовность собственноручно царских «изменников» истребить. Условия ультиматума были немедленно приняты. В тот же день митрополит Афанасий послал в Слободу депутацию с соборным приговором, предлагающим царю править страной «как ему, государю, годно».
5 января царь принял в Слободе московскую депутацию, сообщил ей о милостивом согласии вернуться к управлению государством, но на особых условиях, а именно, «учинить ему на своем государстве себе опричнину». «Опричное» — особое, личное царское — войско послужило инструментом установления неограниченного самовластия. Путь построения сословно-представительной монархии, начатый реформами предшествующего десятилетия, был отвергнут.
21 июня 1547 г. в Москве случился страшный пожар, какого прежде не бывало. Загорелось на Арбате в церкви Вознесения, при сильном ветре занялся весь западный посад до Москвы-реки, потом огонь перекинулся на Кремль и Китай-город, а там и на большой посад вдоль Покровки. Унять огонь не было никакой возможности. Выгорело пол-Москвы, погибших насчитали более полутора тысяч. В Кремле задыхались от дыма. Царю ничего не оставалось как бежать в село Воробьеве.
26 июня в Кремле на площади у Успенского собора бояре опрашивали рядовых горожан — «черных людей» — о причинах несчастья. В толпе поднялся крик, что город подожгли Глинские. Будто бы княгиня Анна Глинская «со своими детьми волховала, вынимала сердца человеческие, да клала в воду, да тою водою, ездя по Москве, кропила, оттого Москва и выгорела». Среди бояр, наряженных вести следствие, стоял на площади и князь Юрий Глинский. Почуяв недоброе, он бросился спасаться в собор, толпа кинулась за ним, выволокла из собора и побила камнями на площади. Труп его бросили вне Кремля на торжище, где казнили преступников. Народ начал громить дворы Глинских, перебил их слуг, а заодно досталось и многим государевым дворянам, некоторые из них, впрочем, сами участвовали в погроме. На третий день толпа, собранная городским палачом, пришла в царскую загородную резиденцию. Ближним боярам с трудом удалось успокоить ее, убедив, что Глинских в Воробьеве нет. Через день мятеж в городе улегся.
Никаких требований, никакой программы, кроме истребления Глинских, бунтовщики не выдвигали, отчего современные историки-социологи называют июньское восстание в Москве «примитивным бунтом». Но примитивный бунт не был бессмысленным. Пало правительство Глинских, а с ним вместе окончилась эпоха «боярского правления». В годы малолетства Ивана IV, особенно после кончины в 1538 г. матери царя Елены Глинской, реальная власть неоднократно переходила от одного боярского клана к другому: в 1539-м Вельские свергли Шуйских, в 1542-м Шуйские — Вельских, в 1544-м близ царя утвердились Глинские. Временщики стремились не упустить момент и извлечь для себя как можно больше выгод, «растаскивали» казну, обзаводились вотчинами… Вовлекая великого князя в свои склоки, фавориты Ивана баловали, потакали всем его капризам, и он стал предаваться диким и неистовым «потехам». В 12 лет он развлекался, сбрасывая с колоколен кошек и собак, с четырнадцати — начал «человеков ураняти».
Самовластное хозяйничанье соперничающих боярских кланов больно отражалось на рядовых обывателях. Вся система государственной администрации, созданная в правление Ивана III и Василия III, опиралась на местнический принцип организации служилого сословия. Служебное старшинство боярина определялось его «местом» в собственном роде и «местом» его рода среди других родов. Дети, племянники и внуки одного боярина должны были находиться на службе в таком взаимоотношении с потомками другого, в котором когда-то служили их предки. «Отеческая честь» зависела от происхождения, но ее необходимо было поддерживать службой. Поэтому бегство с поля боя или отъезд в Литву одного представителя семьи могли привести весь род к царской опале и «закосненью» — т. е. род оказывался на задворках местнической иерархии. Честь рода определялась прецедентами, поэтому нельзя было пропустить «невместное» назначение, от этого была «поруха» всему роду. Нередко бывали случаи, когда назначенный в поход боярин отказывался выступать под командой менее «честного» воеводы. Верховным судьей в местнических спорах был сам государь, который до известных пределов мог «высить» род своим благоволением. Когда наверху властной пирамиды оказывался слабый, малолетний великий князь, административная система начинала давать сбой. К 1547 г. административная и военная организация страны в результате олигархических склок была сильно расшатана.