Начался «перебор людишек» — не зачисленные на опричную службу прежние обыватели этих улиц и слобод были выселены из своих домов в другие части посада. Для содержания этого двора, «на свой обиход» царь отобрал в опричнину около 20 городов с уездами и несколько отдельных волостей, в которых земли розданы были опричникам, а прежние землевладельцы выведены были из своих вотчин и поместий и получили земли в неопричных уездах. Опричная область не составляла сплошной территории, в нее вошли волости, расположенные на разных концах Московского государства, и даже отдельные части городов (как, например, позже была взята в опричнину Торговая сторона Новгорода). Остальная страна получила наименование земщины. Все центральные учреждения, оставшиеся в земщине, приказы, должны были действовать по-прежнему, «управу чинить по старине», под руководством земской Боярской думы, которая должна была о важнейших делах докладывать государю.
Второй пункт указа вводил в стране новый правовой режим: за царем признавалось полное право по произволу казнить и миловать «лиходеев» и «изменников» («и в тех ведает бог да он, государь, и в животе и в казни его государьская воля…»). Таким образом высшая власть получала право бессудной казни. До тех пор обычай не позволял великому князю лишать кого-либо чести, жизни или имущества, «не осудя праведным судом с бояры своими». В силу этого пункта уже в ближайшие недели были казнены и отправлены в ссылку несколько видных бояр.
Во всей истории России нет эпизода (кроме, может быть, петровских реформ или ленинской революции), который вызывал бы между историками столько ожесточенных споров, как опричнина. Историки XIX в., начиная с основателя отечественной исторической науки Николая Михайловича Карамзина, видели в ней лишь «бессмысленную тиранию», следствие «ужасной перемены в душе царя» после смерти любимой жены Анастасии. В. О. Ключевский говорил о введении опричнины: «Если все это не простое сумасбродство, то очень похоже на политический маскарад, где всем государственным силам нарочно даны несвойственные им роли и поддельные физиономии», а сама опричнина имела характер орудия, направленного исключительно «против лиц, а не против порядка» и в этом качестве не имела «политического смысла». В конце века С. Ф. Платонов попытался найти в опричной политике социальный смысл: он выдвинул гипотезу, будто бы опричнина была орудием борьбы центральной власти с «потомками владетельных князей» и «подвергла систематической ломке вотчинное землевладение служилых княжат вообще, на всем его пространстве», а целью Грозного было «ослабление родовой аристократии».
Гипотеза Платонова была без доказательств принята советской исторической литературой в качестве полновесной теории. Бодрое и единодушное это усвоение произошло по вненаучным причинам. Понимание опричнины как механизма смены старого боярства новым дворянством в качестве опоры власти позволяло представить террористический режим опричнины достигающим исторически «прогрессивных» целей, ибо в такой смене и заключался, с точки зрения марксистов, прогресс. С. В. Бахрушин, например, писал в 1947 г., что «опричнина, несмотря на ряд темных сторон, достигла больших и положительных результатов в деле государственной централизации. Опричнина была, несомненно, прогрессивным явлением, поскольку она помогла ликвидировать остатки феодальной раздробленности и расчистила путь к созданию в будущем абсолютистского государства, которое в данных исторических условиях было необходимо для развития экономической и политической мощи русского народа». А куда же было деваться Сергею Бахрушину (бывшему члену кадетской партии, о чем ему напоминали на экзаменах советские студенты), если сам «корифей всех наук» Иосиф Сталин даже однажды побранил Сергея Эйзенштейна за то, что в его «Иване Грозном» «прогрессивное войско опричников изображено как банда разбойников и мародеров», добавив, что единственная ошибка Ивана Грозного состояла в том, что он «не сумел ликвидировать пять оставшихся крупных феодальных семейств, не довел до конца борьбу с феодалами».
Как только сталинский режим рухнул, зашаталась и «прогрессивная» схема — были опубликованы работы С. Б. Веселовского, показавшего, что в годы опричных гонений боярство пострадало не больше других сословий. Позднее В. Б. Кобрин окончательно развеял легенду о мнимой «демократичности» опричнины, показав, что опричное воинство формировалось из тех же социальных слоев, из которых и ранее составлялся государев двор.