В январе 1598 г. умер царь Федор. Законная династия пресеклась, началась ожесточенная борьба придворных группировок за власть. Борис Годунов блестяще провел «избирательную кампанию»: пока в Думе спорили его противники Мстиславские и Романовы, он от имени сестры-царицы объявил амнистию «всех винных людей и татей и разбойников по всем городам из тюрем» и демонстративно удалился от мирских забот в монастырь. Бориса поддержали Церковь во главе с патриархом Иовом, младшие бояре, опричные «выдвиженцы», назначенные им руководители приказов. В феврале 1598 г. он был избран царем. Упустившая время знать сопротивлялась; но раздача войску во время объявленного царем похода на татар (так и непоявившихся) жалованья сразу за три года устранила сомнения служилых людей в правильности выбора. Боярам пришлось смириться, и Борис венчался на царство в Успенском соборе Кремля.
Годунов оказался талантливым правителем и многое сделал для страны, порой опережая свое время: в два раза снизил налоги, стремился ликвидировать «белые» (не платившие налогов) частновладельческие слободы и дворы в городах, основал главный порт допетровской России Архангельск. Заключив мир на Западе со Швецией в 1595 г. и Речью Посполитой в 1600 г., Борис обратился к делам на Востоке и укрепил южную границу. Новая цепь сторожевых постов и укрепленных острогов, важнейшим из которых был Царицын, выдвинулась далеко в «дикое поле». Первым из русских царей он просватал свою дочь за иноземного принца и за 100 лет до Петра I стал приглашать в Россию иностранных специалистов: врачей, рудознатцев, военных. Он хотел основать в Москве университет и послал в Вену и Оксфорд дворянских «ребят» для изучения иностранных языков и прочих наук. В результате реализации строительной «программы» царя появились колокольня Ивана Великого, Лобное место, стены Белого города в Москве и мощная Смоленская крепость на западной границе. Часть этих сооружений — результат организованных впервые в отечественной истории «общественных работ», имевших целью предоставить заработок голодающим крестьянам.
Но «наследство» Ивана Грозного — крепостническая политика — заложило основу для будущих потрясений: указами 1592/1593 гг. был повсеместно отменен Юрьев день, указ 1597 г. ввел пятилетний срок сыска беглых крестьян. На осваиваемых окраинах появились московские воеводы и помещики; свободное население и бежавшие на окраины «казаки» вновь попадали в крепостную зависимость.
Еще десяток спокойных лет — и новая династия окрепла бы, а юный и образованный сын царя вполне годился для роли реформатора. Но полоса успехов была прервана голодом 1601–1603 гг. Катастрофическое положение заставило царя в 1601 г. восстановить Юрьев день для крестьян провинциальных помещиков. Крестьяне стремились уйти от владельцев, а те — любой ценой удержать рабочую силу.
Беглые и холопы собирались в крупные отряды, против которых в 1603 г. приходилось посылать войска; в том же году был — уже окончательно — отменен крестьянский «выход». Последствия голода и колебаний правительства стали гибельными для династии. В глазах знати Борис всегда был худородным выскочкой; теперь же он оказался «плохим» царем и для служилых, и для крестьян. Природные катаклизмы и социальные тяготы воспринимались людьми того времени как наказание стране, оказавшейся под властью грешного или «неистинного» царя.
В такой общественной атмосфере просто должен был появиться царь «истинный», «природный». Один за другим появляются самозванцы из «низов», выражавшие характерные для общества настроения и чаяния. Григорий Отрепьев, бывший дворянин на службе бояр Романовых («чудесно спасенный» царевич Дмитрий), осенью 1604 г. перешел русскую границу. Его польско-казацкий отряд был сразу же разгромлен; но самозванец получил поддержку крестьян, посадских людей и казаков с южной границы, открывавших ему ворота крепостей. После скоропостижной смерти Бориса в апреле 1605 г. на сторону претендента перешло войско; уже в июне он вступил в Москву.
Заняв престол, «Димитрий Иванович» (1605–1606 гг.) оказался в сложном положении. Посулив всем «благоденственное житие», он не мог выполнить все обещанное: передать будущему тестю польскому сенатору Юрию Мнишеку Новгород и Псков, отменить крепостное право. В результате осложнились отношения с Речью Посполитой. Льготы получили лишь крестьяне Комарицкой волости и путивльские горожане, первыми признавшие царя. Землевладельцы получили разрешение возвращать крестьян и холопов, бежавших после 1600 г. Московские бояре, прекрасно знавшие, что царь — самозванец, стали просить у польского короля Сигизмунда III его сына на московский престол.