Борьба с мятежниками несколько месяцев шла с переменным успехом. Армия Шуйского окружила войско Болотникова в Туле; после тяжелой осады царь заключил договор с восставшими: большую часть отпустил, но жестоко расправился с предводителями. Однако торжествовать победу Шуйскому пришлось недолго: летом 1607 г. объявился Лжедмитрий II — личность до сих пор загадочная. Достоверных сведений о его судьбе практически нет; современники поговаривали, что был он школьный учитель и будто бы из крещеных евреев, но эти «известия» вполне могли быть и пропагандой его противников.
Новый царь половины европейской России был извлечен нуждавшимися в предводителе повстанцами из долговой тюрьмы города Пропойска, поскольку имел точно такую же бородавку на носу, как и первый самозванец. В его лагере собралось разношерстное воинство: изгнанные из Польши мятежники с гетманом Романом Ружинским и Яном Сапегой, признавшая «воскресшего» мужа Марина Мнишек, болотниковские атаманы Юрий Беззубцев и Иван Заруцкий, бояре Салтыковы и Черкасские, ростовский митрополит Филарет (представитель боярского рода Романовых, насильно постриженный в монахи Годуновым), запорожские казаки и татары. На их сторону перешли Псков, Ростов, Ярославль, Кострома, Вологда, Галич, Владимир. В стране оказались две столицы: Москва и ставка Лжедмитрия II — подмосковное село Тушино; два правительства и даже два патриарха — «законный» Гермоген и тушинский Филарет.
Кроме упоминаемых в учебниках Лжедмитрия I и Лжедмитрия II, появились еще не менее 15 самозванцев: Лжедмитрии III и IV, другие «дети» и «внуки» Ивана Грозного — царевич Осиновик, царевич Иван-Август, царевич Лаврентий; на власть претендовала вдова Лжедмитрия I «царица Марина Юрьевна», родившая от Лжедмитрия II «царевича Ивана Дмитриевича». Обилие «родственников» порождало конкуренцию: Лжедмитрии II повесил семерых «сыновей» царя Федора — «царевичей» Клементия, Савелия, Симеона, Василия, Брошку, Гаврилку и Мартынку. Уезды и города по нескольку раз переходили из рук в руки. Каждый из «царей» по городам сажал своих воевод, проводивших поборы и реквизиции «изменничьих животов». Сколько было таких удальцов на «местном» уровне, мы не узнаем никогда.
В уездах власть захватывали казачьи отряды со своими панами-атаманами. Казаки той поры не были похожи на военное сословие, известное по шолоховскому «Тихому Дону». Кто только не становился казаком в Смуту: беспоместные дворяне, разорившиеся купцы и посадские, беглые холопы, поповские дети, крещеные и некрещеные татары, выходцы с литовской «украины», «немцы» и даже евреи. Их атаманы служили всем, кто мог обеспечить «корм» и жалованье; казачьи отряды в качестве вознаграждения за службу получали или силой забирали территории в кормления — «приставства» и брали с мужиков деньги и продукты.
Когда никто не знает, какая власть законна, теряют силу святость присяги и «честь» рода: постоянно росло количество «перелетов» — перебежчиков из одного лагеря в другой. В дезориентированном обществе становятся заметны черты морального упадка: «жития» и «видения» эпохи изобилуют сообщениями о клятвопреступлениях, пьянстве, сквернословии, осквернении святынь.
В критической ситуации правительство Шуйского в феврале 1609 г. заключило договор со Швецией, которая предоставила московскому правительству вспомогательное войско, но эта акция стала поводом к войне для польского короля Сигизмунда III. Польское войско осадило Смоленск, хотя Речь Посполитая официально войны России не объявляла, т. к. король начал поход без формальной санкции сейма. Воеводы царя Василия с помощью шведов нанесли ряд поражений мятежникам на севере и изгнали их из Тушина. Но в июле
1610 г. поляки разбили армию Шуйского под Смоленском. Командующий, брат царя Дмитрий Шуйский бежал; иноземные наемники перешли на службу к королю, победителям достался весь обоз и артиллерия.
Царя Василия бросили его последние союзники — крымские татары князя Богадыр-Гирея. Тогда состоявшееся в Москве у Арбатских ворот собрание, в котором участвовали бояре, служилые люди и московский посадский «мир», постановило «бывшему государю… Василию Ивановичу всеа Русии отказати и на государеве дворе не быти и вперед на государстве не сидети». Неудачливый царь был «ссажен» с престола и пострижен в монахи.