Политическая элита Литвы и Москвы выработала свои исторические традиции и мифы о собственном прошлом. В литовских хрониках помещался рассказ о князе Палемоне, который с 500 шляхтичами бежал от тирании Нерона на берега Балтики и покорил бывшие княжества Киевской державы. В сочинениях Ивана Грозного и московских дипломатических актах появилась теория о происхождении Рюриковичей от римского императора Августа. Гедимина же московское «Сказание о князьях Владимирских» называет бывшим княжеским конюхом, женившимся на вдове своего господина и захватившим власть над Западной Русью.
Осознавались и принципиальные различия в характере политической культуры: в источниках xvi в. появляется противопоставление «жестокой тирании» московских князей правам и «вольностям» шляхты и мещанства Великого княжества Литовского. Во времена Ивана Грозного уже московские служилые люди бежали в Литву.
Князь и боярин Андрей Михайлович Курбский становится одним из первых политических эмигрантов. Знаменитая переписка царя Ивана и беглого боярина стала самым известным памятником русской политической мысли xvi в., споры вокруг которого продолжаются и поныне. Князь-диссидент обличал царя в безвинных гонениях против московской знати, но в то же время его жизнь в Литве показала несовместимость московского боярина с чуждой общественной средой. Курбский до самой смерти не выходил из-под суда и искренне не понимал, почему он «княжа на Ковлю» не может «чинить бой морды» своей жене – знатной панне Гольшанской, раздавать слугам данные ему в держание короной земли или посадить евреев-заимодавцев в пруд с пиявками.
Ливонская война (1558–1583) была попыткой разом решить две важнейшие для России внешнеполитические проблемы: утвердиться в Прибалтике и объединить русские земли, оказавшиеся в составе Польско-Литовского государства. К 1560 г. Ливонский орден был разгромлен. Россия овладела восточной Эстонией и впервые получила порт на Балтике – Нарву. В 1561 г. часть рыцарей и город Ревель перешли под власть Швеции, а последний магистр ордена передал его владения польскому королю. В 1562 г. Россия начала войну против Литвы и захватила Полоцк, а в 1570-м стала воевать и против Швеции. Но утвердиться на балтийском побережье и стать равноправным торговым партнером Запада Россия тогда не смогла. Стремление Ивана Грозного завоевать «мало не вся Германия» втянуло страну в большой европейский конфликт, в котором в итоге ей пришлось одновременно воевать против Польско-Литовского государства, Крыма и Швеции, да еще и имея в тылу опричнину. К 1577 г. царь Иван овладел почти 2/3 территории Ливонии. Но затем в войне наступил перелом: польско-литовская армия короля Стефана Батория в 1579–1581 гг. отобрала у русских Полоцк, Великие Луки и осадила Псков. Шведы захватили в 1581 г. Нарву. По мирным договорам с Речью Посполитой (Ям-Запольское перемирие 1582 г.) и Швецией (Плюсское перемирие 1583 г.) Россия утратила все завоевания в Прибалтике и сохранила лишь небольшой участок Финского залива с устьем реки Невы.
В начале Ливонской войны обозначился перевес Москвы. На мирных переговорах 1563–1564 гг. Москва объявила целью своей внешней политики возвращение всех бывших древнерусских центров – Киева, Волыни, Полоцка, Витебска и прочих земель. В 1564 г. литовский гетман Николай Радзивилл разбил на реке Уле московское войско князя Петра Ивановича Шуйского, но попытка перейти в наступление на московские владения с юго-запада потерпела неудачу. Ежегодные кампании истощили государственные финансы Литвы; ее паны и шляхта вынуждены были обратиться за помощью к Польше.
Совместный сейм открылся в Люблине в январе 1569 г. Литовские магнаты соглашались на создание единого государства только на условиях отдельного существования литовского сената и сейма. Но большинство шляхты, наоборот, стремилось к объединению, поскольку желало получить те права и «вольности», которыми уже обладало польское дворянство. Опираясь на поддержку шляхты, король Сигизмунд ii Август передал Польше (из состава Великого княжества) Украину. После этого литовские паны согласились на унию.
Люблинская уния объединила Польшу и Великое княжество Литовское в единую Речь Посполитую (Rzeczpospolita – польский перевод латинского выражения res publica) с общими сенатом и сеймом; вводились единые денежная и налоговая системы. Однако Литва сохранила автономию: свое право и суд, администрацию, войско, казну и официальный русский язык. В 1572 г. после пресечения династии Ягеллонов король стал избираться на сейме, и Речь Посполитая превратилась в своеобразную республику с выборным королем во главе.