Взамен московские политики хотели получить в свои руки руководство внешней политикой нового союза и утвердить первенствующее место России в политической структуре Восточной Европы: «Божьей милостью государь, царь и великий князь… всея Русии, киевский, владимирский, московский, король польский и великий князь литовский» – так должен был звучать титул Федора. Но после победы в Ливонской войне государственные деятели Речи Посполитой уже не допускали равноправного союза двух держав: по их мнению, царь должен был в случае избрания принять католичество, а сейм – принимать важнейшие внешнеполитические решения.
В результате русский царь так и не участвовал в выборах на польский престол. Попытки унии в конце xvi в. были уже нереальными – слишком разошлись в своем развитии социально-политические структуры двух держав. В начале xvii в. король Речи Посполитой и его окружение предпочли «силовой» вариант осуществления унии. Во времена Смуты военные действия уже шли на территории России. Польские войска заняли Москву от имени сына своего короля – принца Владислава, которого московские бояре признали в 1610 г. новым государем России. Польско-Литовское государство возвратило Смоленск и Чернигово-Северские земли и сумело отстоять их в Смоленской войне (1632–1634) от войск Михаила Романова.
После Люблинской унии Польша присоединила большинство украинских земель великого княжества (Волынь, Киевщина и Подолье). Здесь создавались огромные владения-латифундии магнатов Замойских, Жолкевских, Калиновских, Конецпольских, Потоцких, Вишневецких. Вслед за магнатами и шляхтой шли католические священники. В проповедях и на диспутах они обличали догматические «заблуждения» и культурную отсталость православных. Иезуит Петр Скарга доказывал, что положение православия безнадежно, а единственный выход для его последователей – воссоединение с Римом: «Греки обманули тебя, о русский народ, ибо, дав тебе святую веру, не дали греческого языка, вынудив пользоваться славянским наречием, дабы ты никогда не постиг истинного учения… Еще не было на свете академии, где бы философия, богословие, логика и другие свободные науки преподавались по-славянски. С таким языком нельзя сделаться ученым…» В этих словах было бы много справедливого, если бы они зачастую не служили лишь маскировкой для полонизации и окатоличивания.
При поддержке королевской власти была осуществлена Брестская уния 1596 г. – попытка мягкого, постепенного вхождения православных подданных в орбиту католической церкви. Брестская уния 1596 г. – союз православной и католической церквей на территории Речи Посполитой на условии признания православными католических догматов и верховной власти папы римского при сохранении православной церковью богослужения на славянских языках и обрядов. Православные иерархи в Речи Посполитой склонялись к унии, чтобы добиться независимости от власти константинопольского патриарха, получить места в сейме и покровительство короля в спорах духовенства с патриархом и православными братствами. В 1595 г. епископы И. Потей и К. Терлецкий получили в Риме согласие папы на унию. В 1596 г. в Бресте был созван провинциальный синод для решения вопроса об унии. Он разделился на две части. Православный собор, возглавлявшийся посланцами Константинопольского и Александрийского патриархов и поддержанный частью православного духовенства, шляхты и мещанством, объявил неправомочными действия сторонников унии и лишил их духовного сана. Митрополичий (униатский) собор, на котором присутствовали представители папы и короля, принял унию и лишил духовного сана противников. B результате сопротивления украинского и белорусского народов Речь Посполитая была вынуждена в 1633 г. разрешить легальное существование православной церкви. Официально Брестская уния была расторгнута на церковном соборе 1946 г. во Львове, созванном под нажимом Сталина и по существу неканоничном. Униатство было легализовано после ослабления советской власти в 1989 г. Вызванный этими пертурбациями конфликт (в частности, спор из-за храмов) продолжается до сего дня.