Расправа над Филиппом означала гораздо большее, нежели просто устранение неугодного иерарха. Право «вступаться» и «советовать», за которое упорно держался митрополит, издревле принадлежало иерархам православной церкви на Руси. Одна из главных светских обязанностей митрополита заключалась в «печаловании» царю, указании власти на «неправедность» ее действий. Обычай, который в те времена был важнее писаного закона, запрещал князю не прислушиваться к митрополичьему «печалованию», которое таким образом служило важным инструментом политической адвокатуры и обратной связи великого князя с его подданными. Устранение Филиппа, сопровождавшееся почти полным «перебором» церковных иерархов, положило конец этой практике. Царь освободился еще от одного важного и эффективного механизма, ограничивавшего его произвол. С этого времени церковная организация на Руси стала приобретать характер служилого сословия, жестко контролировавшегося верховной властью. Смирение церкви покупалось отчасти и «пряником» – взятые в опричнину монастыри (московский – Симонов, ярославский – Спасский) получали существенные льготы и привилегии.
Наконец, последний и самый кровопролитный удар опричного террора был нанесен по городам Северо-Западной Руси. Формально карательный поход был предпринят на Новгород. Новгородцам было выдвинуто обвинение в «изменном деле», будто бы они хотели «Новгород и Псков отдать литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Руси хотели злым умышленьем извести, а на государство посадить князя Владимира Андреевича». Но в декабре 1569 г. по дороге на Новгород опричное войско устроило резню в Клину, Торжке, Твери и Вышнем Волочке, против которых никаких обвинений не выдвигалось вовсе. 2 января 1570 г. передовой опричный полк подошел к Новгороду и блокировал его «учиниша великия сторожи и крепкия заставы… кабы ни един человек из града не убежал». 6 января в город въехал сам царь, и начался пятинедельный погром и грабеж.
В советской исторической литературе, пытавшейся представить опричнину борьбой царя-централизатора с непокорным боярством, масштабы и значение новгородского погрома всячески преуменьшались. Считалось, что во время новгородского «похода» погибло около 3 тыс. человек. Цифру эту следует увеличить на порядок. Новгородское предание и опричник из немцев Генрих Штаден также называют цифру 2770 убитых, но только в первый день по приезде Грозного. Далее во время только одной акции «Малюта отделал 1490 человек ручным усечением, ис пищали отделано 15 человек». По всей видимости, в Новгороде погибло от рук опричников до 40 тыс. человек. Город был обескровлен и разграблен. Опричный немец Штаден не без бахвальства отмечал в своих воспоминаниях: «Когда я выехал с великим князем, у меня была одна лошадь, вернулся же я с 49-ю, из них 22 были запряжены в сани, полные всякого добра». Чтобы оценить по достоинству это известие, надо принять в расчет, что опричное войско, двинувшееся в декабре из Москвы на север, насчитывало 15 тыс. всадников, а Штаден не занимал в этом войске никаких руководящих постов.