У Гоголя постепенно вырабатываются аскетические устремления и все яснее вырисовывается христианский идеал. Еще в апреле 1840 года он писал Н. Д. Белозерскому: «Я же теперь больше гожусь для монастыря, чем для жизни светской». А в феврале 1842 года признается Н. М. Языкову: «Мне нужно уединение, решительное уединение <…> Я не рожден для треволнений и чувствую с каждым днем и часом, что нет выше удела на свете, как звание монаха». Однако монашеский идеал Гоголя имеет особенный вид. Речь идет об очищении не только души, но и вместе с нею и художественного таланта. В начале 1842 года он задумал поездку в Иерусалим и получил благословение на это преосвященного Иннокентия (Борисова), известного проповедника и духовного писателя, в ту пору епископа Харьковского. С. Т. Аксаков так рассказывает об этом: «Вдруг входит Гоголь с образом Спасителя в руках и сияющим, просветленным лицом. Такого выражения в глазах у него я никогда не видывал. Гоголь сказал: «Я все ждал, что кто-нибудь благословит меня образом, и никто не сделал этого; наконец, Иннокентий благословил меня. Теперь я могу объявить, куда я еду: ко Гробу Господню». С этим образом Гоголь не расставался, а после смерти он хранился у Анны Васильевны Гоголь, сестры писателя.
Когда жена Аксакова, Ольга Семеновна, сказала, что ожидает теперь от него описания Палестины, Гоголь ответил: «Да, я опишу вам ее, но для того мне надобно очиститься и быть достойным». Продолжение литературного труда он теперь не мыслит без предварительного обновления души: «Чище горнего снега и светлей небес должна быть душа моя, и тогда только я приду в силы начать подвиги и великое поприще, тогда только разрешится загадка моего существования» (из письма к В. А. Жуковскому, июнь 1842 года).
Косвенное отражение духовной жизни Гоголя этой поры можно найти во второй редакции повести «Портрет». Художник, создавший портрет ростовщика, решает уйти от мира и становится монахом. Очистившись подвижнической жизнью отшельника, он возвращается к творчеству и пишет картину, которая поражает зрителей святостью изображенного. В конце повести монах-художник наставляет сына: «Спасай чистоту души своей. Кто заключил в себе талант, тот чище всех должен быть душою. Другому простится многое, но ему не простится».
Вторая редакция «Портрета», появившаяся в 1842 году, незадолго до выхода «Мертвых душ», осталась не замеченной критикой, если не считать неодобрительного отзыва Белинского. Но Шевырев, прочитавший переделанный Гоголем «Портрет», писал ему в марте 1843 года: «Ты в нем так раскрыл связь искусства с религией, как еще нигде она не была раскрыта».
Паломничество в Иерусалим состоялось только шесть лет спустя, хотя стремление в Святую Землю Гоголь хранил все эти годы, — пытаясь поехать и в 1845 и в 1847 годах.
С лета 1842 года Гоголь живет за границей. Он принимается за чтение книг духовного содержания, уделяя преимущественное внимание святоотеческой литературе. Его письма сороковых годов наполнены просьбами о присылке книг по богословию, истории Церкви, русским древностям. Друзья и знакомые шлют ему творения святых отцов, издаваемые Московской Духовной академией, сочинения Тихона Задонского, Димитрия Ростовского, епископа Иннокентия, номера журнала «Христианское чтение». Присланное Н. М. Языковым «Добротолюбие» (собрание аскетических писаний) стало для Гоголя одной из самых насущных книг. Не обходит он и западного богословия, читая Боссюэ, Фому Аквинского, приписываемую Фоме Кемпийскому книгу «О подражании Иисусу Христу». Сам Гоголь в «Авторской исповеди» так писал о той эпохе своей жизни: «С этих пор человек и душа человека сделались, больше чем когда-либо, предметом наблюдений. Я оставил на время все современное; я обратил внимание на узнанье тех вечных законов, которыми движется человек и человечество вообще. Книги законодателей, душеведцев и наблюдателей за природой человека стали моим чтением <…> и на этой дороге, нечувствительно, почти сам не ведая как, я пришел ко Христу, увидевши, что в Нем ключ к душе человека…»