Под руководством Высшего военного совета и Реввоенсовета Республики в 1918 году проводилось воссоздание центрального военного аппарата. В основу его строительства Лев Троцкий положил идею максимальной централизации военного управления. Период с марта по октябрь 1918 года представляется наиболее существенным: именно на протяжении этих 6–7 месяцев система советских центральных военных органов эволюционировала от слабоорганизованного и малодееспособного конгломерата разнообразных учреждений в достаточно стройную систему военно-управленческих органов. В 1919–1920 годах проводились лишь незначительные реорганизации «хозяйства» Эфраима Склянского.
Троцкий привлёк к работе в своём поместье старые кадры, не желая «менять коней на переправе» — борьба с кастовостью потерпела полное фиаско. Первоначально большевистское руководство страны позволяло военспецам «радеть родным человечкам», пристроенных родственничками в центральный аппарат управления РККА, но по итогам VIII Съезда РКП(б) в марте 1919 года положение заставили изменить. С исполнением решений съезда, впрочем, не торопились: в полном объёме заменили на должностях технического персонала полковников и капитанов женщинами (их же родственницами?) лишь в октябре. Основной принцип подбора и расстановки кадров в военном ведомстве — во главе остаются начальники из старых, опытных военспецов в возрасте лет сорока, а комиссарами к ним назначаются молодые, не имевшие опыта военно-организационной работы революционеры (лет двадцати-тридцати), в значительном проценте из нацменьшинств, составлявших костяк революционного движения.
Военная контрразведка далеко не сразу оказалась на высоте положения, в результате чего многие контрреволюционеры арестовывались, а затем отпускались за недоказанностью преступлений. Положение изменилось лишь к середине 1919 года, что наиболее иллюстрирует ликвидация Штаба Добровольческой армии Московского района, ставшая первым крупным успехом Особого отдела ВЧК.
Большевики добились много, но искоренить пороки российского общества были не в силах. Коррупция процветала даже в высших партийных эшелонах, и притом «заслуженные партийцы» отделывались лёгким испугом, что наглядно продемонстировало читателям советской прессы дело Плотникова-Маркмана в 1919 году. На «братской» Украине дела обстояли примерно так же.
