Другим страстотерпцем, выделенным Царем и Никоном, стал московский патриарх Гермоген, отличавшийся необычайной твердостью и силой духа. Будучи казанским митрополитом, он осмелился требовать перекрещивания из латинской в православную веру супруги Лжедмитрия, царицы Марины Мнишек, венчанной на царство, за что поплатился унизительной ссылкой и заточением. Возведенный при Василии Шуйском в патриархи, Гермоген оказался чуть ли не единственным, кто осудил низложение царя-неудачника Шуйского. Не потому, что питал слабость к «боярскому царю», а потому что предугадывал пагубные последствия подобного царствования «полу-царя», правившего страной «на равных» вместе с боярской думой.
Когда настал черед избрания на московское царство польского королевича Владислава, то Гермоген выставил непременным условием принятие королевичем православной веры. Нарушение польской стороной этой статьи позволило патриарху освободить русских людей от крестоцелования Владиславу. Тогда же Гермоген призвал всех православных к защите их святой веры и к борьбе с польскими интервентами, введенными предателями-боярами из Семибоярщины в Кремль. Призыв не остался не услышанным народом: ранней весной 1611 года под Москвой появилось Первое ополчение Ляпунова. Позднее, после распада Первого ополчения, когда для очищения столицы в Нижнем Новгороде было создано новое Второе ополчение Минина-Пожарского, то польские воеводы, и их сторонники из числа русских «бояр-доброхотов» стали понуждать патриарха отказать ополченцам в церковном благословении. Гермоген в ответ пригрозил анафемой противникам войска под началом Пожарского. Дело дошло даже до обнаженного ножа в руках предателя Михаила Салтыкова, с которым тот бросился на патриарха, – но тот не дрогнул, оборонился животворящим крестом и проклял своих мучителей-предателей. Тогда предатели православия, «бесчестно связавши столпа веры», сволокли с патриаршего двора пассионарного Гермогена в Чудов монастырь, уморили голодом. Непокоренный и не смирившийся с боярской изменой он умер в феврале 1612 года, не дождавшись победы Второго ополчения.
Митрополит Филипп Колычев был едва ли не единственным иерархом церкви, который осмелился публично выступить против бессудных опал и казней царя Ивана Грозного. Непокорный митрополит Филипп исполнил свой христианский долг, осудив неблагочестивые деяния Грозного царя. Это потребовало немалого человеческого мужества. По приказу царя послушные иерархи низвергли Филиппа. Бывший митрополит был сослан в Тверской Отрочь монастырь. Но мстительный царь и здесь не оставил строптивого старца в покое. В декабре 1569 года царский любимец Малюта Скуратов явился в келью Филиппа и, исполняя волю главного опричника страны, задушил его подушкой. В 1591 году по челобитью Соловецкой монастырской братии останки Филиппа, бывшего некогда игуменом северной обители, перевезли из Отрочь монастыря на Соловки, в церковь Зосимы и Савватия.
Имея в сонме своих святых таких святителей-страстотерпцев, православная церковь превращалась в национальный символ, в твердого охранителя истинного христианства и Правды, причем не только от иноверцев, но и от собственных предателей и мучителей, преступавших божественные заповеди. Последнее почему-то особенно привлекало честолюбивого митрополита Никона, отстаивавшего априорное право церкви на религиозно-нравственную оценку деяний светской власти и даже деяний самого государя Тишайшего. Канонически само это право не ставилось под сомнение. Другой вопрос, что в конкретной политической практике оно давно было вытеснено раболепием церковных иерархов. Опальный и загубленный страстотерпец Филипп тем и привлекал Никона, что не побоялся воспротивиться Грозному царю, который считал себя исполнителем божественной воли. Митрополит же Никон, видя, что он в фаворе у Тишайшего царя, вдохновленного призывом святого Саввы «на Смоленск», готов был идти даже дальше после взятия царем Смоленска.
Митрополит Никон, с видами на патриарший престол, занимаемый пока болезненным недеятельным Иосифом, напомнил Тишайшему царю: через перенесение в Успенский кафедральный собор мощей Филиппа из Соловков о праве церкви (под надзором патриарха) оценивать и выносить приговор светским правителям не только в условиях чрезвычайных, опричных, но и повседневной жизни. Это, конечно, насторожило Тишайшего, но ему до похода на Смоленск необходимо было установить доверительные отношения с высшими иерархами церкви, прежде всего, с Иосифом и Никоном. Смоленск вместе с отбитыми у Польши исконными русскими землями, находившихся под литовским и польским правлением латинян, должен стоять во главе возрождения православия царя Тишайшего.