Началась Великая Отечественная война. 22 июня 1941 года Центральный комитет профсоюза рабочих железных дорог Юга на своем экстренном заседании обсудил вопрос «О задачах профсоюза в период войны». Дорпрофсожи, райпрофсожи, месткомы обязывались разработать меры для укрепления дисциплины, четкого выполнения всех заданий по перевозкам.
На транспорте в первые дни войны появились такие формы соревнования: движение двухсотников, трехсотников; движение за совмещение профессий, за овладение новыми специальностями. Профсоюзные организации оказывали им поддержку.
Высокая активность членов профсоюза, как и всех трудящихся, ярко проявилась в массовом движении за создание Фонда обороны. Советские люди добровольно передавали в этот Фонд свои личные средства, принимали широкое участие в субботниках и воскресниках. В Украине в числе инициаторов создания Фонда обороны выступил коллектив Харьковского паровозного депо «Октябрь», все рабочие и инженерно-технические работники которого были членами профсоюза.
Профсоюзы вместе с другими общественными организациями шефствовали над госпиталями, принимали участие в работе областных комитетов помощи раненым и больным солдатам и офицерам Красной Армии, занимались ремонтом и оборудованием больничных помещений.
Война нанесла железнодорожному транспорту огромный ущерб. Предстояла титаническая работа по восстановлению разрушенного железнодорожного хозяйства. И в эту работу активно включились профсоюзные организации железнодорожников. Функции профсоюза в это время все больше смещаются в сторону производственной деятельности трудовых коллективов. Состоявшиеся в эти годы пленумы Центрального комитета профсоюза выдвигают задачу всемерного повышения трудовой и творческой активности работников отрасли, мобилизации их усилий на скорейшее восстановление железнодорожной сети страны. Главное направление работы профсоюза в решении этой задачи — дальнейшее развитие социалистического соревнования, повышение производительности труда, изучение, обобщение и внедрение передового производственного опыта.
За прошедшие полтора десятилетия с момента разукрупнения профсоюза в его жизни многое изменилось. Совершенствовались формы централизованного руководства: дорпрофсожи, райпрофсожи и месткомы накопили богатый опыт работы; выросли профсоюзные кадры. Эти и многие другие факторы подвели Центральный комитет профсоюза к необходимости объединения. И на состоявшемся 13 октября 1948 года XI (объединительном) съезде профсоюзов был вновь образован единый профсоюз рабочих железнодорожного транспорта, насчитывающий в своих рядах трехмиллионную армию железнодорожников, транспортных строителей и работников метрополитенов.
Состоявшиеся в мае 1951 года и мае 1954 года XII и XIII съезды профсоюза подвели итоги работы профсоюзных организаций в годы послевоенных пятилеток. В этот период при участии профсоюзных организаций ширится движение локомотивных бригад за вождение тяжеловесных составов. Получают одобрение ЦК профсоюза, МПС и Минтрансстроя почин железнодорожников Основянского отделения Южной и Оршанского отделения Белорусской железных дорог по освоению возрастающего объема перевозок меньшим парком локомотивов и вагонов; инициатива передовых весовщиков по рациональному использованию грузоподъемной силы вагонов за счет уплотненной погрузки и другие.
На рубеже пятидесятых-шестидесятых годов на железнодорожном транспорте зародилось соревнование за скоростное движение поездов. В 1959 году на сети дорог было проведено 43 процента тяжеловесных поездов от общего количества составов. В этом соревновании высоких показателей достиг и коллектив Южной железной дороги, где число тяжеловесных поездов составило 65–75 процентов.
В годы восьмой пятилетки профсоюзные организации, дорпрофсожи организуют работу в трудовых коллективах по внедрению научной организации труда. На Южной гремел тогда коллектив локомотивного депо Гребенка.
XXIII съезд профсоюза, состоявшийся в начале 1982 года, подвел итоги работы отрасли за годы десятой пятилетки. Съезд подчеркнул возросшую роль профсоюзных организаций в решении важнейших социальных проблем, связанных с совершенствованием систем оплаты труда, премирования, повышением эффективности материального поощрения тружеников отрасли. Съезд принял решение о переименовании в Профсоюз рабочих железнодорожного транспорта и транспортного строительства.
Крутым поворотом в работе профсоюзных организаций и в целом отраслевого профсоюза стал 1989 год. Он положил начало коренной переориентации деятельности профсоюзных органов под влиянием все более возраставшей в трудовых коллективах социальной напряженности. Этот и последующие годы стали для профсоюза серьезным экзаменом на прочность рядов, на его способность обеспечить надежную защиту законных прав и интересов железнодорожников и транспортных строителей, а следовательно, завоевать их доверие и авторитет. Только во втором полугодии 1989 года в ЦК профсоюза поступило свыше двух тысяч требований от трудовых коллективов и отдельных железнодорожников. В них выражалась озабоченность условиями труда и жизни, в ультимативной форме предъявлялись требования по принятию решительных мер, направленных на повышение оплаты труда. обеспечение нормального режима труда и отдыха работающих, улучшение снабжения. Создавшаяся ситуация требовала от ЦК профсоюза, его президиума безотлагательного принятия решения. Правительству был направлен пакет требований для немедленного их рассмотрения и удовлетворения. Правительственная комиссия, изучив требования железнодорожников, признала их обоснованными. Министерству путей сообщения выделили средства в сумме 850 миллионов рублей, которые были направлены на оплату труда и другие социальные нужды тружеников транспорта.
Активную позицию занял ЦК профсоюза и его президиум, когда в начале 1990 года трудовые коллективы дорог не согласились с финансовым планом на текущий год и его контрольными цифрами. Тогда между ЦК профсоюза и руководством министерства возникла конфликтная ситуация. По требованию ЦК профсоюза финансовое положение каждой железной дороги самым серьезным образом было рассмотрено и обсуждено в министерстве при участии начальников дорог и председателей дорпрофсожей, в результате чего были выработаны приемлемые экономические нормативы.
С провозглашением независимости Украины и созданием Государственной администрации железных дорог в 1991 году перед дорожными комитетами профсоюза встала задача образовать свой отраслевой профсоюз, принять устав и программу, наметить пути практической деятельности.
С участием всех шести дорожных комитетов профсоюза при поддержке первичных профсоюзных организаций железных дорог и транспортных строителей 23 января 1992 года в Киеве прошел учредительный съезд профсоюза железнодорожников и транспортных строителей Украины. С этой даты началась история отраслевого профсоюза в молодом суверенном государстве.
Съезд принял постановление «Об образовании профессионального союза железнодорожников и транспортных строителей Украины» и Устав профсоюза, в котором нашли отражение вопросы независимости профсоюза от органов государственного и хозяйственного управления, политических партий, общественных организаций и движений.
Главной целью профсоюза стало представление и защита профессиональных, экономических, социальных, культурных прав и интересов трудовых коллективов в органах государственного и хозяйственного управления, в общественных организациях, правоохранительных и судебных инстанциях.
Выполняя постановление съезда, дорпрофсожп, территориальные комитеты профсоюза уже в 1992 году добились заключения трехстороннего отраслевого соглашения, гарантировавшего железнодорожникам 40-часовую рабочую неделю, увеличение минимального гарантированного отпуска в 24 рабочих дня, предоставление ряда льгот работающим женщинам, лицам, уходящим на пенсию, и др. Практика заключения отраслевых соглашений показала, что сегодня для отраслевого профсоюза, объединяющего около 800 тысяч членов, не существует иной альтернативы, чем социальное партнерство.