После перехода Николаевской дороги в подчинение казны и переноса ее управления в Харьков служба контроля продолжала еще в течение ряда лет оставаться в Кременчуге. Только в 1902 году она была перенесена в Харьков. В это время учреждение состояло из главного контролера, его помощника, двух старших контролеров, пяти контролеров, двадцати трех помощников контролера, многие из которых жили на линии, и двадцати четырех счетных чиновников. Главным контролером после перехода в Харьков был Д. Зайкин.
Во второй половине восьмидесятых годов штат харьковского железнодорожного управления заметно возрастает. Так, в правлении общества Курско — Харьково — Азовской железной дороги, кроме председателя, появляется целый ряд новых должностей: директор, кандидат в директоры, правитель дел, начальники отделений — распорядительного, счетного, контроля счетов, хозяйственного, коммерческого и тарифного — с очень солидным штатом делопроизводителей, бухгалтеров, контролеров, смотрителей и других агентов. В управлении дорогой, кроме управляющего, есть секретарь, два врача, главный, старший и младший инженеры, запасной начальник дистанции, делопроизводитель, начальник службы движения и телеграфа, его помощник, делопроизводитель службы движения, старший механик по телеграфу, заведующий столом личного состава, заведующий материальным столом, начальник отдела статистики, его помощник, начальник службы подвижного состава, его помощник, правитель дел этой службы, начальник Харьковского депо, начальник мастерских, заведующий устройством защитных насаждений. Все это были «тузы железнодорожного мира», под начальством которых работали тысячи людей на разных должностях, разбросанные по всей линии на протяжении от Курска до Азова.
В конце восьмидесятых и в начале девяностых годов, накануне окончательного перехода дороги в ведение казны, во главе дороги стоял управляющий Л. Дворжецкий-Богданович, а управление дорогой делилось на следующие главные отделы: служба тяги, хозяйственное управление, счетное отделение, контроль сборов, коммерческое и магазинное отделение, службы пути и зданий, служба движения, служба телеграфа и врачебная часть. Под ведением управления дороги состояло и техническое железнодорожное училище.
По условиям, заключенным с акционерами дороги, казна имела право на выкуп дороги. Срок выкупа наступил 23 декабря 1889 года, и министр путей сообщения И. Гюббенет уже в то время признавал выгодным выкупить линию в казну, тем более, что валовые сборы от нее год от года возрастали. По разным причинам вопрос, однако, был отложен до конца 1890 года. 24 декабря этого года было Высочайше утверждено положение о выкупе, а с 1 февраля 1891 года дорога была уже принята в ведение казны. При начальнике дороги находились инженер для особых поручений, правитель канцелярии и два делопроизводителя. При управлении — поверенный по делам дороги, помощник и делопроизводитель. В составе управления дороги работали: счетное отделение (главная бухгалтерия) — начальник, его помощник и четыре счетовода; в состав материальной службы входили начальник службы, его помощник, агент по испытанию и приему материалов, два ревизора, делопроизводитель, бухгалтер и его помощник. Коммерческое отделение состояло из начальника, трех делопроизводителей и письмоводителя; служба движения — из начальника, помощника, ревизора, заведующего конторой, делопроизводителя, заведующего поездной прислугой, бухгалтера, старшего счетовода и старшего счетовода отдела статистики; телеграфная часть была под начальством помощника начальника службы движения по телеграфной части, и сюда же входил контролер-механик. Службу пути и зданий составляли начальник, его помощник, начальник технического отделения, инженер-техник, начальник четвертого участка и главный счетовод. В службу подвижного состава и тяги входили начальник, помощник, делопроизводитель, бухгалтер, заведующий техническим отделением, три ревизора, начальник мастерских, его помощник, начальник Харьковского депо, вагонный мастер. Во главе врачебной службы стоял старший врач, а под его начальством — врач железнодорожной больницы, врач третьего участка дороги, аптекарь и несколько фельдшеров.