Везде была произведена реконструкция вагоносборочных цехов со сменой перекрытия и установкой мостовых кранов.
В ВЧД Гребенка был построен цех, где организовали поточный метод ремонта крытых вагонов с повышенным объемом работ, в ВЧД Харьков-Балашовский внедрили поточный метод ремонта большегрузных контейнеров, установку для окраски их в статическом поле (без распыления краски).
Для сокращения времени осмотра и ремонта на крупных сортировочных станциях были уложены узкоколейные линии, на которых работали самоходные ремонтные установки, оборудованные приспособлениями для смены подшипников, запасом осевой смазки, электросварочными аппаратами.
ПТО были оснащены смазкопроводами, электросварочными линиями, воздухопроводами. Открыты пункты централизованного опробования автотормозов и централизованного ограждения составов. На горбу горок были установлены приспособления для рассоединения тормозных рукавов перед роспуском вагонов с горок. На станции Основа смонтировали пункт централизованной заправки букс на подшипниках скольжения во время роспуска вагонов с горок.
Для определения греющихся букс на подходах к станциям, где имеются пункты технического обслуживания вагонов, установлены приборы «Понаб», приборы для определения наличия ползунов колесных пар.
После выхода из состава Южной железной дороги Белгородского отделения вагонные депо Белгород, Старый Оскол, Соковое, Валуйки, Готня остались в России. Вагонное депо Харьков-Пассажирский, технические станции со всеми обустройствами, резерв проводников были переданы пассажирской службе; вагонное депо Люботин — локомотивной. Кроме того, ликвидировали вагонное депо Белополье, объединили вагонное депо Хярьков-Сортировочный-грузовой с вагонным депо Лозовая.
Ремонтная база вагонного хозяйства Южной дороги состоит сейчас из ВЧД-2 Харьков-Сортировочный-грузовой, ВЧД-3 Основа, ВЧД-9 Полтава, СТАП Гребенка, ВЧД-11 Кременчуг (с ППС Кагамлыкская), ВЧД-12 Купянск.
Пункты промывки и ремонта крытых вагонов действуют на станциях Мерефа, Ромодан, Басы, ремонта и подготовки вагонов под погрузку — на Золотнишино, Шебелинке, Кагамлыкской, отцепочного ремонта вагонов — на станциях Основа, Харьков-Сортировочный, Купянск, Смородино, Басы, Кременчуг, Полтава, Гребенка.
В условиях становления новых экономических отношений при спаде объемов перевозок грузов и пассажиров в мае 1994 года на дороге было организовано новое структурное подразделение — хозрасчетная служба вагонного хозяйства. Она объединила в себе функции вагонной службы и отделений дороги по управлению хозяйственной деятельностью вагонных депо.
Несколько слов об истории двух подразделений вагонной службы.
Одним из первых было построено вагонное депо Лозовая. Оно было создано на базе паровозных мастерских к окончанию строительства железной дороги через Лозовую на Ростов (1869–1875 гг.). Основное ремонтное здание депо (сборочный цех) имело три пути со смотровыми канавами. Пути и полы цеха были ниже уровня земли и часто подвергались затоплению ливневой водой. Сборочный цех был низким, плохо освещенным, тяжелое кирпичное перекрытие (арочное по балкам) опиралось на множество кирпичных колон, размешенных между путями вдоль цеха. В 30-е годы были созданы новые подразделения: колесный цех на месте бывшего поворотного круга, автоконтрольный пункт (АКП) с компрессорной установкой для потребностей депо и обслуживания автотормозов в поездах; буксосмазочное хозяйство с наличием смазкохранилища и пункта регенерации буксоподбивочных и смазочных материалов. Вагоносборочный цех не соответствовал необходимым условиям ремонта нагонов, особенно большегрузных четырехосных. Значительная часть работ выполнялась на деповских путях под открытым небом в любую погоду. Подъем вагонов производился вручную винтовыми домкратами. Подача колесных пар, лесоматериалов и деталей к месту ремонта вагонов осуществлялась на примитивных тележках. Кузнечные работы, ремонт рессор и подшипников, очистка колесных пар, букс и деталей также выполнялись вручную. И в этих тяжелых условиях мастера А. Качала, Л. Зубенко, А. Радченко вместе с рабочими обеспечивали выполнение заданного плана. Постепенно внедрялись новые технологические процессы ремонта колесных пар, дефектоскопия, кузнечное и сварочное производство, а также новая система обслуживания вагонов в поездах.