27 сентября 1918 года в разгар гражданской войны Реввоенсовет Республики принял постановление о железнодорожных войсках. Был создан штаб, сформировано 16 отдельных железнодорожных рот. Ими было восстановлено и введено в эксплуатацию свыше 22 тысяч километров пути; поднято из руин 3170 железнодорожных мостов, 212 пунктов водоснабжения; отремонтировано 9217 паровозов и 16 530 вагонов; восстановлено около 800 тысяч проводо-километров железнодорожной связи.
Военные действия в годы гражданской войны, особенно в первый ее период, разворачивались преимущественно вдоль важнейших железнодорожных магистралей. Многочисленные фронты и маневренный характер военных действий требовали массовых перегруппировок войск на большие расстояния. Свыше 70 % всех вооруженных сил Красной Армии перебрасывались с одного фронта на другой по железным дорогам.
Служба военных сообщений не оставалась неизменной, она совершенствовалась с развитием транспорта. С расформированием бывшей Ставки Верховного Главнокомандования и образованием Высшего военного совета Республики ему 5 марта 1918 года было передано Управление военных сообщений, существовавшее при Ставке.
30 ноября 1918 года Совнарком ввел на железнодорожном транспорте военное положение.
В это время на службу военных сообщений возлагались задачи по эксплуатации и развитию сети железных дорог, водных и шоссейно-грунтовых путей, организации передвижения войск и воинских грузов, работы почтовой и телеграфной служб, эксплуатации автоколонн, этапной службы, руководству этапными и рабочими войсками, обороне железных дорог и др.
Личный состав службы военных сообщений в годы гражданской войны приобрел большой практический опыт, который стал основой подготовки всех видов транспорта в войне с фашистской Германией.
Схема организационной структура военных сообщений в период гражданской войны.
После окончания гражданской войны надо было не только восстанавливать железнодорожное хозяйство, но и реконструировать его на более высоком уровне, строить новые объекты. Это требовало изменить организационную структуру железнодорожных войск. Приказом Реввоенсовета Республики от 5 мая 1921 года были сформированы 19 отдельных железнодорожных полков, которые перешли в подчинение начальников сообщений военных округов.
В период между двумя мировыми войнами, а также при разработке штабами стратегических планов вопросам подготовки путей сообщения, их охраны и обороны придавалось первостепенное значение.
Нам известны имена всех руководителей Управления ВОСО на ЮЖД. Особого внимания заслуживает трагическая судьба комбрига А. Почепко. Как и многие военачальники, он был арестован 25 июня 1938 года, а 21 октября приговорен к расстрелу по ложному обвинению в том, что является участником антисоветской организации.
С началом Великой Отечественной войны резко возрос объем воинских перевозок, значительно усложнились условия работы железнодорожного транспорта. В первые дни войны среднесуточная погрузка войск и материальных средств составила около 40 % обшей погрузки на всей сети железных дорог страны. Из-за отступления наших войск протяженность сети железных дорог к концу 1941 года сократилась на 42 %, уменьшился парк локомотивов и вагонов, не хватало материалов для их ремонта. Для решения ответственных задач по техническому прикрытию и заграждению прифронтовых железнодорожных участков сил и средств явно не доставало. Спешно стали формироваться новые железнодорожные части и соединения, создаваться специальные формирования НКПС (ГОРЕМы, ВОДРЕМы, СВЯЗЬРЕМы, ПОДРЕМы, мостопоезда и мостоотряды).
С первых дней войны железнодорожные части на всех участках советско-германского фронта от Баренцева и до Черного моря действовали в обстановке отступления наших войск. Был выполнен большой объем эксплуатационных и заградительных работ. Воины-железнодорожники последними после отхода полевых частей покидали места дислокации, взрывая, разрушая, минируя оставленные железнодорожные объекты, нередко вступали в бой с гитлеровцами.
Схема организационной структуры службы военных сообщении в конце 1940 года.
Делалось все возможное и невозможное для быстрейшей победы над врагом. Офицеры органов военных сообщений совместно с работниками железнодорожного транспорта совершенствовали организацию воинских перевозок. По их инициативе широкое применение получили: маршрутизация перевозок — отправка основных видов материальных средств полносоставными поездами со станций отправления до распорядительных станций фронтов; распорядительный метод планирования и выполнения оперативных перевозок; использование фронтовых «вертушек» по 20 четырехосных цистерн в каждой, закрепленных за определенными фронтами и т. д.