В разгар октябрьских событий ВИКЖель объявил ультиматум, что, если в ночь с 29 на 30 октября не будут прекращены боевые действия в Москве и Петрограде, то железнодорожный транспорт станет. Этот ультиматум не нашел поддержки у большинства железнодорожников.
12 декабря открылся Всероссийский съезд мастеровых и рабочих. В противовес ему ВИКЖель созвал 18 декабря свой съезд. Съезд профсоюза мастеровых и рабочих послал туда 78 делегатов. Лидеры ВИКЖеля намеревались принять резолюцию о непризнании власти Советов. Однако левая часть съезда дала ВИКЖелю отпор, и его лидеры вынуждены были покинуть съезд. Так, просуществовав четыре месяца, ВИКЖель закончил свою деятельность. Левая часть делегатов влилась в состав съезда мастеровых и рабочих, и последний объявил себя Чрезвычайным Всероссийским железнодорожным съездом. Этот съезд принял к исполнению декреты Советской власти, разработал новый тариф заработной платы железнодорожников, принял «Положение об управлении железными дорогами» и избрал центральный орган железнодорожного союза — ВИКЖЕДОР (Всероссийский исполнительный комитет союза железнодорожников). ВИКЖЕДОР с первых же шагов своей деятельности взял на себя организационные вопросы. Прежде всего он сформировал из своих членов коллегию Народного Комиссариата Путей Сообщения (НКПС) и представил ее на утверждение Совета Народных Комиссаров.
Железнодорожники все больше ощущали нужду в органе, который объединил бы все их многочисленные профсоюзные организации. Такую миссию взял на себя возникший в Москве почти одновременно с ВИКЖЕДОРом Всероссийский совет профсоюзов железнодорожников (ВСЕПРОФЖЕЛь). Он вошел в состав ВЦСПС.
21 февраля 1919 года в Москве открылся I Всероссийский съезд железнодорожников, на котором был создан производственный союз. Съезд положил конец господствовавшим до сих пор цеховщине и корпоратизму. Отказавшись от непосредственного руководства железнодорожным транспортом, съезд дал отпор попыткам огосударствления профсоюзов. В своем решении съезд записал, что производственный союз железнодорожников берет на себя обязанность активно бороться за установление трудовой дисциплины, за проведение нормирования труда и подъем его производительности. Съезд избрал Центральный комитет союза (Ценпрофсож).
Особую роль сыграл профсоюз железнодорожников в годы гражданской войны. 29 ноября 1918 года на железных дорогах было введено военное положение. Правительство утвердило особое «Положение об управлении железными дорогами и о системе выборных органов на транспорте». Эти органы лишались права осуществлять административно-технические функции. За ВИКЖЕДОРом было оставлено право высшего контролирующего органа. В апреле 1919 года рабочие депо Москва-Сортировочная впервые провели коммунистический субботник.
На всех узлах Южных железных дорог подхватили этот почин. Первый коммунистический субботник состоялся 11 января 1920 года. Около трех тысяч трудящихся харьковских предприятий и железнодорожников направились на станцию Харьков-Товарный. Все работали с большим подъемом.
17 июня 1920 года открылся II Всероссийский съезд рабочих и служащих железнодорожного транспорта. Он констатировал положительные итоги деятельности профсоюза за период, когда произошло размежевание функций профсоюза и административных органов. Наиболее заметные результаты были достигнуты при участии профсоюза в продовольственном обеспечении железнодорожников. На дорогах курсировали маршрутные продовольственные поезда из отремонтированных во внеурочное время вагонов. Заметным подспорьем стало общественное огородничество. Причем обеспечение огородников семенами и инвентарем взял на себя профсоюз.
По настоянию ЦК профсоюза при НКПС был создан жилищно-строительный отдел. На дорогах все шире развертывалась сеть столовых, школ, больниц, детских дошкольных учреждений, домов отдыха. Много сделал профсоюз для обеспечения железнодорожников спецодеждой, мылом.
В ходе работы съезда отмечалось несовершенство структуры профсоюза. В частности, профсоюзные органы в районах не имели возможности связываться с руководящим хозяйственным органом — управлением дороги. Отсюда, как указывали делегаты, возникали трудности в проведении единой производственной политики.
Съезд ликвидировал это несоответствие. По его решению на дорогах были созданы дорпрофсожи.
В годы первых пятилеток профсоюз организовал соревнование за повышение производительности труда, снижение себестоимости перевозок. При участии профсоюзных организаций на железнодорожном транспорте развернулось движение ударников и так называемых «сквозных бригад».