В 1937–1938 годах внимание профсоюзных организаций концентрируется на решении проблем, связанных со строительством жилья для железнодорожников, их обустроенностью и бытом. По предложению ЦК профсоюзов на транспорте была разработана и утверждена программа жилищного строительства, где предусматривалось сооружение поселков на железнодорожных узлах, линейных станциях. Именно в этот период на периферии выросли поселки с благоустроенными домами.
Началась Великая Отечественная война. 22 июня 1941 года Центральный комитет профсоюза рабочих железных дорог Юга на своем экстренном заседании обсудил вопрос «О задачах профсоюза в период войны». Дорпрофсожи, райпрофсожи, месткомы обязывались разработать меры для укрепления дисциплины, четкого выполнения всех заданий по перевозкам.
На транспорте в первые дни войны появились такие формы соревнования: движение двухсотников, трехсотников; движение за совмещение профессий, за овладение новыми специальностями. Профсоюзные организации оказывали им поддержку.
Высокая активность членов профсоюза, как и всех трудящихся, ярко проявилась в массовом движении за создание Фонда обороны. Советские люди добровольно передавали в этот Фонд свои личные средства, принимали широкое участие в субботниках и воскресниках. В Украине в числе инициаторов создания Фонда обороны выступил коллектив Харьковского паровозного депо «Октябрь», все рабочие и инженерно-технические работники которого были членами профсоюза.
Профсоюзы вместе с другими общественными организациями шефствовали над госпиталями, принимали участие в работе областных комитетов помощи раненым и больным солдатам и офицерам Красной Армии, занимались ремонтом и оборудованием больничных помещений.
Война нанесла железнодорожному транспорту огромный ущерб. Предстояла титаническая работа по восстановлению разрушенного железнодорожного хозяйства. И в эту работу активно включились профсоюзные организации железнодорожников. Функции профсоюза в это время все больше смещаются в сторону производственной деятельности трудовых коллективов. Состоявшиеся в эти годы пленумы Центрального комитета профсоюза выдвигают задачу всемерного повышения трудовой и творческой активности работников отрасли, мобилизации их усилий на скорейшее восстановление железнодорожной сети страны. Главное направление работы профсоюза в решении этой задачи — дальнейшее развитие социалистического соревнования, повышение производительности труда, изучение, обобщение и внедрение передового производственного опыта.
За прошедшие полтора десятилетия с момента разукрупнения профсоюза в его жизни многое изменилось. Совершенствовались формы централизованного руководства: дорпрофсожи, райпрофсожи и месткомы накопили богатый опыт работы; выросли профсоюзные кадры. Эти и многие другие факторы подвели Центральный комитет профсоюза к необходимости объединения. И на состоявшемся 13 октября 1948 года XI (объединительном) съезде профсоюзов был вновь образован единый профсоюз рабочих железнодорожного транспорта, насчитывающий в своих рядах трехмиллионную армию железнодорожников, транспортных строителей и работников метрополитенов.
Состоявшиеся в мае 1951 года и мае 1954 года XII и XIII съезды профсоюза подвели итоги работы профсоюзных организаций в годы послевоенных пятилеток. В этот период при участии профсоюзных организаций ширится движение локомотивных бригад за вождение тяжеловесных составов. Получают одобрение ЦК профсоюза, МПС и Минтрансстроя почин железнодорожников Основянского отделения Южной и Оршанского отделения Белорусской железных дорог по освоению возрастающего объема перевозок меньшим парком локомотивов и вагонов; инициатива передовых весовщиков по рациональному использованию грузоподъемной силы вагонов за счет уплотненной погрузки и другие.
На рубеже пятидесятых-шестидесятых годов на железнодорожном транспорте зародилось соревнование за скоростное движение поездов. В 1959 году на сети дорог было проведено 43 процента тяжеловесных поездов от общего количества составов. В этом соревновании высоких показателей достиг и коллектив Южной железной дороги, где число тяжеловесных поездов составило 65–75 процентов.
В годы восьмой пятилетки профсоюзные организации, дорпрофсожи организуют работу в трудовых коллективах по внедрению научной организации труда. На Южной гремел тогда коллектив локомотивного депо Гребенка.