С учетом прогнозируемых экономических реалий России в начале нового столетия, не оставлявших шансов получить на вооружение сразу два новых истребителя - тяжелого (аналога F-22) и легкого (типа F-35), перспективный авиационный комплекс фронтовой авиации пятого поколения решено было разрабатывать в так называемом среднем классе: по своей размерности ему предстояло занять место между нынешними МиГ-29 и Су-27, соответственно нормальная взлетная масса самолета была определена в диапазоне 20-22 т. При этом он должен был превосходить в воздушном бою F-35, а также другие новейшие западноевропейские истребители поколения «4+» с учетом их возможной последующей модернизации, и как минимум не уступать F-22, одновременно обеспечивая многофункциональность применения при решении большинства задач, стоящих перед фронтовой авиацией. Для этого предстояло разработать как саму новую платформу, реализующую свойственный истребителям пятого поколения так называемый принцип трех «С» (сверхманевренность, сверхмалая заметность, сверхзвуковой крейсерский полет), так и новейший интегрированный комплекс оборудования и вооружения.
На основании этих требований Министерство обороны объявило в 2001 г. тендер на разработку Перспективного авиационного комплекса фронтовой авиации (ПАК ФА), или, иначе, «истребителя 21-го века» (И-21), в котором приняли участие оба традиционных отечественных разработчика самолетов-истребителей - РСК «МиГ» и компания «Сухой». В качестве временных ориентиров определялись 2006 г., как возможная дата первого полета прототипа, и 2010-2012 гг., как срок начала серийного производства и поставок в войска.
PCК «МиГ» представила на конкурс аванпроект истребителя, известного под условным обозначением Е-721, с двумя перспективными двигателями фирмы «Климов» в классе тяги 10 000 кгс, по аэродинамической компоновке являвшегося развитием схемы самолета «1.44», но в размерности последних, наиболее тяжелых модификаций семейства МиГ-29. «Сухой» вышел на тендер с аванпроектом самолета Т-50 с двумя двигателями НПО «Сатурн» в классе тяги 14 000-15 000 кгс, которые предполагалось создать как глубокую модернизацию серийных АП-31Ф с использованием технических решений, отработанных на опытных двигателях пятого поколения АЛ-41Ф. В компоновочном плане самолет в какой-то степени напоминал американский F-22, но, в то же время имел ряд существенных отличий (например, гондолы двигателей, максимально сближенные друг к другу у «Рэптора», были разнесены от оси машины, а между ними организованы вместительные отсеки вооружения).
Тщательно рассмотрев оба предложения и принимая во внимание более благоприятное финансовое положение «Сухого» за счет активно продолжающихся экспортных поставок истребителей семейства Су-30МК, часть средств от которых, наряду с прямым бюджетным финансированием, фирма могла бы использовать для разработки самолета пятого поколения, конкурсная комиссия ВВС в итоге отдала предпочтение проекту Т-50. Таким образом, в апреле 2002 г. компания «Сухой» была выбрана головным исполнителем работ по ПАК ФА и приступила к эскизному проектированию нового истребителя. Главным конструктором по теме стал Александр Давиденко. Государственные контракты на разработку самолета были заключены с ОАО «ОКБ Сухого» и ОАО «АВПК «Сухой» (ныне АХК «Сухой») Министерством обороны России в июле-августе 2003 г., а Министерством промышленности и энергетики России (ныне - Минпромторг РФ) - в мае 2006 г.
Эскизный проект ПАК ФА был завершен и предъявлен на рассмотрение комиссии заказчика осенью 2004 г., одобрившей его в декабре того же года. Следующий этап - технического проекта - удалось завершить в 2006 г., после чего начались рабочее проектирование и подготовка к постройке опытных образцов самолета. Собирать прототипы было решено на серийном заводе в Комсомольске-на-Амуре, на котором в дальнейшем предстояло развернуть серийное производство истребителей пятого поколения. При этом предусматривалось, что часть деталей и агрегатов будет изготавливаться другим предприятием компании «Сухой» - Новосибирским авиационным производственным объединением им. В.П. Чкалова. Изготовление деталей и панелей из композиционных материалов (а композитов в конструкции машины было необычно много) поручили уже хорошо знакомому «Сухому» по проекту С-37 Обнинскому НПП «Технология». Разработка и производство систем и покупных изделий для самолета велись широкой кооперацией предприятий промышленности - в целом той же, что задействована в других программах «Сухого» по самолетам семейства Су-27 (по силовой установке - это НПО «Сатурн» и УМПО, по системе управления - МНПК «Авионика», Павловский машиностроительный завод «Восход», НПК «ЭЛАРА», по радиолокационному прицельному комплексу - НИИП им. В.В. Тихомирова и ГРПЗ, по оптико-электронным прицельным системами - УОМЗ, по комплексу прицельно-навигационного оборудования, интегрированной вычислительной системе и системам индикации - РПКБ и концерн «Авионика», по системам вооружения - корпорация «Тактическое ракетное вооружение» и т.д.).