Учебно-боевой самолет Ту-134УБЛ используется в ДА России для подготовки и тренировки экипажей бомбардировщиков Ту-22М3 и Ту-160
Еще большего количества самолетов лишилась Дальняя авиация России: на территории Украины остались два полка ракетоносцев Ту-22М3 (в Полтаве и Стрые) и по одному полку Ту-22К и Ту-22Р (в Озерном и Нежине). Все 46 Ту-22М3 и 37 Ту-22К (Р) стали украинской собственностью. Еще пять полков бывшей 46-й ВА ВГК Советского Союза базировались в Белоруссии (два полка Ту-22М3 в Бобруйске и Орше, два полка Ту-22К в Мачулищах и Барановичах и полк разведчиков Ту-22Р в Зябровке). По договоренности с правительством Республики Беларусь в 1992 г их удалось вернуть России. Перебазировался в Россию и единственный полк на ракетоносцах Ту-22М3 и Ту-16К в Эстонии (из Тарту).
Поредевшая стратегическая авиация России была сконцентрирована на авиабазах в Энгельсе под Саратовом и Украинке на Дальнем Востоке. В Энгельсе были развернуты построенные авиапромышленностью в 1991-1994 гг. шесть стратегических ракетоносцев Ту-160 и перебазированные из Моздока и Казахстана самолеты Ту-95МС, первое время входившие в состав одного полка, а также полк самолетов- заправщиков Ил-78. На аэродроме Украинка были дислоцированы два полка Ту-95МС – общее их количество в ВВС России ко второй половине 90-х гг. достигло шести десятков.
Основу «нестратегической» Дальней авиации составили около 130 дальних бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-22М3 (шесть полков – в Сольцах, Шайкове, Белой (два полка), Воздвиженке и Завитинске). Все остальные самолеты бывшей 37-й ВА ВГК (СН) и ДА ВВС Советского Союза, в т.ч. и те, что перебазировались из Белоруссии, были выведены в резерв, законсервированы, а затем в большей своей части уничтожены. Первыми «под нож» пошли 3М, Ту-95М и Ту-95К, списали также все Ту-22 и Ту-16. Несколько позднее из боевого состава вывели и законсервировали более «свежие» Ту-22М2.
Значительно снижение численности дальней и стратегической авиации в результате распада СССР, передислокации оставшихся частей и списания старой техники, а также курс на сокращение Вооруженных сил привел в 1994 г. к расформированию обеих воздушных армий ДА и воздушной армии ВГК (СН). Командованию Дальней авиации ВВС России теперь были непосредственно подчинены пять тяжелобомбардировочных дивизий (в Энгельсе, Сольцах, Белой, Украинке и Воздвиженке), в каждой из которых имелось по два полка дальних или стратегических бомбардировщиков-ракетоносцев, а также ОГА в Тикси и 43-й ЦБП и ПЛС в Рязани. Такая структура ДА просуществовала до 1998 г., когда в результате дальнейших реорганизаций было проведено объединение ВВС и Войск ПВО в единый вид Вооруженных Сил России.
В рамках дальнейшего сокращения Вооруженных Сил России и в соответствии с решением высшего военно-политического руководства страны о переходе их на трехвидовой состав (ВВС, ВМФ и Сухопутные войска) в 1998 г. на базе ВВС и Войск ПВО был сформирован единый вид Вооруженных Сил – Военно-воздушные силы России. Новая структура не предусматривала наличие в них командований отдельных видов ВВС. Поэтому в апреле 1998 г. существовавшее в 1946-1980 гг., а затем в 1994-1997 гг. командование Дальней авиации было окончательно упразднено, а вместо него вновь сформировали 37-ю Воздушную армию со штабом в Москве, за которой было сохранено историческое название – Дальняя авиация.
В ее состав вошли две тяжелобомбардировочные авиадивизии со штабами в Энгельсе и Украинке. Обе дивизии имеют четырехполковой состав и объединяют в себе полки как дальних, так и стратегических бомбардировщиков-ракетоносцев. В состав 22-й гвардейской тяжелобомбардировочной авиадивизии входят два полка стратегических ракетоносцев-бомбардировщиков на авиабазе Энгельс под Саратовом (один на Ту-160, второй на Ту-95МС) и два полка дальних бомбардировщиков- ракетоносцев Ту-22М3 – в Сольцах под Новгородом и в Шайковке под Калугой.
Базирующаяся на Дальнем Востоке России дивизия включает два полка стратегических ракетоносцев Ту-95МС на аэродроме Украинка в Приамурье и два полка дальних бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-22М3 (на аэродромах Белая под Иркутском и Воздвиженка в Приморском крае). Кроме того, командованию 37-й армии подчиняется 203-й авиационный полк самолетов-заправщиков Ил-78, базирующийся на аэродроме Дягилево под Рязанью. Здесь же располагается 43-й Центр боевого применения и переучивания летного состава Дальней авиации, оснащенный самолетами Ту-95МС, Ту-22М3 и Ту-134УБЛ.
Важным событием в современной истории Дальней авиации России стало возвращение в ее состав части оставшихся на территории Украины стратегических самолетов Ту-160 и Ту-95МС. Соответствующие межправительственное соглашение, после многолетних переговоров, было подписано летом 1999 г., и в 2000 г. 37-я ВА ВВС России пополнилась перелетевшими с Украины восемью самолетами Ту-160 и тремя Ту-95МС. Кроме того, в том же 2000 г. авиационный завод в Казани смог достроить и передать Дальней авиации еще один новый Ту-160. Все это позволило сформировать в составе ВВС России полноценный полк на этих наиболее совершенных в России стратегических самолетах. До трагической катастрофы 18 сентября 2003 г. на вооружении 121-го полка в Энгельсе находилось 15 бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-160. Недавно Министерство обороны России объявило о своих планах приобрести у промышленности еще один самолет данного типа. После этого численность группировки Ту-160 в ВВС России будет восстановлена на прежнем уровне. Печально заметить, что большинство оставшихся на Украине дальних и стратегических бомбардировщиков, в т.ч. таких уникальных машин, какими являются Ту-160, во второй половине 90-х гг. были подвергнуты там утилизации.
Согласно данным ежегодника Military Balance, по состоянию на 2002-2003 гг., помимо 15 самолетов Ту-160, Дальняя авиация России располагала 63 дальними стратегическими ракетоносцами Ту-95МС, 125 дальними бомбардировщиками-ракетоносцами Ту-22М3, 20 самолетами-заправщиками Ил-78 и 30 учебно-боевыми самолетами Ту-134УБЛ.
Несмотря на значительное сокращение численности дальней и стратегической авиации, по сравнению с советскими временами, Дальняя авиация России по прежнему способна эффективно выполнять ставящиеся перед ней задачи. Об этом, в частности, свидетельствует практика крупномасштабных летно-тактических учений и стратегических командно-штабных тренировок, регулярно проводимых в последние годы Министерством обороны России.
Так, в ходе стратегических командно- штабных учений «Запад-99», состоявшихся летом 1999 г. после почти шестилетнего перерыва в подобных тренировках, две пары самолетов Ту-95МС и Ту-160 совершили многочасовые полеты с авиабазы Энгельс с дозаправками в воздухе от заправщиков Ил-78 в район Исландии и в Норвежское море, сымитировав удары по целям противника.
В 2000, 2001 и 2002 гг. тяжелобомбардировочные авиаполки Дальней авиации, вооруженные самолетами Ту-160, Ту-95МС и Ту-22М3, ежегодно успешно выполняли в среднем по 10 практических пусков крылатых ракет воздушного базирования.
В 2003 г. стратегические ракетоносцы Ту-160 и Ту-95МС впервые в новейшей истории России совершили сверхдальний перелет и учебные пуски крылатых ракет в акватории Индийского океана. Учения проходили в два этапа в воздушном пространстве России, а также в океанских стратегических районах Северного Ледовитого и Тихого океанов. Впервые за все постсоветские годы бомбардировщики Ту-160, Ту-95МС и Ту-22М3 Дальней авиации практически одновременно поднялись в воздух с нескольких аэродромов и направились выполнять поставленные учебно-боевые задачи сразу в разных районах, в том числе далеко за пределами страны. После многочасового полета по назначенным маршрутам бомбардировщики выполнили практические и тактические пуски ракет воздушного базирования и бомбометание на полигонах на севере и юге России.
В августе 2003 г. пара стратегических ракетоносцев Дальней авиации Ту-160 приняла участие в широкомасштабных командно-штабных учениях Тихоокеанского флота «Восток-2003». Согласно планам учений, пара Ту-160 под прикрытием истребителей Су-27 вылетела в дальнюю океанскую зону (несколько тысяч километров от побережья России), где по данным средств космической разведки и целеуказания обнаружила и идентифицировала условную надводную цель противника, проведя ее условное поражение.