Воздушные командные пункты Ил-22 и Ил-22М11, поступившие на вооружение Вооруженных Сил Советского Союза, имели традиционную для аэрофлотовских Ил-18 окраску и регистрационные номера с СССР-75895 по СССР-75929. Остающиеся в эксплуатации в Российской Армии машины сменили индекс «СССР» в регистрационном номере на «RA».
Кроме того, несколько машин после распада Советского Союза осталось в ставшими независимыми республиках СНГ. Так, самолеты, имевшие регистрационные номера СССР-75896 и 75918, оказались на Украине, а СССР-75929 (сейчас ER-75929) – теперь принадлежит Молдове. Ныне они используются для коммерческих перевозок авиакомпанией Vichi Air (в середине 90-х он брался у Молдовы в лизинг румынской авиакомпанией Acvila Air). Та же участь постигла и Ил-22 с регистрационным номером СССР-75916, эксплуатировавшийся одно время латвийской авиакомпанией «Конкорс» (Concors) и получивший в Латвии новую регистрацию YL-LAO, а затем перепроданный другим владельцам.
Самолеты Ил-22 и Ил-22М11 широко использовались (и продолжают ограниченно использоваться) в ходе различных учений для обеспечения дальней связи и управления действиями экипажей самолетов. Так, в июне 1999 г., в ходе учений «Запад-99», пара стратегических ракетоносцев Ту-95МС впервые после распада СССР совершила полет в Северную Атлантику. Миновав Норвегию, самолеты облетели Исландию и обстреляли ракетами Х-55 цели на полигоне. Управление действиями экипажей ракетоносцев осуществлялось с борта ВКП Ил-22.
Спустя три месяца российские ракетоносцы вновь продемонстрировали свои возможности. 17 сентября одна пара Ту-95МС, взлетев с аэродрома Анадырь (Чукотка), взяла курс в нейтральные воды Тихого океана. Другая пара направилась из Тикси через Северный полюс к берегам Канады. В этом вылете их прикрывал истребитель Су-27, оснащенный системой дозаправки топливом в полете (его пилотировал летчик-испытатель Анатолий Квочур). Действия обеих групп координировались с борта воздушного командного пункта Ил-22, барражировавшего в районе Камчатки.
Преемником Ил-22 и Ил-22М11 в роли воздушного командного пункта Генерального штаба, а также главнокомандующих видов вооруженных сил, стал новый ВКП Ил-80, созданный в 1985 г. в ОКБ С.В.Ильюшина на базе широкофюзеляжного пассажирского самолета Ил-86. Сейчас четыре такие самолета базируются на аэродроме Чкаловская под Москвой. Как и Ил-22, они оснащаются насыщенным комплексом средств радиосвязи, антенны которого размещаются на фюзеляже (в частности, в большом обтекателе на верхней поверхности его передней части) и в подкрыльевых контейнерах. Для увеличения дальности полета и времени барражирования эти самолеты имеют систему дозаправки топливом в воздухе.
Ил-22 же стали первыми советскими серийными воздушными командными пунктами, положившими в нашей стране начало новому направлению развития военной авиации.