В этих условиях для продолжения Государственных совместных испытаний, начатых в 1998 г., в сентябре 1999 г. было принято решение достроить в Смоленске одну из серийных машин. Ее выход на испытания планировался на 2001 г., затем на 2002 г. Самолет предполагалось оснастить усовершенствованным бортовым оборудованием. Однако несмотря на то, что тема продолжала оставаться в Государственной программе вооружений, государственное финансирование выделялось в недостаточных объемах, и до сих пор завершить постройку еще одного высотного разведчика так и не удалось. Поэтому не смогли пока завершить и Государственные совместные испытания, полеты по программе которых с перерывами продолжал фактически только один третий опытный самолет. Другой оставшейся летной машине (№55204), получившей мировую известность под названием «Геофизика», в середине 90-х гг. нашлось новое применение, которое, по сути, и спасло всю программу от забвения.
Первая экспедиция М-55 в Латинскую Америку, 1999 г. Самолет базировался на аэродроме г. Ушуайа (Аргентина). Вверху – участники программы APE-GAIA
Осенью 1993 г. М-55 продолжил дело М-17, совершив серию полетов, в ходе которых в период с 21 сентября по 4 октября 1993 г. летчиками-испытателями В.В. Васенковым, О.А. Щепетковым и В.П. Бухтояровым было установлено 16 мировых авиационных рекордов высоты и скороподъемности. В частности, были получены значения высоты полета 21 360 м с грузом в 1 и 2 т, высоты горизонтального полета 21 340 м и времени набора высоты 20 км (с грузом до 2 т) 22 мин 14 с.
К этому времени самолет уже разрешено было показывать публично (в 1992 г. он принимал участие в «Мосаэрошоу-92», а в 1993 г. – в МАКС-93), и в ноябре 1993 г. он впервые отправился за границу, в Италию, где принял участие в европейской научной конференции по исследованию заполярья. Так открылась новая страница в биографии высотных дозвуковых самолетов Мясищева, благодаря которой М-55 обрел поистине мировую известность.
Контакты ЭМЗ им. В.М. Мясищева с зарубежными научными организациями начались в 1993 г., когда руководители итальянской национальной программы по исследованию Антарктиды – PNRA (Programma Nazionale di Ricerche in Antartide) – провели в России серию переговоров. Их целью было выяснение возможностей использования самолета М-55 «Геофизика» для атмосферных исследованиях в Антарктическом районе. Совместный российско-итальянский проект получил поддержку со стороны Итальянского агентства по окружающей среде и энергетике. В программу российско-итальянского сотрудничества был вовлечен большой коллектив ученых и специалистов из Института распространения электромагнитных волн, Университета в Риме, Института химии атмосферы Италии. Спустя некоторое время проект по использованию М-55 для высотных атмосферных исследований получил поддержку и у других европейских исследовательских организаций, таких, как Немецкий научно-исследовательский летный центр (ДЛР), Научно-исследовательские центры в г. Юлихе, Карлсруэ, Майнц (Германия), Лаборатория прикладных исследований Резерфорда (Великобритания), Обсерватория Ношател (Observatory of Neuchatel, Швейцария), Стокгольмский Университет (Швеция) и др.
После заключения соответствующего соглашения о научно-техническом сотрудничестве с итальянской стороной самолет М-55 «Геофизика» был существенно доработан в соответствии с требованиями ученых. Необходимо было обеспечить каждый устанавливаемый научный прибор электропитанием, обеспечить единую систему сбора и обработки информации о параметрах полета самолета для всего комплекса научного оборудования, разработать и установить разнообразные дополнительные устройства для обеспечения измерений параметров атмосферы (специальные заборники проб воздуха и т.п.). Каждый научный прибор был изготовлен и испытан для работы в негерметизи- рованных отсеках самолета при низких температурах, вибрациях и перегрузках.
Научное оборудование самолета включало спектрометры для дистанционного определения химического состава атмосферы по регистрации интенсивности поглощения солнечного излучения или собственного излучения атмосферы в диапазонах длин волн от ультрафиолетового до далекого инфракрасного, мощных и маломощных импульсных лидаров для обнаружения аэрозолей и полярных стратосферных облаков, а также комплекса аппаратуры для измерения основных метеопараметров атмосферы на различных высотах в тропосфере и нижней стратосфере.