В октябре 1952 г. 689-й ГвИАП в полном составе был перебазирован на аэродром «Нивенское» Калининградской обл., где вскоре был включен в состав ВВС флота. В 1953 г. он переучился на МиГ-17 и МиГ-17П, а в 1956 г. – на МиГ-19 (были освоены также модификации МиГ-19С, МиГ-19ПГиМиГ-19СВ). В апреле 1960 г. 689-й ГвИАП был переведен в состав Балтийской дивизии ПВО страны. В августе-октябре 1968 г. личный состав полка выполнял государственную задачу в Чехословакии. В 1977 г. полк начал освоение МиГ-23М, а в 1989 г. прошел перевооружение на современные истребители четвертого поколения Су-27. 26 июня 1989 г. полку присвоено имя Маршала Авиации А.И. Покрышкина.
С 1 декабря 1994 г. 689-й ГвИАП, находившийся в системе ПВО страны, переведен в подчинение командованию морской авиации Балтийского флота. В 2001 г. существовали планы переформировать полк в эскадрилью (143-ю ИАЭ), но, к счастью, реализованы они не были. Летом 2002 г. полк перебазировался с аэродрома «Нивенское» в «Чкаловск». Все Су-27 поступили на службу в 689-й ГвИАП в 1989-1990 гг., ротации техники в последующие годы практически не осуществлялось. Но перед самым распадом СССР несколько самолетов были переданы в 61-й ИАП (Белоруссия). Согласно данным в печати, к началу нового тысячелетия в составе полка находились 28 самолетов Су-27П и Су-27УБ.
Сегодня 689-й ГвИАП представляет собой основу авиационной компоненты ПВО Балтийского флота и Калининградского особого оборонительного района в целом. Полк является единственным сухопутным полком в системе ВВС и ПВО ВМФ России, вооруженным истребителями типа Су-27. Командиром полка с 2003 г. является полковник Владимир Талабирчук.
125-я отдельная вертолетная эскадрилья20 декабря 1976 г. является датой создания 288-го отдельного вертолетного полка, сформированного в г. Владимир (Московский военный округ). В 1977 г. личным составом полка были освоены различные варианты вертолета Ми-24. В 1978 г. полк перебазировался на аэродром «Нивенское» (Калининградская обл.), войдя в состав Сухопутных войск Краснознаменного Прибалтийского военного округа. С 1980 по 1989 гг. личный состав полка принимал участие в боевых действиях в Афганистане, где потери полка составили 18 человек, при этом четырем офицерам 288-го ОВП было присвоено звание Героя Советского Союза. В 1986 г. личный состав части участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. По данным иностранной печати, в 1990 г. в полку насчитывалось 48 вертолетов Ми-24 и 20 вертолетов Ми-8 различных модификаций.
В 1997 г. 288-й ОВП был передан из состава ликвидировавшейся 11-й гвардейской армии в состав морской авиации Балтийского флота и в 2002 г. преобразован в 125-ю отдельную вертолетную эскадрилью, которая в том же году была перебазирована на аэродром «Чкаловск». В настоящее время на вооружении эскадрильи находятся вертолеты Ми-24ВП и Ми-8.
125-я ОВЭ выполняет задачи в интересах обеспечения флота и приданных ему сухопутных частей, в т.ч. функции огневой поддержки, а также частично задачи ПВО Калининградского особого оборонительного района. Эскадрилья является единственной частью в составе ВВС и ПВО ВМФ России, вооруженной вертолетами типа Ми-24.
396-я отдельная корабельная противолодочная вертолетная эскадрильяИстория противолодочной вертолетной эскадрильи берет свое начало 30 июля 1955 г., когда на Балтийском флоте была сформирована 509-я отдельная авиационная эскадрилья вертолетов. В течение последующих нескольких лет эта часть не раз меняла наименование, то становясь полком, то снова сокращаясь до отдельной эскадрильи. 4 октября 1961 г. эскадрилья была преобразована в 745-й отдельный противолодочный вертолетный полк и с этим наименованием вошла в историю противолодочной авиации Балтийского флота. Часть постоянно базируется на аэродроме «Донское», с начала 60-х годов «единолично» эксплуатирующемся только этим полком.