После выхода из состава Внуковского авиапредприятия в 1992 г. авиакомпания находилась под формальным управлением Минтранса и администрации Калининградской области, но фактически оказалась под контролем нескольких физических лиц, приближенных к областной администрации. Внешнее управление и разделение в 2002 г. на два одноименных предприятия с разной формой собственности и разными функциями привели к принципиально новой экономической ситуации. В уставный капитал ОАО «Калининградавиа» были переданы практически все ликвидные активы ГУП «Калининградавиа»: самолеты Ту-134А (RA-65010, 65019, 65027, 65054, 65087, 65090) и Ту-154М (RA-85788, 85789), а также здание аэровокзала, здание и имущество АТБ, ангар и ряд других объектов недвижимости. Самолеты Ту-134А RA-65824 и 65870 на момент образования ОАО уже находились в стадии подготовки к списанию и в новое общество переданы не были. Также уже не летавший RA-65011 был получен одним из кредиторов ГУПа, но позже, в 2003 г., «продан» в ОАО.
Надо заметить, что юридически ОАО «Калининградавиа» (затем ОАО «КД авиа») является новой компанией, получившей и новые регистрационные коды: KD по 1АТА и KNI по ICAO (ГУП «Калининградавиа» имело коды К8 и KLN соответственно). Но с технической и хозяйственной точек зрения ОАО «КД авиа», безусловно, является преемником предшественника.
В сентябре 2002 г. контроль над авиакомпанией ОАО «Калининградавиа» перешел к московским коммерческим структурам, выкупившим 85% кредиторской задолженности предприятия. Когда контрольный пакет перешел к стратегическим инвесторам, структура собственности была стабилизирована, и к руководству региональной авиакомпании пришел московский авиационный менеджмент, появились предпосылки к изменению вектора динамики авиакомпании:. Роль региональной администрации упала до незначительной. По состоянию на 1 марта 2006 г. Фонду имущества Калининградской области принадлежало лишь 9,1% ОАО «КД авиа».
В настоящее время председателем Совета директоров ОАО «КД авиа» является Сергей Грищенко, генеральным директором – Валерий Михайлов, исполнительным директором – Леонид Ицков. Этот состав менеджмента остается неизменным с 2003 г., и именно с ним связана принципиально новая амбициозная программа развития авиакомпании.
Проект, или прощание с прошлым2003 г. стал годом самых низких показателей «Калининградавиа», когда объем перевозок упал в разы даже по сравнению с кризисными 1998-1999 гг. и составил всего 57 тыс. пасс. С этой точки и предстоял подъем.
Планы полной замены авиапарка были разработаны в 2003 г. новым руководством компании и обнародованы в январе 2004 г. Основными мотивами такого перехода были техническая изношенность имевшегося парка, низкая топливная эффективность отечественных самолетов, особенно на фоне стремительного роста цен на топливо, и поэтапное ужесточение требований Евросоюза по шумам и эмиссии, постепенно закрывающее зарубежное небо для самолетов советской постройки. В качестве новой базовой модели менеджментом компании был определен самолет типа «Боинг 737-300» как в наибольшей степени соответствующий перспективной маршрутной сети авиакомпании и удовлетворяющий критерию «цена/качество». Формой владения новых лайнеров был выбран операционный лизинге возможным переходом на финансовый лизинг в более отдаленной перспективе. Для финансирования первоначальных и лизинговых платежей в банках были получены кредиты. Спустя год после обнародования планов – а именно 9 марта 2005 г. – первый калининградский «Боинг» с регистрационным номером EI-DJK выполнил свой первый регулярный рейс. К этому же времени оба Ту-154М находились в длительном ожидании ремонта на ВАРЗе, а Ту-134А были переданы в аренду, проданы или выведены из эксплуатации с постановкой самолетов на хранение в ожидании утилизации. В 2005 г. только три Ту-134А «Калининградавиа» летали на маршрутах компании, но 19 июня того же года последним рейсом RA-65087 эпоха советской авиатехники для регионального калининградского авиаперевозчика полностью завершилась. Сегодня только три исчерпавших ресурс самолета типа Ту- 134А (RA-65011, 65824, 65870), когда-то летавшие в «Калининградавиа», до сих пор хранятся на стоянках аэродрома «Храброво».
Вместе с тем, проект 2003 г. был комплексным, и смена авиапарка в нем не была самоцелью. В его основе лежала амбициозная идея создания на базе аэропорта «Храброво» крупного пересадочного аэроузла (хаба), связывающего Западную Европу и Россию. Этой цели и должны были служить смена и количественный рост авиапарка, и – что не менее важно – предусмотренное проектом строительство аэропортового терминала. Новый аэровокзал проектировался в соответствии с современными требованиями, предъявляемыми к аэропортовому комплексу, выступающему в роли единого узлового центра по обслуживанию пассажиров внутренних и международных линий, обеспечивающему необходимые удобства при стыковке маршрутов. Подготовительные работы по строительству терминала были начаты весной 2004 г. Открытие его первой очереди с пропускной способностью до 2 млн пассажиров в год было запланировано на 2007 г., второй очереди – на 2008 г. По завершении строительства пропускная способность терминала должна составить 5 млн пассажиров в год. Именно на начало эксплуатации первой очереди комплекса в режиме хабового узла была рассчитана заявленная в январе 2004 г. численность будущего парка из 19 самолетов «Боинг 737-300».