Задачей второго выхода значился перевод механизма поворота солнечных батарей на ферме S3/S4 в рабочее состояние. Этим в ночь на 14 июня занялись Стивен Свансон и Патрик Форрестер. После небольшой задержки с выходом, случившейся из-за проблем со связью между астронавтами, они приступили к запланированным работам. Первым делом астронавты попытались вручную свернуть панель солнечных батарей СБ2В на ферме P6 по правому борту МКС. Операция по ее автоматическому свертыванию началась ранее, но один из фрагментов 35-метровой панели заклинило, поэтому на помощь ЦУПу пришли астронавты. Провозившись два часа с панелью, они занялись подготовкой к включению системы SARJ (она дает возможность панелям S3/S4 поворачиваться под нужным углом к солнцу). Однако завершить эту операцию астронавты не успели даже несмотря на то, что вместо запланированных 6,5 часов отработали за бортом МКС 7 ч 16 мин.
В ночь на 16 июня завершать начатое вновь вышли Джеймс Рейли и Джон Оливас. Они провели за бортом МКС более 7 часов, выполнив все основные задачи: восстановили целостность теплозащитного покрытия в кормовой части «Атлантиса», установили клапан сброса водорода для американской системы регенерации кислорода на борту МКС и окончательно свернули панели старых солнечных батарей. Стоит отметить, что в программе миссии STS-117 значилось только три выхода в открытый космос, но как раз в связи с необходимостью ремонтных работ на корме «шаттла» ЦУП в Хьюстоне увеличил количество выходов до четырех. Поэтому активацией системы SARJ астронавты Патрик Форрестер и Стивен Свонсон занялись в ночь на 17 июня. Тогда же они проложили компьютерный сетевой кабель, убрали GPS-антенну и установили на лабораторию «Дестени» систему защиты от космического мусора. Общая длительность четырех выходов в космос для астронавтов миссии STS-117 составила 27 ч 58 мин.
Конфигурация МКС после отстыковки «Атлантиса» 19 июня. Теперь она имеет больше солнечных батарей Внизу: во время второго выхода в космос Стивен Свонсон и Патрик Форрестер провели за бортом более 7 ч, готовя к работе новые солнечные батареи
Во время пребывания челнока в составе МКС на станции впервые столкнулись с настолько серьезной проблемой, что NASA даже рассматривало возможность экстренной эвакуации всего ее экипажа. Во время развертывания и подключения на американском сегменте МКС новых панелей солнечных батарей начались сбои в работе бортовых компьютеров на ее российском сегменте. Всего здесь установлено шесть компьютеров: три центральных отвечают за управление, ориентирование в пространстве и двигатели на модуле «Звезда», а три терминальных обеспечивают работы систем жизнеобеспечения «Электрон» и «Воздух».
По данным специалистов, система начала сбоить 12 июня, затем на борту станции дважды срабатывала пожарная сигнализация и члены экипажа приступали к процедуре ликвидации пожара, но ни возгорания, ни задымления не находили – тревога была ложной, но проблема действительно существовала. Сбой оставил МКС сначала с одним центральным и одним терминальным компьютером, а вскоре вообще без вычислителей. Как сообщила позднее пресс-служба РКК «Энергия», 13 июня было полностью потеряно управление бортовыми системами российского сегмента. Попытки перегрузить компьютеры положительных результатов не принесли. «Это очень серьезная ситуация», – сообщил российский ЦУП командиру экипажа МКС Федору Юрчихину.
Главная ее опасность заключалась в том, что станция могла лишиться стабильной ориентации в пространстве, а это особенно важно для бесперебойного энергообеспечения МКС за счет солнечных батарей. Заданная ориентация МКС поддерживается при помощи гиродинов американского сегмента, но в случае их перегрузки автоматика корректирует их работу с помощью двигателей на российском сегменте. Такие ситуации уже возникали, особенно во время пополнения станции новыми ферменными конструкциями. На сей раз в случае необходимости перезагрузки гиродинов полагаться на российские двигатели было нельзя. Пока «шаттл» оставался в составе станции, он мог восстановить ее ориентацию за счет своих двигателей, однако решить возникшую с компьютерами проблему необходимо было до того, как челнок покинет МКС.
Трое суток в российском ЦУПе велась напряженная работа по выяснению причин сбоя и восстановлению работоспособности компьютеров. 15 июня РКК «Энергия» сообщила, что проблемы в работе компьютеров, разработанных европейскими предприятиями по заказу Роскосмоса, связаны с неустойчивой работой вторичных источников питания. «Одна из возможных причин – электромагнитные помехи или скачки напряжения, возникшие во время подключения новых панелей солнечных батарей», – отметили в корпорации. «По станции прошел статический сигнал, который превысил допустимые нормы», – пояснил на пресс-конференции в подмосковном Королеве Николай Севастьянов, тогда еще глава РКК «Энергия». Статическое электричество вывело из строя как основные, так и резервные источники питания шести бортовых компьютеров.