Организация воздушных перевозок по республиканским населенным пунктам была стремительной. С 1 июня 1945 г. на регулярной основе стали выполняться полеты на Ли-2 в Москву (с посадкой в Киеве), а также в ряд украинских городов. В 1951 г. начинаются полеты на всесоюзные курорты – Минеральные воды, Симферополь, Сочи, в 1954 г. – в Ленинград, Львов, Харьков.
С 1952 г. начинается обновление воздушного флота – на смену По-2 поступают первые Ан-2. Тогда же отдельный авиаотряд трансформируется в Молдавскую отдельную авиационную группу Украинского УГА. С 1957 г. группа непосредственно подчиняется Главному управлению гражданского воздушного флота (ГУ ГВФ) СССР. Тогда же она получает первые вертолеты Ка-15, Ка-18 и Ми-1, а также пять самолетов Ил-14. К началу 60-х гг. самолеты из Кишинева летали уже в 20 городов Советского Союза.
В 1960 г. в строй вводят новый аэропорт Кишинева, расположенный ныне в черте города. Его взлетная полоса была способна принимать крупные газотурбинные самолеты. Благодаря этому на самолетах Ан-10 открываются беспосадочные полеты в Москву, Ленинград и несколько других крупных городов страны. В 1968 г. в Молдавии появляются Ан-24. Отдельная авиагруппа вновь терпит реорганизацию – теперь это Молдавское управление гражданской авиации (МУГА).
В конце 60-х гг. в Молдавию начинают летать реактивные лайнеры. В 1971 г. МУГА получает свой первый собственный Ту-134. Впоследствии лайнеры этого типа становятся самым массовым самолетом Молдавского управления: общее количество машин достигает 26, а в Кишиневе размещается всесоюзная испытательная база данного типа самолетов. Быстрым темпом идет освоение других новых типов воздушных судов: в 1972 г – Як-40, в 1974 г. – Ан-26. В эти же годы обновляется и вертолетный флот – в республике появляются Ка-26 и Ми-2. Середина 80-х гг. – золотой период молдавской гражданской авиации. В кишиневском аэропорту базируется более 30 самолетов и около 100 вертолетов. Число ежедневных рейсов в Москву достигает 12, а в Ленинград, Минеральные воды, Ростов и Сочи авиалайнеры отправляются дважды в день. Благодаря новой ВПП длиной 3590 м столичный аэропорт может принимать практически любой тип ВС. С 1985 г самолеты МУГА ежегодно перевозят более 1 млн чел.
Пиком развития молдавской гражданской авиации в советское время стало появление в парке МУГА в 1988 г. самолетов Ту-154Б (всего поставлено девять машин), а в сентябре 1990 г. начинаются полеты молдавских авиалайнеров по международным трассам (первым зарубежным стал рейс на Ту-134 по маршруту Кишинев – Франкфурт-на-Майне).
Однако, амбициозным планам молдавских авиаторов по освоению международного неба не суждено было сбыться. Известные события 1991 г. и дальнейшее отпочкование союзных республик от единого центра сыграли злую шутку с гражданской авиацией СССР. Поступательное развитие молдавской гражданской авиации практически в миг завершилось, необходимо было начинать все с начала…
Для управления авиационной отраслью в уже независимой Республике Молдова местные власти создали Департамент воздушного транспорта при Министерстве транспорта. Первые годы после обретения страной независимости были всецело посвящены выживанию. Потеря управленческих связей в отрасли, сложности с техническим ремонтом воздушных судов (КБ и крупные ремонтные заводы оказались за границей) на фоне сложной политической ситуации, гражданской войны весны-лета 1992 г. и просто катастрофического обнищания населения в результате либеральных «реформ» привели к резкому падению объемов авиаперевозок.
Кроме того, на территории Республики Молдова возникли серьезные проблемы с поставками авиационного керосина. Процессы, происходящие в авиационной отрасли молодой страны, были столь негативными, что в 1993 г. сложилась ситуация, когда в течение примерно полумесяца ни один самолет вообще не поднимался в воздух. Экономические показатели воздушного транспорта стремительно падали и, в конце концов, скатились к уровню 50-х гг
В условиях фактического коллапса отрасли началась радикальная реорганизация воздушного транспорта. Прежде всего, были разделены административные и хозяйственные функции. Благодаря президентскому указу от 12 января 1993 г родилась государственная авиакомпания «Эйр Молдова» (Air Moldova), на сегодня – ведущий авиаперевозчик республики. 5 февраля 1993 г. была создана Государственная администрация гражданской авиации Республики Молдова (ГАГА РМ). 15 июня 1994 г. службу управления воздушным движением реорганизовали в государственное предприятие «MoldATSA». 31 мая 1995 г. самостоятельным предприятием стал и Кишиневский международный аэропорт.