В 1999-2002 гг. существовала также компания «Молдтрансавиа» (Moldtransavia), выполнявшая дальние чартерные рейсы на Ту-154.
В первой половине 90-х гг. в Республике Молдова, как и в других странах бывшего СССР, возникло множество других новых авиакомпаний. На маленькую страну их было около 30. Естественно, что многие оказались «однодневками», часто вообще без единого самолета.
Так, своим существованием в 1992- 1994 гг. запомнилась «Валеология» (Valeologia). Некоторое время относительно крупной и успешной была авиакомпания «Ренан» (Renan). На определенном этапе своего существования (она работала в 1993-2004 гг.) по количеству самолетов она превосходила даже «Эйр Молдову» и осуществляла чартерные и грузовые перевозки на международных маршрутах.
Среди других «пионеров» молдавских авиаперевозок можно выделить компанию «Вики» (Vichi Airlines). Долгое время она осуществляла грузоперевозки и пассажирские чартерные рейсы из аэропорта Кишинева, а позже пыталась возобновить операционную деятельность в Маркулештах – на бывшем аэродроме авиации ВМФ Советского Союза, в 2004 г. получившем статус международного аэропорта. Однако успех в этом ей не сопутствовал, и она фактически прекратила существование. В июне 2004 г. в Маркулештах была создана еще одна авиакомпания – «Аэропортул Интернэшнл Маркулешты» (Aeroportul International Marculesti), которой принадлежали самолеты Ан-24, Ан-30, Ан-32, Ан-72, вертолеты Ми-8 и др. Нелегким оказался и путь специализировавшейся с 1994 г на грузовых чартерных международных перевозках на самолетах Ан-26 и Ан-32 авиакомпании «Валан» (Valan International Cargo Charter), одно время имевшей довольно сильные позиции на рынке.
Позже возник ряд других чартерных и грузовых авиаперевозчиков. Среди них можно выделить «Аэриантур-М» (Aeriantur-M Airlines), совершавшую полеты на Ан-26 на Ближний Восток, «ТЕПавиа-Транс» (TEPAvia-Trans), работавшую с 1999 г. на Ан-12, Ан-32 и Ан-28 на Африканском континенте, «Тирамавиа» (Tiramavia), перевозившую с 1999 г. грузы в Европе и неоднократно задействовавшуюся в обслуживании авторалли «Париж-Дакар» и оказании гуманитарной помощи по линии ООН.
Самой крупной вертолетной компанией Республики Молдова являлась «Агроавиа» (Agroavia), осуществлявшая авиационные работы для нужд сельского хозяйства на вертолетах Ка-26. В этой же сфере работала и созданная в 1997 г. авиакомпания «Молдаэросервис» (Moldaeroservice), осна щенная самолетами Ан-2 и вертолетами Ми-2. В 2000 г. была создана компания «Пекотокс-Эйр» (Pekotox Air), эксплуатировавшая, в частности, вертолеты Ка-32 и даже Ми-26 (кроме того, у нее имелись самолеты Ан-24, Ан-26 и Ан-32).
Среди относительно молодых молдавских авиакомпаний – «Эйр Вингз» (создана в январе 2004 г.), «Нобил-Эйр» (в январе 2005 г.), «Аэронорд-груп» и «Джет Стрим» (обе начали деятельность в ноябре 2005 г.) и некоторые другие. Всего, по данным справочника авиакомпаний СНГ, изданном российской Госкорпорацией по ОрВД, на 22 января 2009 г. в Республике Молдова было зарегистрировано 17 авиакомпаний.
Однако не все из них сегодня имеют право на авиаперевозки: Государственная администрация гражданской авиации Молдовы своим приказом №102/GEN от 21 июня 2007 г. аннулировала сертификаты эксплуатанта семи молдавских авиакомпаний, работавших, главным образом, за пределами территории страны, и не устранивших вовремя ряд серьезных замечаний в области обеспечения безопасности полетов.
Молдова остается одной из немногих стран, продолжающих эксплуатировать на пассажирских перевозках легендарный Ил-18Д. На этой машине 1968 г. выпуска (ER-ICB), принадлежащей компании «Гриксона», перевозит вахты нефтяников в Судан авиакомпания «Тандем-Аэро»
Несмотря на долгую судебную тяжбу, решение ГАГА в конечном итоге осталось неизменным. Сертификатов лишились компании «Аэропортул Интернэшнл Маркулешты», «Джет Лайн Интернэшнл», «Джет Стрим», «Тирамавиа», «Пекотокс-Эйр», «Валан» и «Гриксона», на балансе которых находилось около ста самолетов и вертолетов, в основном – за пределами Молдовы. В сообщении для прессы по этому поводу ГАГА уточнила, что эти меры были обусловлены «равнодушной реакцией молдавских операторов на ряд серьезных несоответствий, имеющих прямой эффект на безопасность перелетов, что побудило европейские страны, такие как Германию, Францию, Испанию и Нидерланды, поставить проблему запрета доступа молдавских воздушных судов на их территорию». Авиационная администрация Молдовы уточнила, что «вынуждена принять максимально суровые меры в условиях, когда ситуация может ухудшиться и поставить под сомнение способность государства выполнять обязательства по международным конвенциям»: из-за попавших в немилость у европейских властей семи компаний под угрозой включения в знаменитый европейский «черный список» перевозчиков, которым запрещаются любые полеты над территорией ЕС, автоматически оказывались все без исключения авиакомпании Республики Молдова. Таким образом, приостановив деятельность семи «штрафников», стране удалось сохранить права на продолжение полетов в Европу (и через ее воздушное пространство) остальным ее перевозчикам. Это однако не значит, что семь указанных компаний вовсе перестали заниматься авиационной деятельностью – некоторые из них имеют свидетельства эксплуатантов авиации общего назначения и продолжают полеты на территории Молдовы под эгидой АОН (например, на вертолетах).