В соответствии с первоначальными планами, поставка первых пяти Ту-214 должна была состояться в 2006 т, а оставшихся — в 2007 г. Однако изготовить первую машину на КАПО им. С.П. Горбунова (ныне — Казанский авиазавод ПАО "Туполев") смогли только к концу 2006 г. Первый полет ее состоялся в ноябре 2006 т, а процесс доводки и сдаточных испытаний растянулся еще на полгода. В результате, церемония передачи первого Ту-214 компании "Трансаэро" (самолет с регистрационным номером RA-64509) состоялась только в апреле 2007 г. В мае того же года он приступил к полетам по маршруту Москва—Дубай. Второй Ту-214 (RA-64549) "Трансаэро" надеялась получить до конца года, однако самолет был изготовлен и передан компании только в ноябре 2008 г. В связи с задержкой поставок российских самолетов совет директоров компании в конце 2006 г. одобрил операционный лизинг пяти дополнительных Boeing 737. Как говорится в годовом отчете ОАО "Авиакомпания "Трансаэро" за 2006 г., "в связи с существенной задержкой поставки самолетов Ту-214 (до конца 2006 г планировалось получить пять самолетов) для выполнения поставленных производственных задач, реализации полученных лицензий, соблюдения частотности полетов возникла необходимость привлечения на ряде маршрутов самолетов Boeing 737".
Летом 2006 г. "Трансаэро" начала выполнение полетов по маршруту Москва— Анадырь на самолетах Boeing 747. Это был первый рейс, выполняемый на самолете этого типа внутри России.
Самым массовым типом в "Трансаэро" стали узкофюзеляжные Boeing 737 разных модификаций. К лету 2015 г. в парке компании насчитывалось 48 таких лайнеров, включая 14 самых "коротких" Boeing 737-500, один из которых показан на этом снимке
В апреле 2007 г. "Трансаэро" приступила к эксплуатации отечественных самолетов Ту-214. Контракт на десять таких лайнеров был заключен "в обмен" на освобождение компании от уплаты таможенных пошлин за ввоз "иномарок", но получить с завода перевозчик смог только три Ту-214, которые находились в финансовом лизинге от ФЛК, а после ее банкротства - от "Ильюшин Финанс Ко."
В том же 2006 г. считавшиеся аффилированными с "ЛогоВАЗом" Бориса Березовского структуры, которым в сумме принадлежало около 32% акций "Трансаэро", продали свои пакеты акций и были исключены из реестра акционеров авиакомпании. В результате, менеджмент "Трансаэро" стал фактически контролировать почти 90% акций перевозчика, хотя не все они находились в их непосредственной собственности.
В 2007 г. первой в России "Трансаэро" начала продажу электронных билетов на свои рейсы (полностью перейдя на них с октября 2009 г.) и регистрацию через интернет. В том же году она впервые стала вторым (после "Аэрофлота") авиаперевозчиком России по количеству пассажиров на международных воздушных линиях, а в 2008 г. — второй российской авиакомпанией по пассажирообороту в целом (и третьей по пассажиропотоку после "Сибири"). Начиная с 2009 г. "Трансаэро" стабильно занимала вторую (после "Аэрофлота") строчку в рейтинге российских авиакомпаний как по числу перевезенных пассажиров, так и по пассажирообороту.
С октября 2008 г. перевозчик приступил к эксплуатации первых двух дальнемагистральных лайнеров Boeing 777-200. На них впервые заработал новый класс обслуживания пассажиров — "Империал", стандарты которого соответствуют уровню международного первого класса. Таким образом, "Трансаэро" стала первым перевозчиком в России, который предложил своим пассажирам четыре класса обслуживания — "Империал", бизнес-класс, премиальный экономический и туристический экономический классы. Компоновка "трансаэровских" Boeing 777-200 предусматривала 12 мест в "Империале", 14 в бизнес-классе и 280 — в "экономе" (всего 306 кресел). Позднее "Империал" появился и на некоторых Boeing 747-400 компании, а также на всех ее Boeing 777-300 (их эксплуатация начата в конце 2011 г.).
Примечательно, что мировой финансовый кризис 2008 г. не сильно отразился на авиакомпании, даже несмотря на возросшую почти вдвое цену на авиатопливо. В 2009 г. Ольга Плешакова рассказывала: "Кризис как таковой, т.е. снижение числа пассажиров, компания почувствовала только в январе 2009 г. Но еще раньше оказывать влияние на отрасль начал банковский кризис. Стал более сложным доступ к финансовым ресурсам. Однако репутация надежного заемщика, а также правительственное постановление №964 от 2008 г. о государственных гарантиях для банков, кредитующих авиапредприятия, позволили "Трансаэро" решить и эту проблему. Уже в мае пошел прирост, как по числу перевезенных пассажиров, так и по пассажирообороту, по отношению к тому же периоду 2008 г. Так что сложности у нас были 3—4 месяца, и вряд ли их можно назвать кризисом. За это время мы переконфигурировали свои силы, оптимизировали расписание. Достичь такого результата позволил парк воздушных судов, в основном состоящий из эффективных по расходу топлива и сбалансированных по емкости самолетов Boeing".