В кооперации по программе MRJ участвует ряд ведущих западных производителей. Двигатели PW1217G для MRJ90 поставляет американская компания Pratt & Whitney, интегрированный комплекс авионики и систему управления — Rockwell Collins, гидросистему — Parker Aerospace, электрооборудование и ряд других систем — Hamilton Sundstrand.
Выкатка из сборочного цеха экземпляра MRJ90 для статических испытаний (самолет №90001) состоялась 7 мая 2014 г Сборка первого летного образца (№10001, получил регистрационный номер JA21MJ) завершилась прошлым летом, а торжественная церемония его выкатки прошла 19 октября 2014 г 13 января 2015 г. на самолете был выполнен первый запуск двигателей PW1217G, а в начале июня состоялись первые рулежки и пробежки по аэродрому. Первый вылет самолета №10001 на тот момент планировался на сентябрь-октябрь 2015 г., но ближе к этому времени был смещен на начало ноября. Наконец, 11 ноября все было готово и столь долгожданное для Японии событие состоялось. Экипаж остался доволен поведением новой машины в воздухе: «Летные характеристики оказались даже лучше, чем мы ожидали. Пилотирование самолета - исключительное комфортное», — заявил после первого полета шеф-пилот Йошиюки Ясумура.
«MRJ успешно выполнил первый полет благодаря плодотворному сотрудничеству и поддержке всей нашей команды, — заявил, в свою очередь, президент Mitsubishi Aircraft Corporation Хиромичи Моримото. — Мы и дальше будем прилагать все свои усилия для достижения нашей цели — сертификации нашего лучшего в мире регионального самолета, который должен поступить в коммерческую эксплуатацию в 2017 г».
Второй и третий полеты прототипа MRJ90 состоялись 19 и 27 ноября.
Всего в программе сертификационных испытаний MRJ90 планируется задействовать пять летных образцов (с №10001 по 10005), а также статический (№90001) и ресурсный (№90002) экземпляры. Первый летный образец планируется использовать для определения основных летно-технических и взлетно-посадочных характеристик, отработки бортовых систем. Второй прототип (№10002, JA22MJ), с середины этого года уже проходящий наземные отработки, планируется поднять в воздух к началу 2016 г. Он будет использоваться для оценки основных летных и эксплуатационных характеристик. На третьей машине (№10003, JA23MJ), которая должна выйти на летные испытания в первом квартале 2016 г., предстоит испытать весь комплекс авионики, а также провести углубленную оценку летных характеристик. Почти одновременно с ней должен быть готов и четвертый прототип (№10004, JA24MJ) для отработки бортовых систем и оборудования пассажирского салона, а также испытаний в условиях естественного обледенения, высоких и низких температур, оценки уровня шума на местности. Заключительный пятый летный экземпляр (№10005, JA25MJ) должен подняться в воздух до середины 2016 г., его планируется использовать для отработки автопилота и испытаний в условиях обледенения.
После первого полета MRJ90, слева направо: летчики-испытатели Казуо Тода (второй пилот) и Йошиюки Ясумура (старший летчик-испытатель, командир экипажа), президент Mitsubishi Aircraft Corporation Хиромичи Моримото, старший исполнительный вице-президент Mitsubishi Aircraft Corporation, генеральный менеджер программы MRJ Нобуо Киши
Со второго квартала следующего года, после проведения этапа предварительных испытаний в Япронии, первые четыре прототипа MRJ90 должны быть перебазирования для продолжения сертификационных полетов в США, в аэропорт Грант Каунти в Моузес Лейк (штат Вашингтон). Пока всю программу сертификационных испытаний планируется завершить до середины 2017 г., что, конечно, выглядит чрезмерно оптимистично. В середине декабря 2015 г. компания MITAC сообщила, что до конца этого года обнародует уточненные сроки реализации программы.
Стартовым заказчиком MRJ90 с 2008 г. выступает японская авиакомпания All Nippon Airways (ANA), которая должна получить 15 таких лайнеров. Окраску ANA уже имеет пятый летный экземпляр машины (JA25MJ). Всего, по состоянию на декабрь 2015 г., Mitsubishi Aircraft Corporation располагала 223 твердыми заказами на самолеты MRJ90. 50 из них принадлежат объединяющему несколько авиаперевозчиков американскому холдингу Trans States Holdings и 100 — американской авиакомпании Skywest. Поставки обоим предполагается начать в 2017 г. Кроме того, 20 машин заказано американской компанией New Eastern Air Lines (начало поставок — в 2019 г.) и шесть — мьянманской Air Mandalay (поставки — с 2018 г.). Наконец, менее года назад, в январе 2015 г., заказ на 32 таких лайнера разместила японская Japan Airlines (JAL), которая передаст их своей региональной «дочке» J-Air, поставки должны начаться в 2021 г.