В 1816 году Харриет покончила жизнь самоубийством. Потеряв надежду вернуть мужа, она связалась с каким-то офицером, но его полк отправили в далекую колонию. Личная жизнь не устраивалась. Харриет падала все ниже. Тогда сестра забрала у нее детей, а мистер Уэстбрук, отец, отказал от дома. 10 декабря был найден труп Харриет, а уже 30 декабря Перси, не теряя времени, обвенчался с Мэри. Теперь она не реагировала так болезненно на пребывание в их доме Клер, хотя повод для сплетен остался прежним и даже усугубился в связи с появлением на свет дочери Клер и Байрона Аллегры. Ведь домыслы относительно отца девочки были самыми разными.
Элиза Уэстбрук подала на Перси Шелли в суд. В результате его лишили отцовских прав и отказали в просьбе выбрать опекуна для своих детей. Ианту и Чарлза отдали на попечение некого доктора Хьюма и его жены, людей абсолютно чужих и незнакомых.
Весной 1819 года Шелли всей семьей приезжают в Италию. Здесь они живут на вилле Байрона. По дороге в Венецию заболела и вскоре умерла маленькая дочь Шелли Клара Эвелина. Врачи рекомендовали супругам покинуть Рим на самые жаркие месяцы, однако они все откладывали переезд до тех пор, пока 25 мая не заболел их сын Уилли. 7 июня 1819 года он умер.
Осень 1820 — зима 1821 года — история «итальянской платонической любви Шелли», так впоследствии назовет Мэри отношение мужа к Эмилии Вивиани. К началу их знакомства прелестной и «несчастной» Эмилии было около 20 лет. Из них она почти три года провела в монастыре. Перси, как никто другой, сострадал девушке и считал, что ее монастырское заключение похоже на тюремное. «Что за судьба! Я очень страдаю и являюсь причиной тысячи горестей для других. Простите меня, мой друг. Право, лучше Вы никогда бы не знали меня», — эти строки из письма Эмилии вызывали слезы не только у Перси, но даже и у его жены.
Вдохновленный новой любовью, Шелли создает поэму «Эпипсихидион». Подобно тому, как некогда юные Перси и Мэри бежали из туманного Лондона, так и теперь Шелли задумывал побег с Эмилией на Ионические острова — но только в стихах. На деталях этого побега поэт останавливается очень подробно, со сладострастием описывая все возможные приготовления. Причем, обращаясь к Мэри, он призывает ее разделить поровну с Эмилией власть над его жизнью и сердцем. Как всегда, Шелли мечтает о невозможном и вполне искренен в своем желании осчастливить и примирить всех. Сразу же после создания поэмы он почувствовал разочарование в объекте своего обожания — еще один кумир был низвергнут. Произошло то же, что в свое время с Харриет Уэстбрук и Элизабет Хитченер.
В Пизе Шелли знакомится с четой Уильямсов. И чем дольше продолжалось их ежедневное общение, тем сильнее менялись чувства поэта к Джейн Уильямс. Сначала она, со всеми ее хозяйственными заботами, была ему просто неинтересна. Но легкий нрав, живость, веселость девушки — все то, чего так не хватало умной, блестящей Мэри, — с каждым месяцем становились ему нужней и дороже. Очарование усилила яркая музыкальная одаренность Джейн. Шелли мечтал подарить ей арфу и просил об этой покупке в письме к Хорейсу Смиту, давнему приятелю. Однако пришлось довольствоваться присланной Смитом гитарой.
Поэт посвящает своей очередной возлюбленной стихи. Они свидетельствуют, что теперь для него духовным сиянием была озарена не Мэри, не Эмилия Вивиани, а такая, казалось бы, земная и понятная Джейн. Мэри в этих стихотворениях — всего лишь «завистливый ветер», стирающий из памяти «дорогой образ» — видимо, образ Джейн — и заставляющий поэта постоянно сожалеть об отсутствии душевного покоя. Есть в них и строки прямого обращения к Джейн как к «лучшей и самой веселой» и «всегда прекрасной и доброй».
Мэри болезненно переживала это новое увлечение мужа, но ее отношения с Джейн всегда оставались ровными. Вместе женщины переживали и те ужасные дни, когда их мужья пропали в водах Средиземного моря во время внезапно налетевшего шторма.
Перси Шелли погиб 8 июля 1822 года, накануне своего тридцатилетия, — погиб в той стихии, которую больше всего любил и которая всегда была для него источником вдохновения. Существует версия, что на яхту Шелли напали местные рыбаки с целью ограбления, перепутав ее с яхтой лорда Байрона.
Тело поэта кремировали. Его сердце уцелело чудом: друг Перси Трелони, обжигая руки, выхватил его из горсти горячего пепла. Сердце передали безутешной вдове. В 1851 году, уже после ее смерти, сэр Перси Флоренс Шелли нашел сердце своего отца — высохшее, готовое рассыпаться в любую минуту. Оно хранилось в рабочем столе Мэри, завернутое в дубликат поэмы «Адонаис», созданной Шелли на смерть другого великого романтика — Джона Китса. Томик его стихов когда-то был обнаружен в кармане мертвого Шелли.