Конфликт всплыл на поверхность, когда в феврале 1968 года доктор Джеймс Макдональд обнародовал содержание меморандума, представленного Лоу в августе 1966 года администрации университета Колорадо, в котором он объяснял свой взгляд на феномен и высказывал позицию, которую надлежало разделять членам комитета. Лоу заявлял, что феномен физически нереален, что штат комитета Кондона должен быть образован людьми, разделяющими эту точку зрения, и что лучший способ развенчать НЛО — сосредоточиться на психологических мотивах, побудивших свидетелей сделать абсурдные заявления.
По словам Макдональда, необходимо было представить проект таким образом, чтобы для народа он казался объективным исследованием, а научное сообщество видело только группу скептиков, усиленно пытающихся быть объективными, но практически не верящих в возможность существования тарелок.
Обнародование меморандума привело к скандалу в комитете Кондона. Взбешенный Кондон выгнал Девида Саундерса и Нормана Левайна, которые передали доклад Лоу Кейхоу и Макдональду. После отстранения этих важных сотрудников ушел и административный помощник Кондона Мери Луи Армстронг. Затем и другие члены разуверились в Кондоне, и, наконец, кроме Лоу и еще двух сотрудников, никого не осталось. NICAP отказал в поддержке комитету.
Саундерс и Левайн обвиняли Кондона в ненаучном подходе в проблеме. Такие же претензии предъявляли Кондону конгрессмены, в результате чего состоялось еще одно слушание, которое проходило 29 июля 1968 года. На заседании конгресса присутствовали Макдональд и Хайнек, астроном и писатель Карл Саган, социолог Роберт Холл, профессор гражданской инженерии Джеймс Гардер и космический инженер Роберт Бейкер. Эти участники воздержались от открытой критики Кондона, но высказали свое недовольство, когда речь зашла о продолжении исследований феномена.
Доклад Кондона был опубликован в январе 1969 года. Там говорилось, что ничего ценного для науки из исследований НЛО извлечь нельзя, что дальнейшее изучение предмета бессмысленно и что проект «Синяя книга» должен быть закрыт. На пути к этому заключению Кондон прибегал в качестве примеров в основном к «опознанным» делам и старательно обходил те, которые были классифицированы как «неопознанные», игнорируя выводы своих коллег.
II января 1969 года Макдональд, Кейхоу и Саундерс созвали пресс-конференцию, где объявили, что комитет попросту зря тратит деньги, указывая на то, что Кондон раскрыл свои карты и комитету не удалось надлежащим образом расследовать важные донесения. Позже Кейхоу обвинил Кондона в попытке дискредитировать некоторых свидетелей в сосредоточивании на малозначительных случаях, APRO обвинила Кондона в том, что он расследовал слишком мало случаев и даже эта работа была проведена плохо, что доклад изобилует противоречиями и несостоятельными выводами. Джеймс Макдональд, Аллен Хайнек и другие тоже высказались по этому поводу, предположив, что ВВС использовали Кондона для дискредитации феномена и свертывания всей работы.
Так и случилось. 17 декабря 1969 года секретарь ВВС Роберт Сименс объявил об официальном окончании 22-летнего расследования, посвященного проблеме НЛО. Документы проекта «Синяя книга» были переправлены на хранение на авиабазу Максуэлл, Монтгомери, Алабама.
Как и ожидало командование ВВС, закрытие проекта привело к ослаблению интереса к проблеме. Хайнек был больше не нужен и снова приступил к преподавательской работе в Северо-Восточном университете. Штат NICAJP вскоре уменьшился с 12 тысяч до 4 тысяч человек. APRO испытывал те же трудности, и Дональд Кейхоу, в течение 12 лет бывший директором, вынужден был отступить. К 1970 году «проблема НЛО» практически ушла в прошлое, хотя еще раздавались смешки в адрес исследователей. В 1971 году Джеймс Макдональд подвергся нападкам и был обвинен в профессиональной непригодности.
Ученый, открывший, что сверхзвуковые самолеты сокращают озоновый слой Земли и тем самым приводят к увеличению числа заболеваний раком кожи в Соединенных Штатах, был приглашен на освидетельствование в Комитет соответствия. На этом освидетельствовании безжалостно высмеивали его веру в НЛО и маленьких человечков, летающих по небу, в то время как его абсолютно верное предположение об озоновом слое осталось без внимания. Последующие месяцы унизительная возня продолжалась, Макдональд впал в состояние депрессии, развелся с женой, а в июне в возрасте 51 года покончил с собой.