Церковные верхи, назначавшиеся испанскими властями, были тесно связаны с колонизаторами, многие же рядовые священники местного, креольского происхождения выступали за свержение испанского господства и провозглашение независимости.
Освободительная борьба, начавшаяся в Эквадоре несколько ранее, чем в других испанских колониях, приняла затяжной характер. После подавления ряда восстаний эквадорцам только в 1820 г. удалось при помощи венесуэльских и новогранадских патриотов свергнуть ненавистный колониальный режим. В течение последующих десяти лет Эквадор вместе с Венесуэлой и Новой Гранадой входил в состав республики Великая Колумбия.
В 1830 г. Великая Колумбия распалась, и Эквадор стал самостоятельным государством. Власть в Эквадоре перешла в руки хунты, состоявшей из представителей высшего духовенства и креольских помещиков, возглавляемой генералом Флоресом. Хунта провозгласила в том же году конституцию, которая, отражая интересы местной олигархии, устанавливала высокий имущественный ценз для избирателей и государственных чиновников и объявляла католицизм государственной религией.
В последующие годы страна неоднократно становилась ареной вооруженной борьбы между сторонниками либеральной и консервативной партий, на которые разделилось эквадорское общество. Либералы представляли интересы торговой буржуазии и передовых слоев интеллигенции, консерваторы — помещиков и церковной аристократии. Либералы сводили свою реформистскую деятельность к антиклерикальным мероприятиям: они высылали иезуитов, ограничивали влияние церковников на образование. Приходившие им на смену консерваторы отменяли антиклерикальные мероприятия либералов, возвращали иезуитов, восстанавливали привилегии церкви и т. д.
В 1860 г. власть в стране захватил ставленник помещиков и клерикалов Габриель Гарсия Морено, который установил деспотический режим, просуществовавший 15 лет.
В 1861 г. Гарсия Морено заключил с папским престолом конкордат, в результате которого, как отмечает американский историк Л. Б. Томас, «церковь фактически стала самой могущественной силой в стране, сам же Гарсия Морено выступал в роли исполнителя ее воли. Так, папская корреспонденция проникала в Эквадор без всякой проверки; церковным судам стали подведомственны все дела, касавшиеся религиозных вопросов, и даже такие, как решение вопросов о завещаниях, браках, наследовании имущества, разводе и преступлениях. Вся система просвещения целиком перешла в руки монашеских орденов… Для подавления оппозиции были введены в действие суровые законы. Неверующих выдворяли из страны; масонские ложи были закрыты, либеральные мыслители — изгнаны. Все книги, журналы и газеты подвергались церковной цензуре».[5]
Гарсия Морено обязался перед папским престолом никогда не разрешать деятельности в Эквадоре какой-либо некатолической церкви или организации, осужденной Ватиканом. Диктатор поклялся также преследовать всех врагов церкви, что относилось главным образом к деятелям демократической оппозиции, которые в период диктатуры Гарсии Морено подвергались беспощадному террору.
При Гарсии Морено страну наводнили иностранные церковники, главным образом из Франции и Италии. В каждой епархии была открыта духовная семинария. Без согласия духовных властей нельзя было ни поступить на государственную службу, ни печататься, ни выезжать из страны.
Огромную власть снова получили иезуиты, которые вернулись в Эквадор на основе специального соглашения, подписанного орденом с Гарсией Морено. Иезуиты включили в соглашение пункт, который предусматривал, что «в случае, впрочем крайне неправдоподобном, запрещения правительством Общества Иисуса, его члены могут быть высланы из страны или их деятельность прекращена только восемь месяцев спустя после запрещения Общества. В течение этого периода они будут пользоваться конституционными и правовыми гарантиями для того, чтобы подготовить свой отъезд из страны и ликвидировать свою собственность».[6]
Последующие события показали, что «случай», которого опасались иезуиты, не только оказался «правдоподобным», но и произошел быстрее, чем они могли предполагать.
Заключение конкордата с Ватиканом и возвращение иезуитов вызвали возмущение как в Эквадоре, так и в других странах Латинской Америки, где прогрессивное общественное мнение считало деятельность Гарсии Морено предательством не только национальных, но и общелатиноамериканских интересов. Особенно остро реагировала на действия Гарсии Морено Колумбия. Войска этой республики вторглись в Эквадор, с тем чтобы, как отмечалось в правительственном заявлении, освободить «братьев-демократов» Эквадора от «теократической тирании» Гарсии Морено. В 1864 г. Гарсия Морено закончил свой президентский срок и, оставив на своем месте преданную ему марионетку, уехал в Европу. Во время его отсутствия в стране вспыхнуло восстание. Преемник Гарсии Морено поспешил отменить конкордат и запретить иезуитский орден. Но с возвращением в Эквадор диктатора вернулись прежние порядки, вновь был восстановлен конкордат и разрешена деятельность Общества Иисуса.